جينوم ارتقا
PNAS
گولڊ فش جي ارتقائي اصليت ۽ پالڻ جي تاريخ (ڪاراسيس آورٽس)
PacBio |روشني |Bionano جينوم نقشو |هاء-سي جينوم اسيمبلي |جينياتي نقشو |GWAS |RNA-Seq
نمايان
1. گولڊ فش جينوم کي اعليٰ معيار جي اسمبلي ورزن سان اپڊيٽ ڪيو ويو، 95.75٪ ڪنٽيگس کي 50 سيوڊو ڪروموزومس ۾ لنگرايو ويو (اسڪافولڊ N50=31.84 Mb).ٻه ذيلي جينوم جدا ٿي ويا.
2. 201 ماڻهن جي ڊيٽا جي ريزوليسنگ جي ذريعي، 201 ماڻهن جي ڊيٽا جي حوالي سان جينومڪ علائقن جي چونڊيل ٻوٽن جي سڃاڻپ ڪئي وئي، جيڪي 390 کان وڌيڪ اميدوار جين کي ظاهر ڪري رهيا آهن جيڪي ممڪن طور تي گهريلو خاصيتن سان لاڳاپيل آهن.
3.GWAS ڊورسل فائن تي ڊورسل فائن ڊوميٽيڊ گولڊ فش ۾ 378 اميدوار جينز ظاهر ڪيا جيڪي ممڪن طور تي لاڳاپيل آهن.هڪ tyrosine-protein kinase رپورٽر کي شفافيت سان لاڳاپيل اميدوار causal جين طور سڃاتو ويو
پس منظر
گولڊ فش (Carassius auratus) سڀ کان اهم پوکيندڙ مڇي آهي، جنهن کي قديم چين ۾ crucian carp مان پاليو ويو هو.انهن کي چارلس ڊارون طرفان تبصرو ڪيو ويو آهي "رنگ جي تقريبن لامحدود تنوع تي گذري، اسان کي ساخت جي سڀ کان وڌيڪ غير معمولي تبديلين سان ملن ٿا".انتهائي متنوع خاصيتون ۽ پالڻ ۽ نسل جي ڊگهي تاريخ گولڊ فش کي مڇي جي جسمانيات ۽ ارتقاء لاءِ هڪ بهترين جينياتي ماڊل سسٽم ٺاهيندي آهي.
حاصلات
گولڊ فش جينوم
JPacBio ۽ Illumina pair-end sequencing ڊيٽا جو oint analysis هڪ ابتدائي 1.657 G مسودو اسيمبلي حاصل ڪري ٿو (Contig N50=474 Kb).Bionano آپٽيڪل نقشو ٺاھيو ويو ۽ اسيمبلي کي 1.73 Gb سائيز ۾ درست ڪيو ويو (تخميني جينوم سائيز: 1.8 Gb).هاءِ-سي جي بنياد تي اسمبلي وڌيڪ بهتر ڪئي اسڪوفڊ N50 کي 606 Kb کان 31.84 Mb ۽ حاصل ڪيو 95.75٪ (1.65 Gb) اورينٽيڊ ۽ آرڊر ٿيل اينڪرنگ ريٽ.جينوم ۾ 56,251 ڪوڊنگ جينز ۽ 10,098 ڊگھا نان ڪوڊنگ ٽرانسڪرپٽ شامل آهن.ان کان علاوه، 50 ڪروموزوم مان 38 امڪاني سينٽروميرڪ علائقن جي اڳڪٿي ڪئي وئي.
تصوير 1 گولڊ مڇي جينوم
Tذيلي جينوم جا واضح سيٽ 50 گولڊ فش ڪروموزوم ۾ سڃاڻپ ڪيا ويا جيڪي هڪ قديم هائبرڊائيزيشن واقعي جي نتيجي ۾ ٿيا.گولڊ فش ۽ باربيني جي وچ ۾ پڙھندڙن جي وڌيڪ تناسب سان ڪروموزوم جي سيٽ کي ذيلي جينوم A (ChrA01~A25) جي طور تي بيان ڪيو ويو آھي، يعني Subgenome عام طور تي Barbinae، ۽ باقي بچيل ذيلي جينوم B (ChrB01~B25).
