مڪمل جينوم جي ڳولا
SARS-CoV-2 جي جينومڪس مانيٽرنگ هڪ Nsp1 حذف ڪرڻ واري قسم کي ظاهر ڪري ٿو جيڪو ماڊل I interferon ردعمل کي ماڊل ڪري ٿو
نانوپور |روشني |مڪمل جينوم جي ترتيب |metagenomics |آر اين اي-سيق |سنگر
بايو مارڪر ٽيڪنالاجيز هن مطالعي ۾ نموني جي ترتيب تي ٽيڪنيڪل سپورٽ مهيا ڪئي.
نمايان
1.SARS-CoV-2 جينوم جي ترتيب ۽ phylognetic تجزيو 35 بار بار ٿيندڙ ميوٽيشنز جي نشاندهي ڪن ٿا جن ۾ 31 SNPs ۽ 4 Indels شامل آهن.
2. 117 ڪلينڪ فينوٽائپس سان ايسوسيئيشن ممڪن طور تي ظاهر ڪري ٿو
اهم ميوٽيشنز.
∆500-532 Nsp1 ڪوڊنگ علائقي ۾ هيٺين وائرل سان لاڳاپو رکي ٿو
3. لوڊ ۽ سيرم IFN-β.
4. ∆500-532 ميوٽيشن سان وائرل آئسوليٽ هيٺين IFN-I کي متاثر ڪن ٿا
متاثر ٿيل سيلز ۾ ردعمل.
تجرباتي ڊيزائن
حاصلات
1. COVID-19 ايپيڊميولوجيڪل ۽ جينومڪ نگراني
22 جنوري 2020 کان 20 فيبروري 2020 تائين وبائي عرصي دوران چين جي صوبي سيچوان ۾ ڪلينڪل ڊيٽا گڏ ڪيو ويو. سيچوان ۾ qPCR ٽيسٽن ذريعي ڪل 538 COVID-19 ڪيسن جي تصديق ڪئي وئي، جن مان 28.8 سيڪڙو صوبي جا هئا سرمايو.سچوان ۾ تصديق ٿيل ڪيس تيزي سان وڌي ويا، 30 جنوري تي چوٽي تي.انهي سان گڏ، ڊيٽا جي حمايت ڪئي وئي ته سماجي فاصلو وائرس جي پکيڙ کي روڪڻ ۾ هڪ اهم عنصر ٿي سگهي ٿو.
تصوير 1. سيچوان صوبي، چين ۾ COVID-19 جو ايپيڊميولوجيڪل مطالعو
2. SARS-CoV-2 جينوم جي تعمير ۽ مختلف قسمن جي سڃاڻپ
ملٽي پلڪس پي سي آر ايمپليفڪيشن سان گڏ نانوپور جي ترتيب سان، مجموعي طور تي 248 مريضن مان 310 ويجھي يا جزوي-مڪمل جينوم تيار ڪيا ويا.80 سيڪڙو جينومس 10 ريڊز سان ڍڪيل آهن (ميان ڊيپٿ: 0.39 ايم ريڊس في نمونو).
شڪل 2. سيچوان ڪوهورٽ ۾ هر قسم جي فريڪئنسي
مجموعي طور تي 104 SNPs ۽ 18 Indels جي سڃاڻپ ڪئي وئي SARS-CoV-2 جينوم مان، جن ۾ 31 SNPs ۽ 4 Indels جي سڃاڻپ ڪئي وئي بار بار جينياتي مختلف قسمن جي طور تي.ووهان جي 169 نمونن سان ۽ GISAID ۾ 81,391 اعليٰ معيار جي پبلش جينوم ترتيبن سان انهن جو مقابلو ڪندي، 29 مختلف قسمن مان 35 ٻين براعظمن ۾ پيش ڪيا ويا.خاص طور تي، چار مختلف قسمون شامل آهن جن ۾ ∆500-532، ACC18108AT، ∆729-737 ۽ T13243C، صرف سيچوان ۽ ووهان ۾ موجود هئا ۽ GISAID ڊيٽا ۾ غير حاضر هئا، ظاهر ڪن ٿا ته اهي مختلف قسمون ووهان کان بهتر ٿيڻ جو تمام گهڻو امڪان هئا، جيڪي ملن ٿا. مريضن جو سفر رڪارڊ.
وڌ ۾ وڌ امڪان (ML) طريقي سان ارتقائي تجزيي ۽ Bayesian ماليڪيولر ڪلاڪ اپروچز تي عمل ڪيو ويو 88 نئين وائرس سيچوان کان ۽ 250 جينوم ٻين علائقن مان ٺهيل.∆500-532 سان جينوم (Nsp1 ڪوڊنگ واري علائقي ۾ حذف ٿيل) phylogenetic وڻ ۾ گهٽ ورهايل ڏٺا ويا.Nsp1 مختلف قسمن تي Haplotype تجزيو ڪيترن ئي شهرن مان 5 جي سڃاڻپ ڪئي.هنن نتيجن جو مشورو ڏنو ته 500-532 ڪيترن ئي شهرن ۾ واقع ٿيا ۽ ٿي سگهي ٿو ته ووهان کان ڪيترائي ڀيرا درآمد ڪيا وڃن.
