انساني جينوميڪس
فطرت جينياتي
ڊگھي-پڙهندڙ تسلسل کي سڃاڻي ٿو GGC ورجائي توسيع NOTCH2NLC ۾ جڙيل نيورونل intranuclear inclusion disease سان
ONT جي حوالي سان |روشني |مڪمل exome تسلسل |CRISPR-Cas9 ONT ھدف ٿيل ترتيب |آر اين اي سيق |ONT 5mC ميٿيليشن ڪالنگ
نمايان
1. ھڪڙي وڏي NIID خاندان تي ڳنڍڻ جي تجزيي ذريعي، ٻن ڳنڍيل علائقن جي سڃاڻپ ڪئي وئي.
2.ONT-based long-read sequencing and Cas-9 وچولي ٿيل افزودگي ONT تسلسل دريافت ڪيو NIID جو هڪ امڪاني جينياتي سبب، NOTCH2NLC جي 5′ UTR ۾ GGC ٻيهر توسيع.ھن مطالعي ۾ پھريون ڀيرو انساني مخصوص جين ۾ ورجائي توسيع جي رپورٽ ڪئي وئي جيڪا ڀاڱي جي نقلن ذريعي ترقي ڪئي وئي.
3.RNA تسلسل ظاهر ڪيو غير معمولي اينٽي سينس ٽرانسڪرپٽس شروع ۾ يا اندر اندر GGC ٻيهر توسيع وارن علائقن ۾ NOTCH2NLC.
پس منظر
Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) ھڪ ترقي پسند ۽ موتمار نيوروڊجينيريٽو بيماري آھي، جيڪا مرڪزي ۽ پردي جي نروس سسٽم ۾ eosinophilic hyaline intranuclear inclusions جي موجودگيءَ جي ڪري آھي.ان جي انتهائي متغير ڪلينڪل ظاهري تشخيص ۾ وڏيون مشڪلاتون پيدا ڪن ٿيون جيستائين چمڙي جي بايوپسي جي تعارف تائين.بهرحال، هسٽوپيٿولوجي تي ٻڌل طريقا اڃا تائين غلط تشخيص جو شڪار آهن، جيڪو NIID جي جينياتي سمجھڻ لاء سڏيندو آهي.
حاصلات
ڳنڍڻ جو تجزيو
Sهارٽ-پڙهندڙ ترتيب جي بنياد تي پوري جينوم جي ترتيب (WGS) ۽ سڄو exome ترتيب (WES) هڪ وڏي NIID خاندان (13 متاثر ۽ 7 غير متاثر ٿيل ميمبرن) تي ڪيو ويو.SNPs تي ڳنڍڻ جو تجزيو انهن ڊيٽا مان ڪڍيو ويو صرف ٻه ڳنڍيل علائقا: هڪ 3.5 Mb علائقو 1p36.31-p36.22 تي (وڌ ۾ وڌ LOD = 2.32) ۽ 58.1 Mb علائقو 1p22.1-q21.3 تي (وڌ ۾ وڌ LOD: 4.21.3). ).جڏهن ته، انهن ڳنڍيل علائقن ۾ ڪو به روگجنڪ SNPs يا CNVs جي نشاندهي نه ڪئي وئي.
NOTCH2NLC ۾ GGC ٻيهر واڌارو
N8 خاندانن مان 13 متاثر ۽ 4 غير متاثر ٿيل ميمبرن تي anopore-based sequencing تي عمل ڪيو ويو (ٻيو متاثر ميمبر Pacbio long read sequencing پليٽ فارم طرفان ترتيب ڏنو ويو.).ڊگهي پڙهيل ڊيٽا ظاهر ڪيو بيماري سان لاڳاپيل GGC 5′ UTR جي NOTCH2NLC جين ميپنگ ۾ 58.1 Mb جڙيل علائقي ۾ ٻيهر واڌارو (شڪل 1).RP-PCR پاران ٽيسٽ ڪيل سڀني 40 اسپوراڊڪ NIID ڪيسن ۾ اهي ٻيهر ورهاڱي جي نشاندهي پڻ ڪئي وئي.
Cجيئن-9 ثالثي ھدف جي ترتيب نانوپور پليٽ فارم تي استعمال ڪئي وئي NOTCH2NLC ريپٽ (100 X-1,795 X) تي وڌيڪ پڙھندڙ ڪوريج حاصل ڪرڻ لاءِ.انهن اتفاق جي ترتيبن تي اڳئين نتيجن سان چڱي ريت اتفاق ڪيو ويو GGC جي ٻيهر توسيع تي.ان کان علاوه، {(GGA)n (GGC)n}n ورجائي سڃاڻپ ڪئي وئي هڪ امڪاني جينياتي مارڪر جي طور تي ڪمزور-غالب فينوٽائپ (شڪل 2).
شڪل 1. بيماري سان لاڳاپيل بار بار وڌائڻ جي نشاندهي ڪئي وئي NOTCH2NLC isoforms جي exon 1 تي.
