2021 ۾، BMKGENE شاهدي ڏني 31 De novo genome Research ڪاميابيءَ سان شايع ٿيل اعليٰ اثر رکندڙ جرنلز ۾ مجموعي طور تي 320 کان وڌيڪ اثر رکندڙ عنصرن سان. 15 مقالن جو گڏيل ليکڪ هو انهن مان 4 کي گڏيل ليکڪ طور BMKGENE پاران پهريون ليکڪ مقرر ڪيو ويو.
سال 2022 جي شروعات کان پوءِ، اڳ ۾ ئي ٻه تحقيقي مقالا شايع ٿي چڪا آهن جرنل ”نيچرل جينيٽڪس“ ۽ ”موليڪيولر پلانٽ“ تي.اهي آهن، ”هڪ انتهائي متفاوت ليچي جينوم مان ٻه مختلف قسم جا هاپلوٽائپس پيش ڪن ٿا آزاد گهرن جي واقعن لاءِ ابتدائي ۽ دير سان پختي ٿيندڙ فصلن لاءِ“ (ليچي جينوم ريسرچ، ڪاليج آف هارٽي ڪلچر، سائوٿ چائنا ايگريڪلچرل يونيورسٽي، ۽ سائنسي سهڪاريندڙن پاران ڪيل، نيچرل جيني تي شايع ٿيل. )، ۽ ”ايگيلوپس جي پنجن سيٽپسس اسپيسيز جا جينوم سيڪيونسز ۽ پوليپلائيڊ گندم B-سب جينوم جي اصليت“ (فائيو سائٽوسس اسپيسيز جينوم، نارٿ ايسٽ نارمل يونيورسٽي جي پروفيسر بائو ليو جي ريسرچ ٽيم پاران ڪيل.).اسان به انهن ٻن مضمونن جو جائزو وٺنداسين ۽ پنهنجن پڙهندڙن سان حصيداري ڪنداسين.
ھاڻي اچو ته 2021 تي شايع ٿيل شاندار تحقيقي مقالن تي ھڪ نظر رکون جيڪي BMK ۽ اسان جي تعاون ڪيل سهولتن پاران گڏيل ليکڪ آھن.
ٻوٽي جينوم - گھڻن قسمن تي ڪاميابي.
1. هڪ اعلي معيار جي جينوم اسيمبلي رائي جينوميڪ خاصيتن ۽ زرعي طور تي اهم جين کي نمايان ڪري ٿو
تعاون ٿيل سهولت: هينان زرعي يونيورسٽي
جرنل: قدرتي جينياتي
اثر جو عنصر: 38.31
هن منصوبي ۾، ويننگ رائي جي جينوم، هڪ اشرافي چيني رائي قسم، ترتيب ڏني وئي هئي.گڏ ڪيل ڪانٽيگس (7.74 Gb) تخميني جينوم سائيز جو 98.47٪ (7.86 Gb)، 93.67٪ ڪنٽيگس (7.25 Gb) ست ڪروموزومز کي مقرر ڪيو ويو.ورجائيندڙ عناصر گڏ ڪيل جينوم جو 90.31٪ ٺاهيندا آهن.ويننگ اسيمبليءَ جا وڌيڪ تجزيا جينوم-وائڊ جين نقلن تي نئين روشني وجھي ۽ نشاستي جي بايو سنٿيسس جين تي انهن جو اثر، پيچيده پروليمن لوسي جي جسماني تنظيم، جين جي اظهار جون خاصيتون جيڪي ابتدائي سر جي خاصيت ۽ پوٽيوٽو ڊوميسائيل سان لاڳاپيل ڪروموزومل علائقا ۽ رائي ۾ لوسي آهن.هي جينوم تسلسل رائي ۽ لاڳاپيل اناج جي فصلن ۾ جينومڪ ۽ نسل جي اڀياس کي تيز ڪرڻ جو واعدو ڪري ٿو.
