DNA/RNA අනුක්‍රමණය -PacBio අනුක්‍රමික
විශේෂාංග
PacBio අනුක්‍රමණයේ අනුක්‍රමික ක්‍රම දෙකක්: අඛණ්ඩ දිගු කියවීම (CLR) සහ චක්‍රලේඛ එකඟතා කියවීම (CCS)
| අනුක්‍රමික මාදිලිය | පුස්තකාලයේ විශාලත්වය | න්යායික දත්තඅස්වැන්න (සෛලයකට) | තනි-පාදකනිරවද්යතාව | අයදුම්පත් |
| CLR | 20Kb, 30Kb, ආදිය. | 80 Gb සිට 130 Gb දක්වා | ආසන්න වශයෙන්.85% | ද නවෝ, SV ඇමතුම්, ආදිය. |
| CCS | 15-20 කි.බ | 14 සිට 40 Gb/Cell (Sequel II) 70 සිට 110 Gb/Cell (Revio) සාම්පල මත රඳා පවතී | ආසන්න වශයෙන්.99% | ද නවෝ, SNP/Indel/SV ඇමතුම්, Iso-Seq, |
Revio සහ Sequel II හි කාර්ය සාධනය සහ විශේෂාංග සංසන්දනය කිරීම
| කොන්දේසි | අනුක්‍රමික II පද්ධතිය | Revio පද්ධතිය | වැඩි කරන්න |
| වැඩි ඝනත්වය | ZMW මිලියන 8ක් | ZMW මිලියන 25 කි | 3x |
| ස්වාධීන අදියර | 1 | 4 | 4x |
| කෙටි ධාවන කාලය | පැය 30 යි | පැය 24 | 1.25x |
| 30X HiFi මානව ජෙනෝම / වර්ෂය | 88 | 1,300 කි | 1සමස්ත 5x |
සේවා වාසි
● විවිධ විශේෂ සහිත සංවෘත ව්යාපෘති දහස් ගණනක් සහිත PacBio අනුක්‍රමික වේදිකාවේ වසර 8 කට වැඩි පළපුරුද්ද.
● ප්‍රමාණවත් අනුක්‍රමික ප්‍රතිදානයක් සහතික කිරීම සඳහා නවතම PacBio අනුක්‍රමික වේදිකා සමඟ සම්පුර්ණයෙන්ම සන්නද්ධව ඇත.
● වේගවත් හැරවුම් කාලය, ඉහළ දත්ත අස්වැන්නක් සහ වඩාත් නිවැරදි දත්ත.
● ඉහළ බලපෑමක් ඇති PacBio මත පදනම් වූ ප්‍රකාශන සිය ගණනකට දායක විය.
නියැදි අවශ්යතා
| නියැදි වර්ගය | ප්රමාණය | සාන්ද්රණය (Qubit®) | පරිමාව | පිරිසිදුකම | අන් අය |
| ජානමය DNA | දත්ත අවශ්යතා මත රඳා පවතී | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260 nm හි පැහැදිලි උපරිමය,දූෂණය නැත | සාන්ද්රණය Qubit සහ Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 මගින් මැනිය යුතුය. |
| සම්පූර්ණ RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;දූෂණය නැත | RIN අගය ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
සේවා කාර්ය ප්රවාහය
නියැදි පිළියෙල
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
ව්යාපෘති භාරදීම
1.ගෘහස්ථ දත්ත අස්වැන්න
CCS සෛල 63කින් (විශේෂ 26කින්) දත්ත ජනනය කරන ලදී
| දත්ත-PacBio-CCS-15 Kb | සාමාන්යය | උපරිම | අවම | මධ්යස්ථ |
| අස්වැන්න - උප කියවා (Gb) | 421.12 කි | 544.27 කි | 221.38 කි | 426.58 කි |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 කි | 38.59 කි | 10.86 කි | 25.43 කි |
| පොලිමරේස් N50 | 145,651 කි | 175,430 කි | 118,118 කි | 144,689 කි |
| උපසිරැසි N50 | 17,509 කි | 23,924 කි | 12,485 කි | 17,584 කි |
| CCS N50 | 14,490 කි | 19,034 කි | 9,876 කි | 14,747 කි |
| සාමාන්ය දිග - පොලිමරේස් | 67,995 කි | 89,379 කි | 49,664 කි | 66,433 කි |
| සාමාන්ය දිග-උපපෙළ | 15,866 කි | 21,036 කි | 11,657 කි | 16,012 කි |
| සාමාන්ය දිග-CCS | 14,489 කි | 19,074 කි | 8,575 කි | 14,655 කි |
CLR සෛල 16කින් (විශේෂ 76කින්) දත්ත ජනනය කරන ලදී
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | සාමාන්යය | උපරිම | අවම | මධ්යස්ථ |
| අස්වැන්න - උප කියවා (Gb) | 142.20 කි | 291.40 කි | 50.55 කි | 142.49 කි |
| පොලිමරේස් N50 | 39,456 කි | 121,191 කි | 15,389 කි | 35,231 කි |
| උපසිරැසි N50 | 28,490 කි | 41,012 කි | 14,430 කි | 29,063 කි |
| සාමාන්ය දිග - පොලිමරේස් | 22,063 කි | 48,886 කි | 8,747 කි | 21,555 කි |
| සාමාන්ය දිග-උපපෙළ | 17,720 කි | 27,225 කි | 8,293 කි | 17,779 කි |
2.Data QC – Demoදත්ත අස්වැන්න පිළිබඳ සංඛ්යා ලේඛන
| නියැදිය | ccs අංකය කියවයි | මුළු ccs පදනම් (bp) | ccs කියවීම් N50 (bp) | ccs මධ්‍යන්‍ය දිග (bp) | ccs දිගම කියවීම (bp) | උප කියවීම් පදනම් (bp) | ccs අනුපාතය (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 කි | 54,164,122,586 කි | 15,728 කි | 15,726 කි | 36,110 කි | 863,326,330,465 | 6.27 |
