GWAS
عنوان: پوري جينوم جي ريزڪينسنگ ظاهر ڪري ٿي براسيڪا نيپس جي اصليت ۽ جينياتي لوسي ان جي سڌاري ۾ ملوث
جرنل: فطرت مواصلات
اين جي ايس |WGS |جواب ڏيڻ |GWAS |ٽرانسڪرپٽ |RNAseq |براسيڪا نيپس |ارتقاء |گھربل
هن مطالعي ۾، بايو مارڪر ٽيڪنالاجيز مهيا ڪيل خدمتون NGS ترتيب تي، انهي سان گڏ ٽيڪنيڪل سپورٽ بائيو انفارميٽڪس تجزيي تي ڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ تي.
پس منظر
براسيڪا نيپس(rapeseed) هڪ اهم تيل جي ٻج جو فصل آهي ۽ پوليپلائيڊ اسپيسيشن، ارتقا ۽ چونڊ جي عمل جي تحقيقات لاءِ هڪ بهترين نمونو آهي.تنهن هوندي به، ڇا جهنگلي نسلن يا پالتو ڊونرز والدين جي پيدائش وارا هئا ۽ جينس جيڪي rapeseed ۾ پالڻ ۽ سڌارڻ ۾ مدد ڪئي، اڃا تائين اڻڄاتل آهن.
مواد ۽ طريقا
مواد:588بي نيپسهن مطالعي ۾ 466 ايشيا کان، يورپ مان 102، اتر آمريڪا کان 13، ۽ آسٽريليا کان 7 شامل هئا.ترقي جي عادت جي رڪارڊ جي بنياد تي، انهن مواد کي ٽن ايڪوٽائپس ۾ ورهايو ويو؛بهار (86 رسائي)، سياري (74 رسائي)، ۽ نيم سياري (428 رسائي).
تسلسل:سراسري لڳ ڀڳ.5× (3.37 × کان 7.71 × تائين)
تسلسل پليٽ فارم:Illumina Hiseq 4000
ڊيٽا جي پيداوار:4.03 ٽي بي صاف ڊيٽا
SNP ڪالنگ:BWA + GATK.5,294,158 SNPs ۽ 1,307,151 InDels حاصل ڪيا ويا.
نتيجا
بي نيپس جو اصل
بي نيپسھڪڙو ذيلي جينوم يورپي ٽرنپ جي ابن ڏاڏن مان ٺاھيو ويو.جين جي وهڪري جو واقعو يورپي ٽرپ کان وٺي تائينبي ناپوs هڪ ذيلي جينوم ~ 106-1170 سال اڳ ٿيو.بي نيپسC ذيلي جينوم شايد انهن نسبن جي عام اباڻي مان ترقي ڪئي هجي.جي ڏاڏيبي نيپسچئن B. oleracea subspecies جي گڏيل اباڻي کان جدا ٿي، تازو جين جي وهڪري سانبي نيپس~ 108-898 سال اڳ.بي نيپسسي سبجينوم هڪ سبجينوم کان وڌيڪ پيچيده اصل آهي.دوران ٻنهي ٻن ذيلي جينوم ۾ هڪ مضبوط رڪاوٽ پيدا ٿيبي نيپسارتقا.سيارو ۽ نيم سياروبي نيپسماحوليات ~ 60 سال اڳ مختلف ٿي ويا، جڏهن ته سياري ۽ بهاربي نيپس~ 416 سال اڳ ڦيرايو ويو، ۽ تيل وارو ۽ غير تيل واروبي نيپسڦيرايو ~ 277 سال اڳ.
تصوير 2 آبادي جو ڍانچو 588 ب. نيپس رسينس ۽ 199 بي ريپا رسيسن جو.
تصوير 3 588 B. نيپس جي رسائي ۽ 119 B. oleracea accessions جي آبادي جي جوڙجڪ
چونڊ سگنل ۽ جينوم-وائڊ ايسوسيئيشن اڀياس.
بهتري جي پهرين مرحلي دوران (FSI)، A subgenome جي ڀيٽ ۾ B. napus C سبجينوم ۾ وڌيڪ جينياتي تنوع گم ٿي ويو.گھٽ جينياتي فرق پيدا ٿيو FSI دوران بهتري جي ٻئي مرحلي جي ڀيٽ ۾ (SSI).جين ايس ايس آئي-انتخاب سگنل علائقن ۾ زوردار رواداري، ترقي ۽ ميٽابولڪ رستن ۾ افزودگي ڪئي وئي.60 جڳهيون خاص طور تي 10 ٽارگيٽ جي خاصيتن سان جڙيل آهن، جن ۾ 5 سان لاڳاپيل ٻج جي پيداوار، 3 سليڪ ڊگھائي، 4 تيل جي مواد، ۽ 48 ٻج جي معيار سان لاڳاپيل آهن.
تصوير 4 جينوم-وائڊ اسڪيننگ ۽ چونڊيل علائقن جي تشريح B. napus جي SSI دوران
ٽرانسڪرپشن جو تجزيو
RNAseq ڊيٽا 11 ٽشوز جي هڪ اعلي-تيل-مواد ۽ ٻٽي-گهٽ cultivar ۽ هڪ گهٽ-تيل-مواد ۽ ٻٽي-اعلي cultivar جي سڃاڻپ glucosinolate biosynthetic عمل سان لاڳاپيل جين خاص طور تي وڌيڪ نمائندگي ڪئي وئي هئي.
تصوير 5 بي نيپس جي ايڪوٽائپ سڌاري جي چونڊ جي تحت گلن جي وقت جي ضابطي جو جائزو
بحث مباحثو
هن مطالعي جي اصليت ۽ سڌاري جي تاريخ کي سمجهڻ لاء هڪ قيمتي وسيلو مهيا ڪيوبي نيپس۽ اهم زرعي پيچيده خاصيتن جي جينياتي بنيادن جي تقسيم کي آسان بڻائي سگهندي.اھم SNPs جو تعلق سازگار مختلف قسمن، چونڊ سگنلن ۽ اميدوارن جي جين سان آھي مستقبل ۾ خاص طور تي پيداوار، ٻج جي معيار، تيل جي مواد، ۽ ھن تازي آلوپوليپلائيڊ فصل ۽ ان جي مائٽن جي موافقت کي بھتر ڪرڻ ۾.
حوالو
مڪمل جينوم جي ترتيب ظاهر ڪري ٿي براسيڪا نيپس جي اصليت ۽ جينياتي لوسي ان جي سڌاري ۾ ملوث [J].فطرت مواصلات، 2019، 10 (1).
خبرون ۽ نمايان بايو مارڪر ٽيڪنالاجيز سان جديد ڪامياب ڪيسن کي حصيداري ڪرڻ جو مقصد، ناول جي سائنسي ڪاميابين کي پڪڙڻ ۽ مطالعي دوران لاڳو ڪيل نمايان ٽيڪنالاجيون.
پوسٽ ٽائيم: جنوري-05-2022