2. گلاب کان سواءِ اچار: جينومڪ بصيرت نمي جي موافقت سان ڳنڍيل آهي
تعاون ڪيل سهولت: ڪنمنگ انسٽيٽيوٽ آف باٽني، چيني اڪيڊمي آف سائنسز
جرنل: نيشنل سائنس جو جائزو
اثر فڪر: 17.273
هن پروجيڪٽ ۾، 'Basye's Thornless' (BT، Rosa wichuraiana جي هڪ ٿلهي کان پاڪ ٻوٽي)، 'اولڊ بلش' (OB، گلاب جي پوک ۾ هڪ باني جينوٽائپ)، انهن جي F1 هائبرڊ ۽ BCF1 جا نمونا گڏ ڪيا ويا.۽ اسٽيم پرڪل ڊولپمينٽ سان لاڳاپيل جينياتي عنصرن کي سڃاڻڻ لاءِ هڪ اعليٰ معيار جي ريفرنس جينوم اسيمبلي ٺاهي وئي.جينوم سائيز اٽڪل 530.6 Mb آهي.گڏ ٿيل جينوم جي معيار جي تصديق ڪرڻ لاءِ، تجزيا جهڙوڪ جينياتي نقشي جو مقابلو، BUSCO، NGS ريڊز ريڊس، او بي هاپلوٽائپ سان مقابلو، ترتيب وار بيس ايرر ريٽ ڪنٽرول ۽ جينوم وائڊ ايل ٽي آر اسيمبلي انڊيڪس ويليو چيڪ (LAI=20.03) ڪيا ويا.هي تحقيق ظاهر ڪري ٿي پيچيده وراثت واري نموني ۽ اسٽيم پريڪلز جي ريگيوليٽري ميڪانيزم ۽ اسان کي هڪ بنياد ۽ نوان وسيلا مهيا ڪيا آهن ته جيئن گلاب جي حياتيات ۽ مائن ماليڪيولر مارڪرز جو مطالعو ڪيو وڃي جيڪي اهم خاصيتن سان لاڳاپيل آهن.
3. ڪڪوميس ۾ ٺهڪندڙ آلوپوليپلائيڊس جو سڄو-جينوم تسلسل الوپوليپلائڊائيزيشن جي جينوم جي ارتقاء ۾ بصيرت کي ظاهر ڪري ٿو
تعاون ٿيل سهولت: نانجنگ زرعي يونيورسٽي
جرنل: ترقي يافته سائنس
اثر فيڪٽر: 16.801
هن مطالعي ۾ ٻڌايو ويو آهي ته هڪ مصنوعي allotetraploid جي اعلي معيار جي جينوم کي استعمال ڪندي حاصل ڪيل مخصوص هائبرڊائيزيشن کي ڪڪڙين جي وچ ۾ (C. sativus، 2n = 14) ۽ ان جي جهنگلي تعلق رکندڙ نسلن (C. hystrix، 2n = 24) ۽ بعد ۾ ڪروموزوم نقل، جيڪو پهريون آهي. مڪمل طور تي ترتيب ڏنل مصنوعي آلوپولوپلائڊ.جينوم جي اسيمبليءَ ”PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina“ جي ڪم جي فلو کي لاڳو ڪيو، جنهن جي نتيجي ۾ جينوم جي سائيز 530.8Mb ۽ Contig N50 = 6.5Mb.پڙهائي 19 pseudochromosomes ۽ subgenomes کي مقرر ڪيو ويو.نتيجن مان ظاهر ٿئي ٿو ته هائبرڊائيزيشن، جينوم جي نقل جي بدران، ٻنهي جوهري ۽ سي پي جينوم ۾ جينومياتي تبديلين جي اڪثريت جو سبب بڻائيندو آهي.اهو تجويز ڪيو ويو آهي ته مقرر ٿيل هيٽرروزائگوسٽي C.×hytivus کي وڌائي دٻاء جي موافقت سان مهيا ڪري ٿي.نتيجا ٻوٽن جي پوليوپلائيڊ ارتقاءَ ۾ نئين بصيرت مهيا ڪن ٿا ۽ مستقبل جي فصلن لاءِ امڪاني نسل جي حڪمت عملي پيش ڪن ٿا.
