සම්පූර්ණ ජෙනෝම ප්‍රතිනිර්මාණය කිරීම
SARS-CoV-2 හි ප්‍රවේණි විද්‍යාව අධීක්‍ෂණය මගින් I ඉන්ටර්ෆෙරෝන් ප්රතිචාරය මොඩියුලේට් කරන Nsp1 මකාදැමීමේ ප්‍රභේදයක් අනාවරණය කරයි.
නැනෝපෝර් |ඉලුමිනා |සම්පූර්ණ ජෙනෝම අනුපිළිවෙල |පරිවෘත්තීය |RNA-Seq |සැන්ගර්
Biomarker Technologies මෙම අධ්‍යයනයේ දී නියැදි අනුපිළිවෙල පිළිබඳ තාක්ෂණික සහාය ලබා දුන්නේය.
ඉස්මතු කිරීම්
1.SARS-CoV-2 genome අනුක්‍රමණය සහ phylognetic විශ්ලේෂණය SNPs 31ක් සහ Indels 4ක් ඇතුළුව පුනරාවර්තන විකෘති 35ක් හඳුනා ගනී.
2.සායනික ෆීනෝටයිප් 117 ක් සමඟ සම්බන්ධ වීම විභවය හෙළි කරයි
වැදගත් විකෘති.
Nsp1 කේතීකරණ කලාපයේ ∆500-532 අඩු වෛරස් සමඟ සහසම්බන්ධ වේ
3.load සහ serum IFN-β.
4. ∆500-532 විකෘතිය සහිත වෛරස් හුදකලා අඩු IFN-I ප්‍රේරණය කරයි
ආසාදිත සෛලවල ප්රතිචාරය.
පර්යේෂණාත්මක නිර්මාණය
ජයග්රහණ
1. COVID-19 වසංගත රෝග සහ ජානමය නිරීක්ෂණ
2020 ජනවාරි 22 සිට 2020 පෙබරවාරි 20 දක්වා පැතිර යන කාල සීමාව තුළ චීනයේ සිචුවාන් පළාතේ සායනික දත්ත රැස් කරන ලදී. සිචුවාන් හි qPCR පරීක්ෂණ මගින් COVID-19 රෝගීන් 538 ක් තහවුරු කර ඇති අතර ඉන් 28.8% ක් පළාතෙන් විය. ප්රාග්ධනය.සිචුවාන් හි තහවුරු කරන ලද සිද්ධීන් ඝාතීය ලෙස වැඩි වූ අතර එය ජනවාරි 30 වන දින ඉහළ ගියේය.එසේම, වෛරස් පැතිරීම වැළැක්වීම සඳහා සමාජ දුරස්ථභාවය ප්‍රධාන සාධකයක් විය හැකි බවට දත්ත සහාය දක්වයි.
රූපය 1. චීනයේ සිචුවාන් පළාතේ COVID-19 පිළිබඳ වසංගත අධ්යයනය
2. SARS-CoV-2 ජෙනෝම ඉදිකිරීම සහ ප්රභේද හඳුනාගැනීම
මල්ටිප්ලෙක්ස් PCR විස්තාරණය සහ නැනෝපෝර අනුපිළිවෙල සමඟ, රෝගීන් 248 කින් ආසන්න හෝ අර්ධ වශයෙන් සම්පූර්ණ ජෙනෝම 310 ක් දළ වශයෙන් ජනනය කරන ලදී.80% ජෙනෝම කියවීම් 10 කින් ආවරණය වී ඇත (මධ්‍යන්‍ය ගැඹුර: නියැදියකට 0.39 M කියවීම්).