گھربل ۽ چونڊيل جھاز
Aمجموعي طور تي 16 وائلڊ ٽائيپ ڪروسين ڪارپس ۽ 185 نمائندا گولڊ فش مختلف قسمون 12.5X جي سراسري ترتيب جي کوٽائي سان ترتيب ڏني وئي، ڊيٽا جا 4.3 ٽيرابيسس ٺاهي رهيا آهن.Phylogenetic Reconstruction ۽ PCA تجزيي تصديق ڪئي ته عام گولڊ فش ۽ ڪرسين ڪارپ جي وچ ۾ ٻين سون مڇين جي ڀيٽ ۾ ويجھي لاڳاپو، جيڪو بعد ۾ ٻن نسلن ۾ ورهايو ويو.
Lمٿي ڏنل چار ذيلي آبادي تي ڊي جي تجزيي جي حمايت ڪئي آبادي جينياتي رڪاوٽ جي وجود کي پالڻ دوران ۽ گولڊ مڇي ۾ مضبوط مصنوعي چونڊ.وڌيل جينياتي تنوع (π) کي ڪروسين ڪارپ کان وٺي عام گولڊ فش تائين اڳتي هلي وين گولڊ فش ۽ ايگ گولڊ فش انهن جي پالڻ دوران جينياتي تغيرات جي هڪ اهم جمع جو اشارو ڪيو.25.2 Mb ۽ 946 جين کي پکڙيل 50 چونڊيل سويپ جينومڪ علائقن جي سڃاڻپ ڪئي وئي نمائندي ڊيٽا مان (33 گولڊ فش ۽ 16 ڪروسين ڪرپ).201 ماڻهن جي تجزيي کي وڌايو، 393 جينز مڪمل ٿيل چونڊيل سوپ جي علائقن کي ظاهر ڪيو.اهي جينس گهٽ تنوع جا مليا هئا، جيڪي ممڪن طور تي گولڊ فش ۾ وڏين پالتو جانورن جي خاصيتن سان لاڳاپيل فينوٽائپس ۾ حصو وٺندا آهن.
Fig.3 جينوم-وائڊ ڊوميسائيليشن سان لاڳاپيل تجزيو
GWAS پاليل گولڊ فش تي
Dorsal fin هڪ اهم خصوصيت آهي جيڪا وين گولڊ فش کي ايگ گولڊ فش کان ڌار ڪري ٿي.96 وين گولڊ فش ۽ 87 ايگ گولڊ فش تي ڊورسل فن جي GWAS ظاهر ڪئي وئي 378 اميدوار جينز 13 ڪروموزوم ۾ پکڙيل آهن ۽ انهن جين جي ذيلي جينوم جي وچ ۾ اڻ برابري ورڇ ڏٺو ويو.انهن اميدوارن جين تي فنڪشنل تجزيي حياتياتي عملن کي نمايان ڪيو جنهن ۾ شامل آهن "سيل مٿاڇري جي وصولي سگنلنگ"، "ٽرانس ميبرن ٽرانسپورٽ"، "سڪيلل سسٽم ڊولپمينٽ"، وغيره.
تصوير. 4 GWAS ڊورسل فن جو پاليل سون مڇي تي
In شفاف اسڪيل سان لاڳاپيل خاصيتن جي GWAS، ھڪڙي مضبوط ايسوسيئيشن جي چوٽي معلوم ڪئي وئي.هڪ جين انڪوڊنگ هڪ tyrosine-protein kinase receptor جي سڃاڻپ ڪئي وئي اميدوار علائقن مان هڪ ۾.
Fig.5 GWAS شفاف اسڪيل سان لاڳاپيل خاصيتون
حوالو
Chen D et al.گولڊ فش جي ارتقائي اصليت ۽ پالڻ جي تاريخ (Carassius auratus).PNAS (2020)
خبرون بايو مارڪر ٽيڪنالاجيز سان جديد ڪامياب ڪيسن کي حصيداري ڪرڻ جو مقصد، ناول جي سائنسي ڪاميابين کي پڪڙڻ ۽ مطالعي دوران لاڳو ڪيل نمايان ٽيڪنالاجيون.
پوسٽ جو وقت: جنوري-04-2022