පරිණාමීය ජාන විද්යාව
සේවා වාසි
Takagi et al.,ශාක සඟරාව, 2013
● නියුක්ලියෝටයිඩ සහ ඇමයිනෝ අම්ල මට්ටමේ වෙනස්කම් මත පදනම්ව විශේෂ අපසරන කාලය සහ වේගය තක්සේරු කිරීම
● අභිසාරී පරිණාමයේ සහ සමාන්තර පරිණාමයේ අවම බලපෑම සහිත විශේෂ අතර වඩාත් විශ්වාසදායක ෆයිලොජෙනටික් සම්බන්ධතාවයක් හෙළිදරව් කිරීම
● ගතිලක්ෂණ ආශ්‍රිත ජාන අනාවරණය කර ගැනීම සඳහා ප්‍රවේණික වෙනස්කම් සහ ෆීනෝටයිප් අතර සම්බන්ධතා ගොඩනැගීම
● විශේෂවල පරිණාමීය විභවය පිළිබිඹු කරන ජාන විවිධත්වය ඇස්තමේන්තු කිරීම
● වේගවත් හැරවුම් කාලය
● පුළුල් පළපුරුද්ද: BMK වසර 12කට වැඩි කාලයක් පුරා විශේෂ සිය ගණනක් ආවරණය කරමින් ජනගහනය සහ පරිණාමය ආශ්‍රිත ව්‍යාපෘති පිළිබඳ දැවැන්ත අත්දැකීමක් රැස් කර ගෙන ඇති අතර Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ආදියෙහි ප්‍රකාශයට පත් කරන ලද ඉහළ මට්ටමේ ව්‍යාපෘති 80කට වැඩි ගණනකට දායක වී ඇත.
සේවා පිරිවිතර
ද්රව්ය:
සාමාන්‍යයෙන්, අවම වශයෙන් උප-ජනගහන තුනක් (උදා: උප විශේෂ හෝ වික්‍රියා) නිර්දේශ කෙරේ.සෑම උප-ජනගහනයකම පුද්ගලයින් 10 කට නොඅඩු සංඛ්‍යාවක් අඩංගු විය යුතුය (ශාක ＞15, දුර්ලභ විශේෂ සඳහා අඩු කළ හැක).
අනුපිළිවෙල උපාය:
* WGS උසස් තත්ත්වයේ විමර්ශන ජෙනෝමය සහිත විශේෂ සඳහා යොදා ගත හැකි අතර, SLAF-Seq යොමු ජෙනෝමයක් ඇති හෝ නැති විශේෂ සඳහා හෝ දුර්වල ගුණාත්මක භාවයේ යොමු ජෙනෝමය සඳහා අදාළ වේ.
| ජෙනෝම ප්‍රමාණයට අදාළ වේ | WGS | ගුවන් හමුදා-ටැග් (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/තනි පුද්ගල | WGS වඩාත් නිර්දේශ කෙරේ |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● පරිණාමීය විශ්ලේෂණය
● තෝරාගත් අතුගා දැමීම
● ජාන ප්රවාහය
● ජනවිකාස ඉතිහාසය
● අපසරන කාලය
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
| විශේෂ | පටක | WGS-NGS | ගුවන් හමුදා |
| සත්ව
| අභ්යන්තර පටක |
0.5 ~ 1g
|
0.5g
|
| මාංශ පේශි පටක | |||
| ක්ෂීරපායී රුධිරය | මිලි ලීටර් 1.5
| මිලි ලීටර් 1.5
| |
| කුකුළු මස් / මාළු ලේ | |||
| පැල
| නැවුම් කොළ | 1~2 ග්රෑම් | 0.5 ~ 1g |
| පෙති / කඳ | |||
| මූල / බීජ | |||
| සෛල | සංස්කෘතික සෛලය |
| gDNA | සමාධිය | ප්රමාණය (උග්ර) | OD260/OD280 |
| ගුවන් හමුදා | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
*මෙහි පෙන්වා ඇති ආදර්ශන ප්රතිඵල සියල්ල BMKGENE සමඟ ප්‍රකාශයට පත් කරන ලද ජෙනෝම වලින් වේ
1.පරිණාම විශ්ලේෂණයේ ජාන විචලනයන් මත පදනම් වූ ෆයිලොජෙනටික් ගස, ජනගහන ව්යුහය සහ PCA ගොඩනැගීම අඩංගු වේ.
Phylogenetic ගස පොදු මුතුන් මිත්තන් සමඟ විශේෂ අතර වර්ගීකරණ හා පරිණාමීය සබඳතා නියෝජනය කරයි.
PCA උප-ජනගහන අතර සමීපත්වය දෘශ්‍යමාන කිරීම අරමුණු කරයි.
ජනගහන ව්යුහය මගින් ඇලිල සංඛ්‍යාත අනුව ජානමය වශයෙන් වෙනස් උප-ජනගහනය පවතින බව පෙන්නුම් කරයි.
