جينوم جي ارتقا، پينجنوم
Pan-genome ڇا آهي؟
جمع ٿيل ثبوت ڏيکاري ٿو ته مختلف نسلن جي وچ ۾ فرق تمام وڏو ٿي سگهي ٿو.هڪ واحد جينوم هڪ واحد نسل جي جينياتي معلومات جي پوري تصوير حاصل ڪرڻ لاء ڪافي آهي.پين-جينوم جي مطالعي جو مقصد هڪ نسل جي وڌيڪ جامع جينومڪ گراف حاصل ڪرڻ ۽ ڪيترن ئي قسمن جي جينوم ڊي نوو اسيمبليء کي منظم ڪندي خاصيتن ۽ جينياتي ڪوڊ جي وچ ۾ لاڳاپن کي ڊيڪوڊ ڪرڻ آهي، جيڪا مختلف قسمن جي گهڻي ۽ وسيع کان کني جي اجازت ڏئي ٿي.
پين جينوم مطالعي جا رجحان
تصوير 1 پين جينوم جي شايع ٿيل تحقيقي مقالن جا رجحان.
نوٽ: انگ اکر ڏيکاري ٿو "پين-جينوم" کي اهم لفظ طور کڻڻ جو نتيجو فطرت، سيل ۽ سائنس سيريز جي جرنلز ۾ شايع ٿيل مضمونن جي عنوانن کي ڳولڻ لاء.
هڪڪيترن ئي نمونن مان پڙهيا ويا آهن هڪ حوالي سان ترتيب ڏنل آهن ۽ غير ترتيب ڏنل آهن انهن کي گڏ ڪيو ويو آهي ناول ڪنٽينگز ۾.اصل حوالن جي ترتيب ۾ هنن ناول جي ڪنٽيگس کي شامل ڪرڻ سان، هڪ پينگنوم ريفرنس ٺاهي سگهجي ٿو.ڊسپينسيبل علائقن جو تعين ڪيو ويو ميپنگ جي بنياد تي سڀني پڙھن کي واپس پينگنوم ڏانھن.
ب.ڪيترن ئي رسائي جي جينومس جي ڊي نوو اسمبلي کي اجازت ڏئي ٿي ته پوري جينوم جي ترتيب واري طريقن کي قابل قبول جينومڪ علائقن جي سڃاڻپ ڪرڻ لاء.
ج.هڪ پين-جينوم گراف پوري جينوم جي ترتيبن مان يا ڊي نوو گراف اسيمبليءَ جي ذريعي ٺاهي سگهجي ٿو، جيڪو موثر طريقي سان ڊسپينسيبل علائقن جي مختلف معلومات کي گراف ذريعي منفرد رستن طور محفوظ ڪري ٿو.
هڪ پين جينوم ڪيئن ٺاهيو؟
شڪل 2 پين جينوم جي طريقن جو مقابلو1
هڪڪيترن ئي نمونن مان پڙهيا ويا آهن هڪ حوالي سان ترتيب ڏنل آهن ۽ غير ترتيب ڏنل آهن انهن کي گڏ ڪيو ويو آهي ناول ڪنٽينگز ۾.اصل حوالن جي ترتيب ۾ هنن ناول جي ڪنٽيگس کي شامل ڪرڻ سان، هڪ پينگنوم ريفرنس ٺاهي سگهجي ٿو.ڊسپينسيبل علائقن جو تعين ڪيو ويو ميپنگ جي بنياد تي سڀني پڙھن کي واپس پينگنوم ڏانھن.
ب.ڪيترن ئي رسائي جي جينومس جي ڊي نوو اسمبلي کي اجازت ڏئي ٿي ته پوري جينوم جي ترتيب واري طريقن کي قابل قبول جينومڪ علائقن جي سڃاڻپ ڪرڻ لاء.
ج.هڪ پين-جينوم گراف پوري جينوم جي ترتيبن مان يا ڊي نوو گراف اسيمبليءَ جي ذريعي ٺاهي سگهجي ٿو، جيڪو موثر طريقي سان ڊسپينسيبل علائقن جي مختلف معلومات کي گراف ذريعي منفرد رستن طور محفوظ ڪري ٿو.
تازو شايع ٿيل پين جينوم
● ريپ پين جينوم2
● ٽماٽو پين-جينوم 3
● چانور پين -جينوم4
● سورج مکي پين جينوم5
● سويابين پين جينوم 6
● چانور پين-جينوم7
● بارلي پين جينوم8
● ڪڻڪ پين-جينوم9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
حوالو
1. Bayer PE، Golicz AA، Scheben A، Batley J، Edwards D. Plant pan-genomes نئون حوالو آھن.ناٽ ٻوٽا.2020؛ 6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. گيت JM، Guan Z، Hu J، et al.اٺ اعليٰ معيار جا جينوم ظاهر ڪن ٿا پين-جينوم آرڪيٽيڪچر ۽ براسيڪا نيپس جي ايڪوٽائپ فرق.ناٽ ٻوٽا.2020؛6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. گاو ايل، گونڊا آء، سن ايڇ، وغيره.ٽماٽو پين جينوم نئين جينز ۽ ميوي جي ذائقي کي منظم ڪندڙ هڪ ناياب ايليل کي ظاهر ڪري ٿو.نيٽ جينيٽ.2019؛51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q، Feng Q، Lu H، et al.پين-جينوم تجزيه نمايان ڪري ٿو جينوميڪ تبديلي جي حد تائين پوکيل ۽ جهنگلي چانورن ۾ [شائع ٿيل اصلاح ناٽ جينيٽ ۾ ظاهر ٿئي ٿي.2018 آگسٽ؛ 50 (8): 1196].نيٽ جينيٽ.2018؛ 50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S، Bercovich N، Todesco M، et al.سج فلاور پين-جينوم تجزيو ڏيکاري ٿو ته هائبرڊائيزيشن جين مواد ۽ بيماري جي مزاحمت کي تبديل ڪري ٿو.ناٽ ٻوٽا.2019؛ 5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y، Du H، Li P، et al.جهنگلي ۽ پوکيل سويابين جو Pan-Genome.سيل.2020؛ 182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P، Lu H، Du H، et al.33 جينياتي طور تي متنوع چانورن جي رسائين جو پين-جينوم تجزيو لڪيل جينوميڪ تبديلين کي ظاهر ڪري ٿو [پرنٽ کان اڳ آن لائن شايع ٿيل، 2021 مئي 25].سيل.2021؛S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M، Padmarasu S، Haberer G، et al.بارلي پين جينوم ميوٽيشن نسل جي پوشيده ورثي کي ظاهر ڪري ٿو.فطرت.2020؛ 588 (7837): 284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S، Gao L، Monat C، et al.گھڻن ڪڻڪ جينوم جديد نسلن ۾ عالمي تبديلي کي ظاهر ڪن ٿا.فطرت.2020؛ 588 (7837): 277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y، Luo H، Xu J، et al.پوکيل ۽ جهنگلي سورغم جي پين-جينوم اندر وسيع تغير [پرنٽ کان اڳ آن لائن شايع ٿيل، 2021 مئي 20].ناٽ ٻوٽا.2021؛ 10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. فين X، Qiu H، Han W، et al.Phytoplankton pangenome ظاھر ڪري ٿو وسيع prokaryotic افقي جين جي مختلف ڪمن جي منتقلي.اسڪئي ايڊووڪيٽ.2020؛ 6 (18): ايبا 0111.شايع ٿيل 2020 اپريل 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
پوسٽ جو وقت: جنوري-04-2022