16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
සේවා වාසි
● පාරිසරික සාම්පලවල ක්ෂුද්‍රජීවී සංයුතිය හුදකලා-නිදහස් සහ වේගවත් හඳුනාගැනීම
● පාරිසරික සාම්පලවල අඩු බහුල සංරචකවල ඉහළ විභේදනය
● නවතම QIIME2 දත්ත සමුදාය, විවරණ, OTU/ASV අනුව විවිධ විශ්ලේෂණ සමඟ ගලායන විශ්ලේෂණ ප්රවාහය.
● ඉහළ කාර්යක්‍ෂමතාව, ඉහළ නිරවද්‍යතාව
● විවිධ ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රජා අධ්‍යයන සඳහා අදාළ වේ
● පස, ජලය, ගෑස්, රොන් මඩ, අසූචි, බඩවැල්, සම, පැසවීම සුප් හොද්ද, කෘමීන්, ශාක, ආදිය ආවරණය කරමින්, සාම්පල/වසර 100,000 කට වඩා වැඩි අත්දැකීම් සහිත BMK සතුව ඇත.
● පුද්ගලීකරණය කළ විශ්ලේෂණ මෙවලම් 45ක් අඩංගු දත්ත පරිවර්ථනය සඳහා BMKCloud පහසුකම් සලසා ඇත
සේවා පිරිවිතර
| අනුපිළිවෙලවේදිකාව | පුස්තකාලය | නිර්දේශිත දත්ත අස්වැන්න | ඇස්තමේන්තුගත හැරවුම් කාලය |
| Illumina NovaSeq වේදිකාව | PE250 | 50K/100K/300K ටැග් | දින 30 |
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
● අමු දත්ත තත්ත්ව පාලනය
● OTU පොකුරු/De-noise(ASV)
● OTU විවරණ
● ඇල්ෆා විවිධත්වය
● බීටා විවිධත්වය
● අන්තර් කණ්ඩායම් විශ්ලේෂණය
● පර්යේෂණාත්මක සාධකවලට එරෙහිව ආශ්‍රිත විශ්ලේෂණය
● ක්රියාකාරී ජාන අනාවැකි
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
සදහාDNA සාරය:
| නියැදි වර්ගය | ප්රමාණය | සමාධිය | පිරිසිදුකම |
| DNA සාරය | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
පාරිසරික සාම්පල සඳහා:
| නියැදි වර්ගය | නිර්දේශිත නියැදි පටිපාටිය |
| පාංශු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;ඉතිරි වියළන ලද ද්රව්ය මතුපිටින් ඉවත් කිරීම අවශ්ය වේ;විශාල කෑලි ඇඹරීම සහ 2 mm පෙරහන හරහා ගමන් කරන්න;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ සයිරෝ ටියුබ් තුළ Aliquot සාම්පල. |
| මුහුණු | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් සාම්පල එකතු කරන්න. |
| බඩවැල් අන්තර්ගතය | සාම්පල aseptic තත්ත්වය යටතේ සැකසිය යුතුය.PBS සමඟ එකතු කරන ලද පටක සෝදන්න;PBS කේන්ද්‍රාපසාරී කර EP-ටියුබ්වල වර්ෂාපතනය එකතු කරන්න. |
| රොන් මඩ | නියැදි ප්රමාණය: දළ වශයෙන්.ග්රෑම් 5;වෙන් කිරීම සඳහා වඳ EP-ටියුබ් හෝ ක්‍රියෝටියුබ් තුළ ඇල්කොට් රොන් මඩ සාම්පල එකතු කර ගන්න |
| ජල කඳ | නල ජලය, ළිං ජලය, වැනි සීමිත ක්ෂුද්‍රජීවී ප්‍රමාණයක් සහිත නියැදිය සඳහා, අවම වශයෙන් ජලය ලීටර් 1 ක් එකතු කර පටලය මත ක්ෂුද්‍රජීවී පොහොසත් කිරීම සඳහා 0.22 μm පෙරහන හරහා යන්න.වඳ නලයක පටලය ගබඩා කරන්න. |
| සම | විෂබීජහරණය කළ කපු පුළුන් හෝ ශල්‍ය තලයකින් සම මතුපිට ප්‍රවේශමෙන් සීරීමට හා වඳ බටයක තබන්න. |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
සාම්පල ද්‍රව නයිට්‍රජන් වල පැය 3-4ක් කැටි කර ද්‍රව නයිට්‍රජන් හෝ අංශක -80ක් දිගු කාලීනව වෙන්කර තබා ගන්න.වියළි අයිස් සහිත නියැදි නැව්ගත කිරීම අවශ්ය වේ.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
සාම්පල භාරදීම
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
1.විශේෂ බෙදා හැරීම
2.Heat map: Species richness clustering
3. දුර්ලභ කන්ඩායම් වක්රය
4.NMDS විශ්ලේෂණය
5.Lefse විශ්ලේෂණය
BMK නඩුව
දෙවන වර්ගයේ දියවැඩියාව ඇති සහ නැති තරබාරු පුද්ගලයින් විවිධ අන්ත්‍ර ක්ෂුද්‍ර ජීවී ක්රියාකාරී ධාරිතාව සහ සංයුතිය පෙන්වයි.
ප්‍රකාශිත:සෛල සත්කාරක සහ ක්ෂුද්‍ර ජීවී, 2019
අනුපිළිවෙල උපාය:
කෙට්ටු නොවන දියවැඩියා (n=633);තරබාරු නොවන දියවැඩියා (n=494);තරබාරු-වර්ගය 2 දියවැඩියාව (n=153);
ඉලක්ක කලාපය: 16S rDNA V1-V2
වේදිකාව: Illumina Miseq (NGS මත පදනම් වූ ඇම්ප්ලිකන් අනුපිළිවෙල)
ඩීඑන්ඒ නිස්සාරණ උප කුලකය Illumina Hiseq හි මෙටජෙනොමික් අනුක්‍රමණයට ලක් කරන ලදී
ප්රධාන ප්රතිඵල
මෙම පරිවෘත්තීය රෝග වල ක්ෂුද්‍ර ජීවී පැතිකඩයන් සාර්ථකව වෙනස් කර ඇත.
16S අනුපිළිවෙලින් ජනනය කරන ලද ක්ෂුද්‍රජීවී ලක්ෂණ සංසන්දනය කිරීමෙන්, තරබාරුකම ක්ෂුද්‍රජීවී සංයුතියේ වෙනස්කම්, තනි ලක්ෂණ, විශේෂයෙන් Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes වැනි සැලකිය යුතු අඩුවීමක් සමඟ සම්බන්ධ වී ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී. .
යොමුව
Thingholm, LB, et al."දෙවන වර්ගයේ දියවැඩියාව ඇති සහ නැති තරබාරු පුද්ගලයින් විවිධ අන්ත්‍ර ක්ෂුද්‍ර ජීවී ක්රියාකාරී ධාරිතාව සහ සංයුතිය පෙන්වයි."සෛල සත්කාරක සහ ක්ෂුද්‍ර ජීවී26.2 (2019).
