Metagenomic Sequencing-නැනෝපෝර්
සේවා වාසි
● උසස් තත්ත්වයේ එකලස් කිරීම-විශේෂ හඳුනාගැනීමේ නිරවද්‍යතාවය සහ ක්‍රියාකාරී ජාන අනාවැකිය වැඩි දියුණු කිරීම
● සංවෘත බැක්ටීරියා ජෙනෝමය හුදකලා කිරීම
● විවිධ ප්‍රදේශ වල වඩාත් ප්‍රබල සහ විශ්වාසනීය යෙදුම, උදා: ව්‍යාධිජනක ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් හෝ ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධය සම්බන්ධ ජාන හඳුනා ගැනීම
● සංසන්දනාත්මක මෙටජිනෝම් විශ්ලේෂණය
සේවා පිරිවිතර
| වේදිකාව | අනුපිළිවෙල | නිර්දේශිත දත්ත | සංසරන කාලය |
| නැනෝපෝර් | ONT | 6 G/10 G | වැඩ කරන දින 65 |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● Metagenome එකලස් කිරීම
● අතිරික්ත නොවන ජාන කට්ටලය සහ විවරණ
● විශේෂ විවිධත්වය විශ්ලේෂණය
● ජාන ක්‍රියාකාරී විවිධත්ව විශ්ලේෂණය
● අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
● පර්යේෂණාත්මක සාධකවලට එරෙහිව ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණය
නියැදි අවශ්යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්යතා සහ බෙදා හැරීම
නියැදි අවශ්යතා:
සදහාDNA සාරය:
| නියැදි වර්ගය | ප්රමාණය | සමාධිය | පිරිසිදුකම |
| DNA සාරය | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
පාරිසරික සාම්පල සඳහා:
| නියැදි වර්ගය | නිර්දේශිත නියැදි පටිපාටිය |
| පාංශු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;ඉතිරි වියළන ලද ද්රව්ය මතුපිටින් ඉවත් කිරීම අවශ්ය වේ;විශාල කෑලි ඇඹරීම සහ 2 mm පෙරහන හරහා ගමන් කරන්න;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ සයිරෝ ටියුබ් තුළ Aliquot සාම්පල. |
| මුහුණු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් සාම්පල එකතු කරන්න. |
| බඩවැල් අන්තර්ගතය | සාම්පල aseptic තත්ත්වය යටතේ සැකසිය යුතුය.PBS සමඟ එකතු කරන ලද පටක සෝදන්න;PBS කේන්ද්‍රාපසාරී කර EP-ටියුබ්වල වර්ෂාපතනය එකතු කරන්න. |
| රොන් මඩ | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් රොන් මඩ සාම්පල එකතු කර ගන්න |
| ජල කඳ | නළ ජලය, ළිං ජලය, වැනි සීමිත ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රමාණයක් සහිත නියැදිය සඳහා, අවම වශයෙන් ජලය ලීටර් 1 ක් එකතු කර පටලය මත ක්ෂුද්‍ර ජීවී පොහොසත් කිරීම සඳහා 0.22 μm පෙරහන හරහා යන්න.වඳ නලයක පටලය ගබඩා කරන්න. |
| සම | විෂබීජහරණය කළ කපු පුළුන් හෝ ශල්‍ය තලයකින් සම මතුපිට ප්‍රවේශමෙන් සීරීමට හා වඳ බටයක තබන්න. |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
සාම්පල ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල පැය 3-4ක් කැටි කර ද්‍රව නයිට්‍රජන් හෝ අංශක -80ක් දිගු කාලීනව වෙන්කර තබා ගන්න.වියළි අයිස් සහිත නියැදි නැව්ගත කිරීම අවශ්ය වේ.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.Heatmap: විශේෂ පොහොසත්කම පොකුරු කිරීම
2.KEGG පරිවෘත්තීය මාර්ග වලට විවරණය කරන ලද ක්‍රියාකාරී ජාන
3.විශේෂ සහසම්බන්ධතා ජාලය
4. CARD ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජානවල Circos
BMK නඩුව
නැනෝපෝර් මෙටජෙනොමික්ස් බැක්ටීරියා පහළ ශ්වසන ආසාදනවල වේගවත් සායනික රෝග විනිශ්චය සක්‍රීය කරයි
ප්‍රකාශිත:Nature Biotechnology, 2019
තාක්ෂණික විශේෂතා
අනුපිළිවෙල: Nanopore MinION
සායනික මෙටජෙනොමික්ස් ජෛව තොරතුරු: ධාරක DNA ක්ෂය වීම, WIMP සහ ARMA විශ්ලේෂණය
වේගවත් හඳුනාගැනීම: පැය 6 යි
ඉහළ සංවේදීතාව: 96.6%
ප්රධාන ප්රතිඵල
2006 දී, පහළ ශ්වසන ආසාදන (LR) ගෝලීය වශයෙන් මිනිසුන් මිලියන 3 ක් මිය ගියේය.LR1 රෝග කාරක හඳුනාගැනීමේ සාමාන්‍ය ක්‍රමය වන්නේ වගාව වන අතර එය දුර්වල සංවේදීතාවයක් ඇති, දිගු වේලාවක් හැරවීමේ කාලය සහ මුල් ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිකාරයේදී මග පෙන්වීමක් නොමැතිකමයි.වේගවත් හා නිවැරදි ක්ෂුද්‍ර ජීවී රෝග විනිශ්චය දිගු කලක් තිස්සේ හදිසි අවශ්‍යතාවයකි.ඊස්ට් ඇන්ග්ලියා විශ්ව විද්‍යාලයේ ආචාර්ය ජස්ටින් සහ ඔහුගේ හවුල්කරුවන් රෝග කාරක හඳුනාගැනීම සඳහා නැනෝපෝර් පදනම් කරගත් මෙජෙනොමික් ක්‍රමයක් සාර්ථකව සංවර්ධනය කළහ.ඔවුන්ගේ කාර්ය ප්‍රවාහයට අනුව, ධාරක DNA වලින් 99.99% ක් ක්ෂය විය හැක.රෝග කාරක සහ ප්‍රතිජීවක ප්‍රතිරෝධී ජාන හඳුනාගැනීම පැය 6කින් අවසන් කළ හැක.
යොමුව
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J. .(2019)නැනෝපෝර් මෙටජෙනොමික්ස් බැක්ටීරියා පහළ ශ්වසන ආසාදනවල වේගවත් සායනික රෝග විනිශ්චය සක්‍රීය කරයි.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