شڪل 2. SARS-CoV-2 جينومس ۾ بار بار جينياتي مختلف قسمون ۽ فائيلوجينيٽڪ تجزيو
3. بار بار جينياتي مختلف قسمن جي ايسوسيئيشن ڪلينڪ اثرات سان
117 ڪلينڪل فينوٽائپس COVID-19 جي شدت سان لاڳاپيل هئا، جتي 19 شدت سان لاڳاپيل فينوٽائپس کي سخت ۽ غير شديد خاصيتن ۾ ورهايو ويو.انهن خاصيتن ۽ 35 بار بار جينياتي مختلف قسمن جي وچ ۾ لاڳاپا بائي ڪلستر گرمي ميپ ۾ ويجهڙائي ڪئي وئي.هڪ GSEA-جهڙو درجه بندي افزودگي تجزيي ڏيکاري ٿي ته ∆500-532 رت ۾ ESR، سيرم IFN-β ۽ CD3 + CD8 + T سيل ڳڻپ سان منفي طور تي لاڳاپيل آهي.ان کان علاوه، qPCR ٽيسٽ ڏيکاريا آهن ته مريض وائرس سان متاثر ٿيل 532-500-532 کي سڀ کان وڌيڪ Ct قدر، يعني گهٽ ۾ گهٽ وائرل لوڊ.
شڪل 3. ڪلينڪل فينوٽائپس سان گڏ 35 بار بار جينياتي مختلف قسمن جا اتحاد
4. وائرل ميوٽيشن سان لاڳاپيل ڪلينڪ فينوٽائپس تي تصديق
Nsp1 ڪمن تي ∆500-532 جي اثرن کي سمجھڻ لاءِ، HEK239T سيلز پلاسميڊز سان منتقل ڪيا ويا جيڪي مڪمل ڊگھائي، WT Nsp1 ۽ ميوٽيٽ فارمز کي حذف ڪرڻ سان بيان ڪن ٿا.هر علاج ٿيل HEK239T سيلز جي ٽرانسڪروم پروفائلز کي PCA تجزيو لاء پروسيس ڪيو ويو، ڏيکاري ٿو ته حذف ٿيل ميوٽيون نسبتا ويجھو ڪلستر ٿيل آھن ۽ خاص طور تي WT Nsp1 کان مختلف آھن.ميوٽنٽن ۾ اهي جين جيڪي خاص طور تي اپريگيولڊ ڪيا ويا هئا انهن کي خاص طور تي ”پيپٽائڊ بايوسئنٿيٽڪ/ميٽابولڪ پروسيس“، ”ربونيوڪليوپروٽين ڪمپليڪس بايوجينيسس“، ”پروٽين ٽارگيٽنگ ٽو ميمبرين/ER“ وغيره ۾ افزوده ڪيو ويو. ان کان علاوه، ٻن حذفن WT مان هڪ الڳ توسيع وارو نمونو ڏيکاريو.
شڪل 4. HEK239T سيلز تي ٽرانسڪرٽوم تجزيو WT Nsp1 پاران منتقل ٿيل ۽ حذف ڪرڻ سان
IFN-1 جواب تي حذف ڪرڻ جا اثر پڻ اوور ايڪسپريس ٿيل مطالعي ۾ آزمايا ويا.سڀ آزمائشي حذف ڏيکاريا ويا IFN-1 جوابن کي گھٽائڻ لاءِ منتقل ٿيل HEK239T ۽ A549 سيلز ۾ ٻنهي ٽرانسڪرپٽوم سطح ۽ پروٽين جي سطح تي.دلچسپ ڳالهه اها آهي ته، حذف ڪرڻ ۾ خاص طور تي هيٺيون ضابطو ڪيل جين کي "وائرس جي دفاعي جواب"، "وائرل جينوم ريپليڪشن"، "آر اين اي پوليمرس II پاران ٽرانسپشن جي ضابطي" ۽ "ٽائپ I انٽرفيرون جو جواب" ۾ وڌايو ويو.
شڪل 5. ∆500-532 ميوٽنٽ ۾ انٽرفيرون سگنلنگ رستا جو هيٺيون ضابطو
هن مطالعي ۾، وائرس تي انهن حذفن جو اثر وڌيڪ وائرل انفيڪشن جي مطالعي جي ذريعي تصديق ڪيو ويو.خاص ميوٽنٽ سان گڏ وائرس ڪلينڪل نموني کان الڳ ڪيا ويا ۽ ڪلو-3 سيلز کي متاثر ڪيو ويو.وائرل انفيڪشن جي مطالعي تي تفصيلي نتيجا اخبار ۾ پڙهي سگهجن ٿا.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
حوالو
لن ج، تانگ سي، وي ايڇ، وغيره.SARS-CoV-2 جي جينومڪ مانيٽرنگ هڪ Nsp1 حذف ڪرڻ واري قسم کي ظاهر ڪري ٿو جيڪو ماڊل I interferon ردعمل [J].سيل ميزبان ۽ مائڪروب، 2021.
خبرون ۽ نمايان بايو مارڪر ٽيڪنالاجيز سان جديد ڪامياب ڪيسن کي حصيداري ڪرڻ جو مقصد، ناول جي سائنسي ڪاميابين کي پڪڙڻ ۽ مطالعي دوران لاڳو ڪيل نمايان ٽيڪنالاجيون.
پوسٽ ٽائيم: جنوري-06-2022