شڪل 2. NPTCH2NLC جو اتفاق وارو سلسلو NIID مريضن ۾ ورجائي ٿو (*) يا بغير ڪمزور-غالب فينوٽائپ
NOTCH2NL جينز انسانن لاءِ مخصوص جينز آهن، جن کي مڃيو وڃي ٿو ته انساني دماغ جي ارتقا ۽ اعصابي بيمارين ۾ اهم ڪردار ادا ڪن ٿا.جڏهن ته، ٽي NOTCH2 لاڳاپيل جينز (NOTCH2NLA، NOTCH2NLB ۽ NOTCH2NLC) سان > 99.1٪ ترتيب جي سڃاڻپ کي حل نه ڪيو ويو جيستائين تازو انساني جينوم اسيمبليء ۾.نانوپور پليٽ فارم تي سنٿيسس-آزاد ۽ ڊگھي-پڙهندڙ تسلسل اعليٰ مماثلت وارن علائقن کي حل ڪرڻ ۾ قابل ذڪر فائدا ڏيکاريا آهن ۽ (GGC)n 100٪ GC-rich سان ٻيهر ورجائي ٿو.
NOTCH2NLC ۾ GGC ٻيهر واڌارو
Transcriptome sequencing تي عمل ڪيو ويو 2 متاثر ٿيل ۽ 2 غير متاثر ٿيل ميمبرن تي.NOTCH2NL paralogs جي پهرين exons جي اپ اسٽريم ۾ حس ۽ antisense strands تي عام پڙهڻ جي کوٽائي جو حساب ڪيو ويو.غير معمولي مخالف احساس ٽرانسڪرپٽ صرف متاثر ٿيل ڪيسن ۾ مليا آهن، جيڪي شروع ۾ يا اندر اندر ويڪرائي توسيع واري علائقي (F1-14 ۾ جامني چوٽي ۽ F1-16 شڪل 3 ۾).ان کان سواء، 54 DEGs جي نشاندهي ڪئي وئي ۽ سڀني کي GO ۽ MPO شرطن ۾ نيورونل افعال سان لاڳاپيل ڪيو ويو.
شڪل 3. غير متاثر ٿيل (مٿي) ۽ متاثر ٿيل (هيٺ ڏنل) ڪيسن ۾ NOTCH2NLC جي پهرين ايڪسون جي اپ اسٽريم تي عام پڙهڻ جي کوٽائي.
ٽيڪنالاجي
آڪسفورڊ نانوپور ٽيڪنالاجيز (ONT)
Nanopore sequencing پاڻ کي ٻين ترتيب واري پليٽ فارمن کان الڳ ڪري ٿي، ان ۾ نيوڪليوٽائڊس سڌو سنئون ڊي اين اي سنٿيسس جي عمل کان سواءِ پڙهيا ويندا آهن.جيئن ته هڪ واحد اسٽينڊ ڊي اين اي نانو-سائز پروٽين جي پور (نانوپور) مان گذري ٿو، مختلف نيوڪليوٽائڊس مختلف آئنڪ واءُ پيدا ڪن ٿا، جن کي پڪڙي سگهجي ٿو ۽ بيسز جي تسلسل ۾ منتقل ڪري سگهجي ٿو.ONT ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارم پاڻ ڊي اين اي پڙهڻ جي ڊيگهه تي ظاهري ٽيڪنيڪل حد نه ڏيکاريندي آهي.تنهن ڪري، الٽرا ڊگھي پڙهائي (ULRs) اعلي معيار جي جينوم اسيمبليء لاء دستياب آهن.ان کان علاوه، اهي انتهائي ڊگها پڙهيا، جيڪي ڪافي ڊگها آهن پيچيده ترتيب جي خاصيتن يا ساخت جي تبديليءَ کي پار ڪرڻ لاءِ، هتي مختصر پڙهڻ واري ترتيب جي حدن کي ختم ڪرڻ ۾ مدد ڪن ٿا.
نانوپور جي ترتيب
ساخت جي تبديلي (SV) جي سڃاڻپ
Synthesis-free sequencing وڏي حد تائين محفوظ ٿيل ڊي اين اي ميٿيليشن معلومات ٽيمپليٽ تي.Methylated A, T, C ۽ G اڻ ميٿيل ٿيل وارن مان الڳ آئنڪ واهه ٺاهي ٿو، جيڪي سڌو سنئون پليٽ فارم ذريعي پڙهي سگهجن ٿيون.نانوپور جي ترتيب 5mC ۽ 6mA ٻنهي جي مڪمل جينوم پروفائلنگ کي اڪيلو نيوڪليوٽائيڊ ريزوليوشن تي طاقت ڏئي ٿي.
حوالو
جون سون، وغيره.ال.ڊگھي پڙهڻ واري ترتيب جي سڃاڻپ ڪري ٿي GGC جي ورهاڱي جي توسيع NOTCH2NLC ۾ نيورونل intranuclear inclusion disease سان لاڳاپيل.فطرت جينياتي (2019)
ٽيڪنالاجي ۽ نمايان مختلف ريسرچ ميدان ۾ مختلف اعليٰ ذريعي جي ترتيب واري ٽيڪنالاجيز جي تمام تازي ڪامياب ايپليڪيشن کي شيئر ڪرڻ ۽ تجرباتي ڊيزائن ۽ ڊيٽا مائننگ ۾ شاندار خيالن جي حصيداري ڪرڻ جو مقصد آهي.
پوسٽ ٽائيم: جنوري-06-2022