චෙන්, සහ.අල්.,PNAS, 2020
2.Selective Sweep
Selective sweep යන්නෙන් අදහස් කරන්නේ වාසිදායක අඩවියක් තෝරාගෙන සම්බන්ධිත මධ්‍යස්ථ අඩවි සංඛ්‍යාත වැඩි කිරීම සහ නොබැඳි අඩවි වල සංඛ්‍යාත අඩුවීම, ප්‍රතිඵලයක් ලෙස කලාපීය අඩුවීමයි.
තෝරාගත් ස්වීප් කලාප මත Genome-wide හඳුනාගැනීම සකසනු ලබන්නේ කිසියම් පියවරකදී (10 Kb) ස්ලයිඩින් කවුළුවක් තුළ (100 Kb) සියලුම SNP වල ජනගහන ජාන දර්ශකය（π，Fst, Tajima's D) ගණනය කිරීමෙනි.
නියුක්ලියෝටයිඩ විවිධත්වය (π)
ටජිමාගේ ඩී
ස්ථාවර දර්ශකය(Fst)
වූ, සහ.අල්.,අණුක ශාකය, 2018
3.ජාන ප්රවාහය
වූ, සහ.අල්.,අණුක ශාකය, 2018
4. ජනවිකාස ඉතිහාසය
ෂැං, සහ.අල්.,සොබාදහම පරිසර විද්යාව සහ පරිණාමය, 2021
5.අපසාරී කාලය
ෂැං, සහ.අල්.,සොබාදහම පරිසර විද්යාව සහ පරිණාමය, 2021
BMK නඩුව
ප්‍රවේණික විචල්‍ය සිතියමක් වසන්ත චීන ගෝවා (Brassica rapa ssp. Pekinensis) තෝරාගැනීමේ ජානමය පදනම පිළිබඳ අවබෝධයක් සපයයි
ප්‍රකාශිත: අණුක ශාකය, 2018
අනුපිළිවෙල උපාය:
අනුපිළිවෙල: අනුපිළිවෙල ගැඹුර: 10×
ප්රධාන ප්රතිඵල
මෙම අධ්‍යයනයේ දී, චීන ගෝවා 194 ක් සාමාන්‍ය ගැඹුර 10× සමඟ නැවත අනුක්‍රමණය කිරීම සඳහා සකසන ලද අතර එමඟින් SNPs 1,208,499 ක් සහ InDels 416,070 ක් ලැබුණි.මෙම රේඛා 194 පිළිබඳ Phylogenetic විශ්ලේෂණය පෙන්නුම් කළේ මෙම රේඛා වසන්ත, ගිම්හාන සහ සරත් යන පරිසර වර්ග තුනකට බෙදිය හැකි බවයි.මීට අමතරව, ජනගහන ව්යුහය සහ PCA විශ්ලේෂණයෙන් පෙන්නුම් කළේ වසන්ත චීන ගෝවා චීනයේ ෂැන්ඩොං හි සරත් සෘතුවේ ගෝවා වලින් ආරම්භ වූ බවයි.මේවා පසුව කොරියාවට සහ ජපානයට හඳුන්වා දී, දේශීය රේඛා සමඟ හරස් කර ඒවායේ ප්‍රමාද වූ බෝල්ටිං ප්‍රභේද නැවත චීනයට හඳුන්වා දී අවසානයේ වසන්ත චීන ගෝවා බවට පත් විය.
තෝරා ගැනීමේදී වසන්ත චීන ගෝවා සහ සරත් සෘතුවේ ගෝවා මත Genome-wide ස්කෑන් කිරීම මගින් ප්‍රබල තෝරා ගැනීමක් සිදු කර ඇති ප්‍රවේණික ස්ථාන 23ක් අනාවරණය වූ අතර ඉන් දෙකක් QTL සිතියම්කරණය මත පදනම් වූ බෝල්ටින්-ටයිම් පාලන කලාපය සමඟ අතිච්ඡාදනය වී ඇත.මෙම කලාප දෙකෙහි මල් පිපීම නියාමනය කරන ප්රධාන ජාන අඩංගු බව සොයා ගන්නා ලදී, BrVIN3.1 සහ BrFLC1.මෙම ජාන දෙක පිටපත් කිරීමේ අධ්‍යයනය සහ සංක්‍රාන්ති ප්‍රජනන අත්හදා බැලීම් මගින් බෝල්ට් කිරීමේ කාලයට සම්බන්ධ බව තවදුරටත් තහවුරු විය.
 චීන ගෝවා මත ජනගහන ව්යුහය විශ්ලේෂණය |  චීන ගෝවා තෝරාගැනීම පිළිබඳ ජානමය තොරතුරු |
Tongbing, et al."ප්‍රවේණික විචල්‍ය සිතියමක් වසන්ත චීන ගෝවා (Brassica rapa ssp.pekinensis) තෝරාගැනීමේ ජානමය පදනම පිළිබඳ අවබෝධයක් සපයයි."අණුක ශාක,11(2018):1360-1376.
