غير حوالي سان ٻڌل mRNA تسلسل-Illumina
خاصيتون
● ڪنهن به حوالي جينوم کان آزاد،
● ڊيٽا کي استعمال ڪري سگھجي ٿو ٽرانسڪرپٽس جي ساخت ۽ اظهار جو تجزيو ڪرڻ لاءِ
● متغير ڪلپنگ سائيٽن جي سڃاڻپ ڪريو
سروس فائدا
● BMKCloud تي ٻڌل نتيجن جي ترسيل: نتيجا BMKCloud پليٽ فارم ذريعي ڊيٽا فائل ۽ انٽرايڪٽو رپورٽ جي طور تي پهچايا ويندا آهن، جيڪي استعمال ڪندڙ کي اجازت ڏين ٿا پيچيده تجزياتي نتيجن جي پڙهڻ ۽ ڪسٽمائيز ڊيٽا مائننگ جي بنياد تي معياري بايو انفارميٽڪس تجزيي جي بنياد تي.
● بعد ۾ وڪري جون خدمتون: پراجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ کان پوءِ 3 مهينن لاءِ وڪري کان پوءِ جون خدمتون، بشمول پروجيڪٽ جي پيروي ڪرڻ، مشڪلاتن کي حل ڪرڻ، نتيجا سوال ۽ جواب وغيره.
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
نيوڪليوٽائيڊس:
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥6.5؛ جانورن لاءِ: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
ٽشو: وزن (خشڪ): ≥1 گ
*5 mg کان ننڍي ٽشوز لاءِ، اسان تجويز ڪريون ٿا ته فليش منجمد (مائع نائٽروجن ۾) ٽشو نموني موڪلڻ لاءِ.
سيل معطلي: سيل ڳڻپ = 3 × 107
* اسان منجهيل سيل ليسٽ کي موڪلڻ جي صلاح ڏيو ٿا.ان صورت ۾ ته سيل 5 × 10 کان ننڍو ٿئي ٿو5، فليش منجمد مائع نائيٽروجن ۾ سفارش ڪئي وئي آهي.
رت جا نمونا:
PA×geneBloodRNATube؛
6mLTRIzol ۽ 2mL رت (TRIzol:Blood=3:1)
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر:
2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
ترسيل:
1. خشڪ برف: نمونن کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
2.RNAstable tubes: RNA جا نمونا آر اين اي اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ڪري سگھجن ٿا ۽ ڪمري جي حرارت تي موڪليا وڃن ٿا.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
آر اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
بايو انفارميٽڪس
1. mRNA (denovo) اسيمبليءَ جو اصول
تثليث جي ذريعي، پڙهائي ننڍن ٽڪرن ۾ ورهايل آهن، جن کي K-mer طور سڃاتو وڃي ٿو.اهي K-mers پوءِ ٻج طور استعمال ڪيا ويندا آهن ڪنٽيگس ۾ وڌايا ويندا آهن ۽ پوءِ ڪنٽيگ اوورليپنگ تي جزو جو بنياد.آخرڪار، De Bruijn هتي لاڳو ڪيو ويو آهي اجزاء ۾ ٽرانسپشن کي سڃاڻڻ لاء.
mRNA (De novo) تثليث جو جائزو
2.mRNA (De novo) جين ايڪسپريس ليول جي ورڇ
RNA-Seq جين اظهار جي انتهائي حساس اندازي حاصل ڪرڻ جي قابل آهي.عام طور تي، ٽرانسڪرپٽ ايڪسپريس FPKM جو پتو لڳائي سگهجي ٿو 10^-2 کان 10^6 تائين
mRNA (De novo) هر نموني ۾ FPKM کثافت جي تقسيم
3.mRNA (De novo) GO DEGs جي افزائش جو تجزيو
GO (Gene Ontology) ڊيٽابيس هڪ منظم حياتياتي تشريح وارو نظام آهي جنهن ۾ جين ۽ جين پروڊڪٽس جي ڪمن جي معياري لفظ شامل آهي.اھو گھڻن سطحن تي مشتمل آھي، جتي گھٽ سطح آھي، وڌيڪ مخصوص افعال آھن.
mRNA (De novo) GO ٻئي سطح تي DEGs جي درجه بندي
BMK ڪيس
بلب سوجن ۽ پياز ۾ ترقي دوران Sucrose ميٽابولزم جو ٽرانسڪرپٽوم تجزيو (Allium cepa L.)
شايع ٿيل: پلانٽ سائنس ۾ سرحدون، 2016
ترتيب واري حڪمت عملي
Illumina HiSeq2500
نموني گڏ ڪرڻ
يوٽا پيلي مٺي اسپين جي ڪلٽيور "Y1351" هن مطالعي ۾ استعمال ڪيو ويو.گڏ ڪيل نمونن جو تعداد هو
بلب جي سوڄ (DAS) کان پوءِ 15هين ڏينهن (2-سي ايم قطر ۽ 3-4 گرام وزن)، 30هين DAS (5-سي ايم قطر ۽ 100-110 گرام وزن)، ۽ ∼3 40هين DAS تي (7-سي ايم قطر ۽ 260-300 گرام).
اهم نتيجا
1. وين ڊراگرام ۾، مجموعي طور تي 146 DEGs دريافت ڪيا ويا سڀني ٽن جوڑوں جي ترقي جي مرحلن ۾
2. ”ڪاربوهائيڊريٽ ٽرانسپورٽ ۽ ميٽابولزم“ صرف 585 يونيجينز (يعني 7٪ اينٽيٽ ٿيل COG) جي نمائندگي ڪئي وئي هئي.
3.Unigenes ڪاميابيءَ سان GO ڊيٽابيس ۾ بيان ڪيل بلب ڊولپمينٽ جي ٽن مختلف مرحلن لاءِ ٽن مکيه ڀاڱن ۾ ورهايل هئا.سڀ کان وڌيڪ نمائندگي "حياتياتي عمل" جي پرنسپل درجي ۾ "ميٽابولڪ عمل"، "سيلولر پروسيس" جي پٺيان.”ماليڪيولر فنڪشن“ جي پرنسپل ڪيٽيگري ۾ ٻه ڀاڱا سڀ کان وڌيڪ نمايان هئا ”بائنڊنگ“ ۽ ”ڪيٽيليٽڪ سرگرمي“.
 هسٽوگرام آف ڪلسٽرز آف آرٿولوجس گروپ (COG) جي درجه بندي |  هسٽوگرام آف جين آنٽولوجي (GO) جي درجه بندي ٽن ترقياتي مرحلن ۾ بلب مان نڪتل يونيجينز لاءِ |
 وين آريگرام ڏيکاريندي جين کي مختلف طور تي ظاهر ڪيو ويو آهي انين بلب جي ترقي جي ٻن مرحلن ۾ |
حوالو
ژانگ سي، ژانگ ايڇ، زن زي، وغيره.انين ۾ بلب سوجن ۽ ڊولپمينٽ دوران سوڪروز ميٽابولزم جو ٽرانسڪرپٽوم تجزيو (ايليم سيپا ايل.) [J].فرنٽيئرز ان پلانٽ سائنس، 2016، 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
