සම්පූර්ණ දිග mRNA අනුක්‍රමණය-නැනෝපෝර්
සේවා වාසි
● අඩු අනුක්‍රමික නැඹුරුව
● පූර්ණ-දිග cDNA අණු හෙළිදරව් කිරීම
● එකම පිටපත් සංඛ්‍යාවක් ආවරණය කිරීමට අවශ්‍ය දත්ත අඩුය
● එක් ජානයකට බහු සමස්ථානික හඳුනාගැනීම
● සමස්ථානික මට්ටමේ ප්රකාශන ප්‍රමාණකරණය
සේවා පිරිවිතර
| පුස්තකාලය | වේදිකාව | නිර්දේශිත දත්ත අස්වැන්න (Gb) | තත්ත්ව පාලනය |
| cDNA-PCR(Poly-A පොහොසත්) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/නියැදිය (විශේෂ අනුව) | සම්පූර්ණ දිග අනුපාතය "70% සාමාන්ය තත්ත්ව ලකුණු: Q10
|
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
●අමු දත්ත සැකසීම
● පිටපත් හඳුනාගැනීම
● විකල්ප බෙදීම
● ජාන මට්ටමේ සහ සමස්ථානික මට්ටමේ ප්රකාශන ප්‍රමාණකරණය
● අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය
● ක්‍රියාකාරී විවරණ සහ සුපෝෂණය (DEGs සහ DETs)
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
නියුක්ලියෝටයිඩ:
| Conc.(ng/μl) | මුදල (μg) | පිරිසිදුකම | අඛණ්ඩතාව |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 සීමිත හෝ ප්‍රෝටීන් හෝ DNA දූෂණය ජෙල් මත නොපෙන්වයි. | පැල සඳහා: RIN≥7.0; සතුන් සඳහා: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; සීමිත හෝ මූලික උන්නතාංශයක් නොමැත |
පටක: බර (වියළි): ≥1 g
*5 mg ට වඩා කුඩා පටක සඳහා, ෆ්ලෑෂ් ශීත කළ (ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල) පටක සාම්පලයක් යැවීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
සෛල අත්හිටුවීම: සෛල ගණන = 3×106- 1×107
* ශීත කළ සෛල ලයිසේට් නැව්ගත කිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.එම සෛලය 5×10ට වඩා කුඩා නම්5, ක්ෂුද්‍ර නිස්සාරණය සඳහා වඩාත් සුදුසු ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල ශීත කළ ෆ්ලෑෂ් නිර්දේශ කෙරේ.
රුධිර සාම්පල: පරිමාව≥1 ml
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
නියැදි ලේබල් කිරීම: සමූහ+ප්‍රතිනිර්මාණය උදා: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
නැව්ගත කිරීම: 2、වියළි-අයිස්: සාම්පල බෑග්වල අසුරා වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
- RNA ස්ථායී නල: RNA සාම්පල RNA ස්ථායීකරණ නලයෙන් වියළා ගත හැකිය (උදා: RNAstable®) සහ කාමර උෂ්ණත්වයේ දී නැව්ගත කළ හැක.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
නියුක්ලියෝටයිඩ:
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
සේවා වැඩ ප්රවාහය
පටක:
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
RNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.අවකල ප්රකාශන විශ්ලේෂණය - ගිනිකඳු කුමන්ත්රණය
අවකල්‍ය ප්රකාශන විශ්ලේෂණය ජාන මට්ටමෙන් වෙනස් ලෙස ප්රකාශිත ජාන (DEGs) හඳුනා ගැනීමට සහ සමස්ථානික මට්ටමින් අවකලනය ලෙස හඳුනා ගැනීමට සැකසිය හැක.
ප්රකාශිත පිටපත් (DETs)
2.ධූරාවලි පොකුරු තාප සිතියම
3.විකල්ප බෙදීම් හඳුනාගැනීම සහ වර්ගීකරණය
විකල්ප බෙදීම් සිදුවීම් වර්ග පහක් Astalavista මගින් පුරෝකථනය කළ හැකිය.
4.විකල්ප බහු-ඇඩෙනයිලේෂන් (APA) සිදුවීම් හඳුනා ගැනීම සහ බහු-A හි 50 bp ඉහළට මෝටිෆ්
BMK නඩුව
නැනෝපෝර් පූර්ණ-දිග පිටපත් කිරීමේ අනුපිළිවෙලින් විකල්ප බෙදීම් හඳුනාගැනීම සහ සමස්ථානික මට්ටමේ ප්‍රමාණකරණය
ප්රකාශිත:Nature Communications,2020
අනුපිළිවෙල උපාය:
කණ්ඩායම්කරණය: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E විකෘතිය);3. සාමාන්ය B-සෛල
අනුක්‍රමික උපාය: MinION 2D පුස්තකාල අනුක්‍රමණය, PromethION 1D පුස්තකාල අනුක්‍රමණය;එකම සාම්පල වලින් කෙටි කියවීමේ දත්ත
අනුක්‍රමික වේදිකාව: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
ප්රධාන ප්රතිඵල
1.Isoform-මට්ටමේ විකල්ප බෙදීම් හඳුනාගැනීම
දිගු-කියවන අනුපිළිවෙල විකෘති SF3B1 හඳුනාගැනීම බල ගන්වයිK700Eසමස්ථානික මට්ටමින් වෙනස් කරන ලද ස්ප්ලයිස් අඩවි.විකල්ප 3′SSs 35 ක් සහ විකල්ප 5′SS 10 ක් SF3B1 අතර සැලකිය යුතු ලෙස අවකලනය වී ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී.K700Eසහ SF3B1WT.වෙනස් කිරීම් 35 න් 33 ක් දිගු-කියවන අනුපිළිවෙලින් අලුතින් සොයා ගන්නා ලදී.
2.Isoform-මට්ටමේ විකල්ප බෙදීම් ප්‍රමාණකරණය
SF3B1 හි අභ්‍යන්තර රඳවා ගැනීමේ (IR) සමස්ථානික ප්‍රකාශනයK700Eසහ SF3B1WTනැනෝපෝර අනුපිළිවෙල මත පදනම්ව ප්‍රමාණනය කරන ලද අතර, SF3B1 හි IR සමස්ථානිකවල ගෝලීය පහත්-නියාමනයක් හෙළිදරව් කරන ලදී.K700E.
යොමුව
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.නිදන්ගත ලිම්ෆොසයිටික් ලියුකේමියාවේ SF3B1 විකෘතියේ පූර්ණ-දිග පිටපත් කිරීමේ ගුනාංගීකරනය රඳවා තබා ඇති අභ්‍යන්තරයේ අඩු කිරීම හෙළිදරව් කරයි[J].ස්වභාවික සන්නිවේදනය.