Figure 2. Sichuan cohort හි එක් එක් ප්‍රභේදවල සංඛ්‍යාතය
SARS-CoV-2 genomes වලින් SNPs 104ක් සහ Indels 18ක් හඳුනාගෙන ඇති අතර, SNPs 31ක් සහ Indels 4ක් පුනරාවර්තන ජාන ප්රභේද ලෙස හඳුනාගෙන ඇත.වුහාන් වෙතින් සාම්පල 169ක් සහ GISAID හි උසස් තත්ත්වයේ publich genome අනුක්‍රම 81,391ක් සමඟ සංසන්දනය කිරීමෙන්, වෙනත් මහාද්වීපවල ඉදිරිපත් කර ඇති ප්රභේද 35න් 29ක්.සැලකිය යුතු කරුණක් නම්, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 සහ T13243C ඇතුළු ප්රභේද හතරක්, Sichuan සහ Wuhan හි පමණක් පවතින බවත් GISAID දත්තවල නොමැති බවත්, මෙම ප්‍රභේදයන් Wuhan වෙතින් ආනයනය කිරීමට බොහෝ දුරට ඉඩ ඇති බව පෙන්නුම් කරයි. රෝගීන්ගේ ගමන් වාර්තා.
උපරිම සම්භාවිතාව (ML) ක්‍රමය සහ Bayesian අණුක ඔරලෝසු ප්‍රවේශයන් සහිත පරිණාමීය විශ්ලේෂණය සිචුවාන් වෙතින් නව වෛරස් 88 ක් සහ අනෙකුත් ප්‍රදේශවලින් 250 ක් වූ ජෙනෝම මත සකසන ලදී.∆500-532 (Nsp1 කේතීකරණ කලාපයේ මකාදැමීම්) සහිත ජෙනෝම ෆයිලොජෙනටික් ගසෙහි විරල ලෙස බෙදා හැර ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී.Nsp1 ප්රභේද පිළිබඳ හැප්ලෝටයිප් විශ්ලේෂණයෙන් ඒවායින් 5ක් විවිධ නගරවලින් හඳුනාගෙන ඇත.මෙම ප්රතිඵල යෝජනා කළේ ∆500-532 නගර කිහිපයක සිදු වූ අතර එය වුහාන් වෙතින් කිහිප වතාවක් ආනයනය කළ හැකි බවයි.
රූපය 2. SARS-CoV-2 ජානවල පුනරාවර්තන ජාන ප්රභේද සහ ෆයිලොජෙනටික් විශ්ලේෂණය
3. සායනික ඇඟවුම් සහිත පුනරාවර්තන ජානමය ප්රභේද සංගමය
සායනික ෆීනෝටයිප් 117 ක් COVID-19 බරපතලකම සමඟ සම්බන්ධ වී ඇති අතර, එහි බරපතලකම හා සම්බන්ධ ෆීනෝටයිප් 19 ක් දරුණු සහ දරුණු නොවන ලක්ෂණ ලෙස වර්ග කර ඇත.මෙම ගතිලක්ෂණ සහ පුනරාවර්තන ජාන ප්රභේද 35 අතර සම්බන්ධය ද්වි-පොකුරු තාප සිතියමෙහි දෘශ්‍යමාන කරන ලදී.GSEA වැනි ශ්‍රේණිගත සාරවත් විශ්ලේෂණයකින් පෙන්නුම් කෙරෙන්නේ ∆500-532 ESR, මස්තු IFN-β සහ CD3+CD8+ T සෛල රුධිරයේ ඍණාත්මක ලෙස සම්බන්ධ වී ඇති බවයි.තවද, qPCR පරීක්ෂණවලින් පෙන්නුම් කළේ ∆500-532 වෛරස් ආසාධිත රෝගීන්ට ඉහළම Ct අගය, එනම් අඩුම වෛරස් බර ඇති බවයි.