4. تقابلي جينوم تجزيي کي نمايان ڪري ٿو ٽرانسپوسن وچولي جينوم جي توسيع ۽ ڪپهه ۾ 3D جينومڪ فولڊنگ جي ارتقائي آرڪيٽيڪچر
تعاون ٿيل سهولت: Huazhong زرعي يونيورسٽي
جرنل: سالماتي حياتيات ۽ ارتقاء
اثر فڪر: 16.242
هن پروجيڪٽ ۾ ٽن ڪپهه جي نسلن جي جينوم کي گڏ ڪرڻ لاءِ نانوپور جي ترتيب استعمال ڪئي وئي، يعني: Gossypium rotundifolium (K2، جينوم سائيز = 2.44Gb، contigN50 = 5.33Mb)، G. arboreum (A2، جينوم سائيز = 1.62Gb، Mb165، Mb = 165). G. raimondii (D5، جينوم سائيز = 0.75Gb، ContigN50 = 17.04 Gb).سڀني ٽن جينوم مان 99 سيڪڙو کان وڌيڪ هاء-سي ذريعي گڏ ڪيا ويا.BUSCO تجزيي جا نتيجا ترتيبوار 92.5٪، 93.9٪ ۽ 95.4٪ آهن.اهي سڀئي انگ ظاهر ڪن ٿا ته ٽي اسيمبلي جينوم ريفرنس گريڊ آهن.تقابلي جينوم تجزيي دستاويزن جي تفصيلن جي تفصيل سان نسب-مخصوص TE ايمپليفڪيشن وڏي جينوم سائيز جي فرق ۾ حصو وٺندي.هي مطالعو ٻوٽن ۾ اعليٰ آرڊر ڪرومٽين جي جوڙجڪ جي ارتقا ۾ ٽرانسپوسن جي وچولي جينوم جي توسيع جي ڪردار تي روشني وجهي ٿو.
5. ڪروموزوم-اسڪيل اسيمبلي ۽ بايوماس فصل جو تجزيو Miscanthus lutarioriparius genome
تعاون ٿيل سهولت: CAS سينٽر فار ايڪسيلنس ان ماليڪيولر پلانٽ سائنسز
جرنل: فطرت مواصلات
اثر فيڪٽر: 14.912
هن پروجيڪٽ آڪسفورڊ نانوپور جي ترتيب ۽ هاءِ-سي ٽيڪنالاجيز کي گڏ ڪندي Miscanthus lutarioriparius جينوم جي ڪروموزوم-اسڪيل اسمبلي جي رپورٽ ڪئي.2.07Gb اسيمبلي جينوم جي 96.64٪ تي پکڙيل آهي، 1.71 Mb جي Contig N50 سان.اٽڪل 94.30٪ ڪل تسلسل 19 pseudochromosomes ۾ لنگر انداز ڪيا ويا.BAC جي ترتيب سان مقابلي جي ذريعي، LAI تشخيص، BUSCO تشخيص، NGS ڊيٽا سان ٻيهر اسيمبلي، ٽرانسڪروم ڊيٽا جي ٻيهر اسيمبلي، جينوم کي اعلي معيار ۽ تسلسل جي طور تي جائزو ورتو ويو.M. lutarioriparius جي Allotetraploid اصليت سينٽروميرڪ سيٽلائيٽ ريپٽس استعمال ڪندي تصديق ڪئي وئي آهي.M. Lutarioriparius جا ٽينڊم نقلي جينس نه رڳو دٻاءُ جي رد عمل سان لاڳاپيل آهن، پر سيل وال بايو سنٿيسس جي لحاظ کان فعال آهن.جين جا نقل شايد C4 فتوسنٿيسس ۾ ڪردار ادا ڪن ٿا ۽ گھٽ درجه حرارت تي Miscanthus C4 فتوسنتيسس ۾ حصو وٺن ٿا.ريسرچ دائمي ٻوٽن جي مطالعي لاء اهم حوالو مهيا ڪيو.
6.A ڪروموزوم-سطح ڪيمپٽوٿيڪا ايڪوميناتا جينوم اسمبلي ڪيمپٽوٿيسن بايو سنٿيسس جي ارتقائي اصليت ۾ بصيرت مهيا ڪري ٿي
تعاون ٿيل سهولت: سچوان يونيورسٽي
جرنل: فطرت مواصلات
اثر فيڪٽر: 14.912
هن پروجيڪٽ ۾ هڪ اعليٰ معيار جي، ڪروموزوم-سطح جي C. ايڪومينتا جينوم اسمبلي جي رپورٽ ڪئي وئي، جينوم سائيز 414.95Mb ۽ ContingN50 1.47Mb سان.اسان ڏٺو ته C. acuminata هڪ آزاد پوري جينوم جي نقل جو تجربو ڪري ٿو ۽ ان مان نڪرندڙ ڪيترائي جينس ڪيمپٽوٿيسن بايو سنٿيسس سان لاڳاپيل آهن.LAMT جين جو فعلي ڦيرو ۽ ٻن SLAS جين جو مثبت ارتقا، تنهن ڪري، ٻنهي C. acuminata ۾ ڪيمپٽوٿيسن بايو سنٿيسس ۾ تمام گهڻو حصو ڏنو.نتيجن کي ثانوي ميٽابولائٽ جي ارتقائي اصل ۾ جينياتي تبديلين جي سڃاڻپ ۾ اعلي معيار جي جينوم اسيمبلي جي اهميت تي زور ڏنو.
