T2T جينوم اسيمبلي، گپ مفت جينوم
1stٻه چانور جينوم1
عنوان: زيان/انڊيڪا چانورن لاءِ ٻن گيپ فري ريفرنس جينومس جي اسيمبلي ۽ تصديق ٻوٽي سينٽرومير آرڪيٽيڪچر ۾ بصيرت کي ظاهر ڪري ٿي
دوئي:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
پوسٽ ٿيل وقت: جنوري 01، 2021.
انسٽيٽيوٽ: Huazhong زرعي يونيورسٽي، چين
مواد
O. sativa xian/Indicaچانورن جي قسمن 'Zhenshan 97 (ZS97)' ۽ 'Minghui 63 (MH63)
ترتيب واري حڪمت عملي
NGS پڙھندو آھي + HiFi پڙھندو آھي + CLR پڙھندو آھي + BioNano + Hi-C
ڊيٽا:
ZS97: 8.34 Gb（~23x）HiFi ريڊس + 48.39 Gb (~131x) CLR ريڊس + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys سيل
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi ريڊس + 48.97 Gb (~132x) CLR ريڊس + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys سيل
شڪل 1 چانورن جا ٻه خالي جينوم (MH63 ۽ ZS97)
2ndڪيلا جينوم2
عنوان: ڪيلي جا ٽيلومير کان ٽيلومير گپلیس ڪروموزوم نانوپور جي ترتيب کي استعمال ڪندي
دوئي:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
پوسٽ ٿيل وقت: اپريل 17، 2021.
انسٽيٽيوٽ: Université Paris-Saclay، فرانس
مواد
ڊبل هيپلوڊموسيٰ ايڪومينتاايس پي پيmalaccensis(ڊي ايڇ-پهانگ)
حڪمت عملي ۽ ڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ:
HiSeq2500 PE250 موڊ + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ آپٽيڪل نقشو (DLE-1+BspQ1)
جدول 1 موسيٰ ايڪوميناتا (DH-Pahang) جينوم اسيمبلين جو مقابلو
شڪل 2 موسي جي جينومس آرڪيٽيڪچر جو مقابلو
3rdPhaeodactylum tricornutum جينوم3
عنوان: ٽيلومير کان ٽيلومير جينوم اسمبلي آفP
haeodactylum tricornutum
دوئي:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
پوسٽ ٿيل وقت: مئي 04، 2021
انسٽيٽيوٽ: مغربي يونيورسٽي، ڪينيڊا
مواد
Phaeodactylum tricornutum(Culture Collection of Algae and Protozoa CCAP 1055/1)
حڪمت عملي ۽ ڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ:
1 آڪسفورڊ نانوپور مينيئن فلو سيل + هڪ 2 × 75 جوڙو-آخر مڊل آئوٽ پُٽ NextSeq 550 رن
شڪل 3 ٽيلومير کان ٽيلومير جينوم اسمبلي لاءِ ڪم فلو
4thانساني CHM13 جينوم4
عنوان: انساني جينوم جو مڪمل سلسلو
دوئي:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
پوسٽ ٿيل وقت: مئي 27، 2021
انسٽيٽيوٽ: نيشنل انسٽيٽيوٽ آف هيلٿ (NIH)، آمريڪا
مواد: سيل لائن CHM13
حڪمت عملي ۽ ڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ:
30× PacBio سرڪيولر اتفاق راءِ (HiFi) , 120× آڪسفورڊ نانوپور الٽرا لانگ ريڊ سيڪوئنسنگ , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-N, Maps) ۽ Strand-seq
جدول 2 GRCh38 ۽ T2T-CHM13 انساني جينوم اسيمبلين جو مقابلو
حوالو
1. سرجي نورڪ وغيره.انساني جينوم جو مڪمل سلسلو.bioRxiv 2021.05.26.445798؛doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. ڪيرولين بيلسر ۽ ٻيا.ڪيلي جا ٽيلومير کان ٽيلومير گپلیس ڪروموزوم نانوپور جي ترتيب کي استعمال ڪندي.bioRxiv 2021.04.16.440017؛doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. دانييل جي گيگيور وغيره.ٽيلومير کان ٽيلومير جينوم اسيمبليءَ جو Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. جيا منگ گيت وغيره.زيان/انڊيڪا چانورن لاءِ ٻن گيپ فري ريفرنس جينومس جي اسيمبلي ۽ تصديق پلانٽ سينٽرومير آرڪيٽيڪچر جي بصيرت کي ظاهر ڪري ٿي.bioRxiv 2020.12.24.424073؛doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
پوسٽ ٽائيم: جنوري-06-2022