රූපය 3. සායනික ෆීනෝටයිප් සමග පුනරාවර්තන ජාන ප්රභේද 35 ක සංගම්
4. වෛරස් විකෘතිය ආශ්‍රිත සායනික ෆීනෝටයිප් මත වලංගු කිරීම
Nsp1 ශ්‍රිතවලට ∆500-532 හි බලපෑම් තේරුම් ගැනීම සඳහා, HEK239T සෛල සම්පූර්ණ දිග, WT Nsp1 සහ විකෘති ආකෘති ප්‍රකාශ කරන ප්ලාස්මිඩ සමඟ මාරු කරන ලදී.ප්‍රතිකාර කරන ලද එක් එක් HEK239T සෛලවල පිටපත් කිරීමේ පැතිකඩ PCA විශ්ලේෂණය සඳහා සකසන ලද අතර, මකාදැමීමේ විකෘති පොකුරු සාපේක්ෂව සමීප වන අතර WT Nsp1 ට වඩා සැලකිය යුතු ලෙස වෙනස් වේ.විකෘති වල සැලකිය යුතු ලෙස නියාමනය කරන ලද ජාන ප්‍රධාන වශයෙන් “පෙප්ටයිඩ ජෛව සංස්ලේෂක/පරිවෘත්තීය ක්‍රියාවලිය”, “රයිබොනියුක්ලියෝප්‍රෝටීන සංකීර්ණ ජෛව උත්පාදනය”, “පටල/ER වෙත ප්‍රෝටීන් ඉලක්ක කර ගැනීම” යනාදී වශයෙන් පොහොසත් කර ඇත. එපමණක් නොව, මකාදැමීම් දෙකක් WT වෙතින් වෙනස් ප්‍රකාශන රටාවක් පෙන්නුම් කළේය.
රූප සටහන 4. WT Nsp1 මගින් මාරු කරන ලද HEK239T සෛල මත පිටපත් විශ්ලේෂණය සහ මකාදැමීම් සමඟ
IFN-1 ප්රතිචාරය මත මකාදැමීමේ බලපෑම අධික ලෙස ප්‍රකාශ කරන ලද අධ්‍යයනයේ දී ද පරීක්‍ෂා කරන ලදී.සියලුම පරීක්‍ෂා කරන ලද මකාදැමීම් සම්ප්‍රේෂණය කරන ලද HEK239T සහ A549 සෛලවල පිටපත් කිරීමේ මට්ටම සහ ප්‍රෝටීන් මට්ටම යන දෙකෙහිම IFN-1 ප්‍රතිප්‍රතිචාරය අඩු කරන බව පෙන්වා දී ඇත.සිත්ගන්නා කරුණ නම්, මකාදැමීමේදී සැලකිය යුතු ලෙස අඩු-නියාමනය කරන ලද ජාන “වෛරසයට ආරක්ෂක ප්රතිචාරය”, “වෛරස් ජෙනෝම අනුකරණය”, “RNA පොලිමරේස් II මගින් පිටපත් කිරීම නියාමනය කිරීම” සහ “I ඉන්ටර්ෆෙරෝන් වර්ගයට ප්‍රතිචාර දැක්වීම” යන කරුණු වලින් පොහොසත් වීමයි.
රූපය 5. ∆500-532 විකෘති තුළ ඉන්ටර්ෆෙරෝන් සංඥා මාර්ගවල පහළ නියාමනය
මෙම අධ්‍යයනයේ දී, වෛරසයට මෙම මකාදැමීම් වල බලපෑම වෛරස් ආසාදන අධ්‍යයනයන් මගින් තවදුරටත් තහවුරු විය.ඇතැම් විකෘති සහිත වෛරස් සායනික සාම්පල වලින් හුදකලා කර Calu-3 සෛල වලට ආසාදනය විය.වෛරස් ආසාදන අධ්යයනය පිළිබඳ සවිස්තරාත්මක ප්රතිඵල පත්රයේ කියවිය හැකිය.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
යොමුව
Lin J, Tang C, Wei H, et al.SARS-CoV-2 හි ප්‍රවේණික අධීක්‍ෂණය මගින් I ඉන්ටර්ෆෙරෝන් ප්රතිචාරය[J] මොඩියුලේට් කරන Nsp1 මකාදැමීමේ ප්‍රභේදයක් අනාවරණය කරයි.සෛල සත්කාරක සහ ක්ෂුද්‍ර ජීවී, 2021.
පුවත් සහ විශේෂ අවස්ථා Biomarker Technologies සමඟ නවතම සාර්ථක සිද්ධීන් බෙදාගැනීම, නව විද්‍යාත්මක ජයග්රහණ මෙන්ම අධ්‍යයනයේදී යොදාගත් ප්‍රමුඛ තාක්ෂණික ක්‍රම ග්‍රහණය කර ගැනීම අරමුණු කරයි.
පසු කාලය: ජනවාරි-06-2022