7.Allele-defined genome ظاھر ڪري ٿو بيليليڪ فرق کي ڪاساوا ارتقاء دوران
تعاون ٿيل سهولت: چائنيز اڪيڊمي آف ٽراپيڪل ايگريڪلچر سائنسز
جرنل: ماليڪيولر پلانٽ
اثر فڪر: 13.162
هن پروجيڪٽ پئسفڪ بايو سائنسز (PacBio) جي ترتيب واري پليٽ فارم کي استعمال ڪندي ڪاساوا لاءِ هڪ ريفرنس جينوم گڏ ڪيو ContigN50 1.1Mb سان.BUSCO، LAI انڊيڪس، ۽ اعلي کثافت جينياتي نقشي جي تشخيص کان پوء، گڏ ڪيل جينوم ريفرنس گريڊ جي طور تي تصديق ڪئي وئي آهي.بيڪار علائقن جي نشاندهي ڪئي وئي ۽ Contigs 18 pseudochromosomes تي Hi-C لنڪس استعمال ڪندي لنگر انداز ڪيا ويا.ڪاساوا لاءِ هي اعليٰ معيار ۽ ايللي بيان ڪيل ريفرنس جينوم هوموولوس ڪروموزوم تي مختلف بائي-ايلز جي سڃاڻپ ڪرڻ ۾ قيمتي آهي، جنهن کي ڳولڻ جي اجازت ڏني وئي آهي مختلف ۽ اظهار جي تسلط جي بي-ايلليز ۽ انهن جي بنيادي ارتقائي قوتن جي.اهو ڪاساوا ۽ ٻين انتهائي متفاوت فصلن ۾ نسلن جي حڪمت عملين کي جديد بڻائڻ ۾ مدد ڪئي.
8. جينومڪ بصيرت ۾ پولونيا جي تيزيءَ سان واڌارو ۽ پولونيا جي جادوگرن جي جھنڊو جي ٺهڻ
تعاون ٿيل سهولت: هينان زرعي يونيورسٽي
جرنل: ماليڪيولر پلانٽ
اثر فڪر: 13.162
هن پروجيڪٽ پولونيا فارچوني جي هڪ اعليٰ معيار جي ايٽمي جينوم کي گڏ ڪيو، جنهن جي ماپ 511.6 Mb آهي، جنهن ۾ 93.2 سيڪڙو ترتيبون 20 pseudochromosomes تي لنگر انداز ٿي رهيون آهن.اعليٰ فتوسنتيڪ ڪارڪردگي C3 فتوسنتيسس ۽ ڪراسوليسين ايسڊ ميٽابولزم جي رستي کي ضم ڪرڻ جي ذريعي حاصل ڪئي وئي آهي، جيڪا شايد پالونيا جي وڻن جي انتهائي تيز ترقي جي عادت ۾ مدد ڪئي هجي.PaWB phytoplasma جي اضافي جينوم جي ترتيب، فنڪشنل تجزين سان گڏ، ظاهر ڪيو ويو آهي ته اثر ڪندڙ PaWB-SAP54 سڌو سنئون Paulownia PfSPla سان رابطو ڪري ٿو، جنهن جي نتيجي ۾ Ubiquitin-mediated pathway جي ذريعي PfSPLA جي تباهي جو سبب بڻائيندو آهي ۽ ويچس جي ٺهڻ جي ڪري ٿي.ڊيٽا paulownias جي حياتيات ۽ PaWB جي ٺهڻ لاء ريگيوليٽري ميڪانيزم ۾ اهم بصيرت مهيا ڪئي.
