ڊگھو غير ڪوڊنگ تسلسل-Illumina
سروس فائدا
● خدمت جا فائدا
● سيلولر ۽ بافتو مخصوص
● مخصوص اسٽيج بيان ڪري ٿو ۽ متحرڪ اظهار جي تبديلي کي پيش ڪري ٿو
● وقت ۽ خلا جي اظهار جا درست نمونا
● گڏيل تجزيو mRNA ڊيٽا سان.
● BMKCloud تي ٻڌل نتيجا پهچائڻ: ڪسٽمائيز ڊيٽا مائننگ پليٽ فارم تي دستياب آهي.
● پراجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ تي 3 مهينن لاءِ وڪري کان پوءِ جون خدمتون
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
| لائبريري | پليٽ فارم | سفارش ٿيل ڊيٽا | ڊيٽا QC |
| rRNA جي گھٽتائي | Illumina PE150 | 10 جي بي | Q30≥85% |
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥6.5؛ جانورن لاءِ: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
نيوڪليوٽائيڊس:
ٽشو: وزن (خشڪ): ≥1 گ
*5 mg کان ننڍي ٽشوز لاءِ، اسان تجويز ڪريون ٿا ته فليش منجمد (مائع نائٽروجن ۾) ٽشو نموني موڪلڻ لاءِ.
سيل معطلي: سيل ڳڻپ = 3 × 107
* اسان منجهيل سيل ليسٽ کي موڪلڻ جي صلاح ڏيو ٿا.ان صورت ۾ ته سيل 5 × 10 کان ننڍو ٿئي ٿو5، فليش منجمد مائع نائيٽروجن ۾ سفارش ڪئي وئي آهي.
رت جا نمونا:
PA×geneBloodRNATube؛
6mLTRIzol ۽ 2mL رت (TRIzol:Blood=3:1)
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر: 2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق جي سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
ترسيل:
1. خشڪ برف: نمونن کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
2.RNAstable tubes: RNA جا نمونا آر اين اي اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ڪري سگھجن ٿا ۽ ڪمري جي حرارت تي موڪليا وڃن ٿا.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
آر اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
بايو انفارميٽڪس
1.LncRNA درجه بندي
LncRNA مٿي ڏنل چئن سافٽ ويئرن پاران پيش ڪيل 4 ڀاڱن ۾ ورهايل هئا: lincRNA، اينٽي سينس-LncRNA، intronic-LncRNA؛احساس- LncRNA.LncRNA درجه بندي هيٺ ڏنل هسٽگرام ۾ ڏيکاريل هئي.
LncRNA درجه بندي
2. DE-lncRNA افزودگي جي تجزيي جي Cis-ھدف ٿيل جينز
ClusterProfiler ڪم ڪيو ويو GO جي افزودگي تجزيي تي cis- targeted genes of differently expressed lncRNA (DE-lncRNA)، حياتياتي عملن، ماليڪيولر افعال ۽ سيلولر اجزاء جي لحاظ کان.GO افزودگي جو تجزيو هڪ عمل آهي جنهن کي سڃاڻڻ لاءِ ڊي اي جي هدايت ڪئي وئي آهي خاص طور تي افزوده ٿيل GO اصطلاحن جي مقابلي ۾ پوري جينوم جي مقابلي ۾.بهتر ڪيل اصطلاحن کي هسٽوگرام، بلبل چارٽ، وغيره ۾ پيش ڪيو ويو جيئن هيٺ ڏيکاريل آهي.
DE-lncRNA جي افزودگي جي تجزيي جي سي آءِس-هدف ٿيل جينس - بلبل چارٽ
3. mRNA ۽ lncRNA جي ڊگھائي، exon نمبر، ORF ۽ ايڪسپريشن جي مقدار جو مقابلو ڪرڻ سان، اسان انھن جي وچ ۾ ڍانچي، تسلسل وغيره ۾ فرق کي سمجھي سگھون ٿا، ۽ اھو به تصديق ڪري سگھون ٿا ته ڇا ناول lncRNA جي اڳڪٿي ڪئي وئي آھي عام خاصيتن سان مطابقت رکي ٿي.
BMK ڪيس
KRAS-G12D ميوٽيشن ۽ P53 ناڪ آئوٽ سان ماؤس ڦڦڙن جي ايڊينو ڪارڪينوماس ۾ غير منظم ٿيل lncRNA ايڪسپريس پروفائل
شايع ٿيل:جرنل آف سيلولر ۽ ماليڪيولر دوائون،2019
ترتيب واري حڪمت عملي
روشني
نموني گڏ ڪرڻ
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) سيلز ۽ منفي ڪنٽرول (sh-Scr) سيلز هڪ مخصوص وائرل انفيڪشن جي ڏينهن 6 تي حاصل ڪيا ويا.
اهم نتيجا
هي مطالعو ماؤس ڦڦڙن جي ايڊينو ڪارڪينوما ۾ غير معمولي طور تي ظاهر ڪيل lncRNAs جي تحقيق ڪري ٿو P53 ناڪ آئوٽ ۽ KrasG12D ميوٽيشن سان.
1.6424 lncRNAs مختلف طور تي بيان ڪيا ويا (≥ 2-fold تبديلي، P <0.05).
2. سڀني 210 lncRNAs (FC≥8) ۾، 11 lncRNAs جو اظهار P53، 33 lncRNAs KRAS پاران ۽ 13 lncRNAs پاران پرائمري KP سيلز ۾ هائپوڪسيا ذريعي ترتيب ڏنو ويو.
3.NONMMUT015812، جيڪو ماؤس ڦڦڙن جي adenocarcinoma ۾ قابل ذڪر طور تي ضابطو ڪيو ويو ۽ P53 جي ٻيهر اظهار ذريعي منفي طور تي ضابطو ڪيو ويو، ان جي سيلولر فنڪشن جو تجزيو ڪرڻ لاء معلوم ڪيو ويو.
4. shRNAs پاران NONMMUT015812 جو Knockdown KP سيلز جي پکيڙ ۽ لڏپلاڻ جي صلاحيتن کي گھٽائي ڇڏيو.NONMMUT015812 هڪ امڪاني oncogene هو.
 NONMMUT015812-نڪ ڊائون KP سيلز ۾ مختلف طور تي ظاهر ڪيل جينز جو KEGG رستو تجزيو |  NONMMUT015812-نڪ ڊائون KP سيلز ۾ مختلف طور تي ظاهر ڪيل جين جو جين آنٽولوجي تجزيو |
حوالو
KRAS-G12D ميوٽيشن ۽ P53 ناڪ آئوٽ [J] سان گڏ ماؤس ڦڦڙن جي ايڊينو ڪارڪينوماس ۾ غير منظم ٿيل lncRNA ايڪسپريس پروفائل.جرنل آف سيلولر ۽ ماليڪيولر دوائون، 2019، 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