جانورن جي جينوم - نسلن جي ارتقاء جي گہری بصيرت
1. Nautilus pompilius جو جينوم اکين جي ارتقا ۽ بائيو منرلائيزيشن کي روشن ڪري ٿو
تعاون ڪيل سهولت: سائوٿ چائنا سمنڊ انسٽيٽيوٽ آف اوشنالوجي، CAS
جرنل: قدرتي ماحوليات ۽ ارتقاء
اثر فيڪٽر: 15.462
هن منصوبي Nautilus pompilius لاء هڪ مڪمل جينوم پيش ڪيو.اهو ترتيب ڏنل سيفالوپڊس جي وچ ۾ گهٽ ۾ گهٽ جينوم آهي، جيڪو 730.58Mb سان گڏ آهي ContigN50 = 1.1Mb.BUSCO جي تشخيص جو نتيجو 91.31٪ آهي.ٽرانسڪرپٽوم، پروٽوم، جين فيملي ۽ phylogenetic تجزيي سان گڏ، هي جينوم سيفالوپوڊ جدت تي هڪ بنيادي حوالو مهيا ڪيو، جهڙوڪ pinhole eye ۽ biomineralization.تحقيق ظاهر ڪيو آهي ته هاڪس جين ڪلستر جي مڪمل ٿيڻ تي نقصان Mollusks جي شيل جي غائب ٿيڻ سان لاڳاپيل ٿي سگهي ٿي.خاص طور تي، جين جي نقصان، آزاد تڪرار ۽ مخصوص جين خاندانن جي توسيع ۽ انهن سان لاڳاپيل ريگيوليٽري نيٽ ورڪن سميت ڪيترن ئي جينوميڪ جدت، ممڪن آهي ته نوٽيلس پنهول اکين جي ارتقاء کي وڌايو.ناٽيلس جينوم ارتقائي منظرنامي ۽ جينومڪ جدت جي بحاليءَ لاءِ هڪ قيمتي وسيلو بڻيو جيڪو موجوده سيفالوپڊس جي شڪل اختيار ڪري ٿو.
2.Seadragon جينوم تجزيو ان جي فينوٽائپ ۽ جنس جي طئي ڪرڻ واري جڳهه ۾ بصيرت مهيا ڪري ٿو
تعاون ڪيل سهولت: سائوٿ چائنا سمنڊ انسٽيٽيوٽ آف اوشنالوجي، CAS
جرنل: سائنس جي ترقي
اثر جو عنصر: 14.132
هي پروجيڪٽ ڊي نوو-سيڪينسڊ نر ۽ مادي جينوم جي عام سيڊراگون (Phyllopteryx taeniolatus) ۽ ان جي ويجهن لاڳاپيل نسلن، alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Phyllopteryx taeniolatus لاءِ جينوم جي ماپ ~ 659 Mb（♂） ۽ ~663 Mb（♀） آهي، 10.0Mb ۽ 12.1mb جي contigN50 سان.Phyllopteryx taeniolatus لاءِ جينوم جي ماپ 637 Mb（♂）۽ ~648 Mb（♀） آهي، 18.0Mb ۽ 21.0Mb جي contigN50 سان.phylogenetic تجزيي ذريعي، عام سيڊراگن ۽ ايليگيٽر پائپ فش Syngnathinae جي ڀيڻ ٽئڪسون آهن، ۽ تقريباً 27.3 ماهه اڳ ڌار ٿي ويون.ٽرانسڪرپشن پروفائلز هڪ ارتقائي نواڻ مان، پتي جهڙو ضميمو، ڏيکاري ٿو ته جين جو هڪ سيٽ عام طور تي فن جي ترقي ۾ شامل آهي ۽ گڏوگڏ ممڪن ٽشو جي مرمت ۽ مدافعتي دفاعي جين لاء ٽران-اسڪرپٽس جي افزودگي سان گڏ ڪيو ويو آهي.هڪ مرد جي مخصوص amhr2y جين کي عام سيڊراگن ۽ ايليگيٽر پائپ فش پاران ورهائڻ واري جڳهن کي انڪوڊنگ ڪرڻ واري جنس جي نشاندهي ڪئي وئي.هن پروجيڪٽ انضمام ارتقاء جي مطالعي لاء نازڪ ثبوت مهيا ڪيو.
پوسٽ جو وقت: سيپٽمبر-19-2022