ڊي اين اي / آر اين اي جي ترتيب - PacBio Sequencer
خاصيتون
PacBio sequencer تي ٻه ترتيب ڏيڻ جا طريقا: مسلسل لانگ ريڊ (CLR) ۽ سرڪلر ڪنسنسس ريڊ (CCS)
| تسلسل موڊ | لائبريري سائيز | نظرياتي ڊيٽاپيداوار (في سيل) | سنگل بنياددرستگي | درخواستون |
| سي ايل آر | 20Kb، 30Kb، وغيره. | 80 جي بي کان 130 جي بي | لڳ ڀڳ.85% | نئون، ايس وي ڪالنگ، وغيره. |
| سي سي ايس | 15-20 Kb | 14 کان 40 جي بي / سيل (سيڪوئل II) 70 کان 110 جي بي / سيل (ريويو) نموني تي منحصر آهي | لڳ ڀڳ.99% | نئون, SNP/Indel/SV ڪالنگ، Iso-Seq، |
Revio ۽ Sequel II جي ڪارڪردگي ۽ خاصيتن جو مقابلو
| شرط | تسلسل II سسٽم | ريويو سسٽم | واڌارو |
| اعلي کثافت | 8 ملين ZMWs | 25 ملين ZMWs | 3x |
| آزاد مرحلو | 1 | 4 | 4x |
| مختصر هلائڻ جو وقت | 30 ڪلاڪ | 24 ڪلاڪ | 1.25x |
| 30X HiFi انساني جينومس / سال | 88 | 1,300 | 1مجموعي طور تي 5x |
سروس فائدا
● 8 سالن کان وڌيڪ تجربو PacBio ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارم تي هزارين بند منصوبن سان مختلف نسلن سان.
● مڪمل طور تي جديد PacBio Sequencing پليٽ فارمن سان ليس، Revio ڪافي ترتيب ڏيڻ جي ضمانت ڏيڻ لاءِ.
● تيز موڙ جي چوڌاري وقت، اعلي ڊيٽا جي پيداوار ۽ وڌيڪ صحيح ڊيٽا.
● اعليٰ اثر رکندڙ PacBio تي ٻڌل سوين اشاعتن ۾ حصو ورتو.
نموني جي گهرج
| نموني جو قسم | رقم | ڪنسنٽريشن (Qubit®) | حجم | پاڪائي | ٻيا |
| جينوميڪ ڊي اين اي | ڊيٽا جي گهرج تي دارومدار | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2؛ OD260/230=1.8-2.5 260 nm تي صاف چوٽي،ڪابه آلودگي | ڪنسنٽريشن کي Qubit ۽ Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 ذريعي ماپڻ جي ضرورت آهي |
| ڪل RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5؛ OD260/230 = 0.5-2.5ڪابه آلودگي | RIN قدر ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
خدمت جو ڪم فلو
نموني تيار ڪرڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
پروجيڪٽ پهچائڻ
1. گھر ۾ ڊيٽا حاصل ڪرڻ
ڊيٽا 63 CCS سيلز مان ٺاهيل (26 قسمن مان)
| ڊيٽا-PacBio-CCS-15 Kb | سراسري | وڌ | منٽ | وچين |
| حاصلات - ذيلي پڙھڻ (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| پوليميرس N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| ذيلي ذخيرو N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| سراسري ڊگھائي - پوليميرس | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| سراسري ڊگھائي- ذيلي ذخيرو | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| سراسري ڊگھائي-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR سيلز مان ٺاهيل ڊيٽا (76 قسمن مان)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | سراسري | وڌ | منٽ | وچين |
| حاصلات - ذيلي پڙھڻ (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| پوليميرس N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| ذيلي ذخيرو N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| سراسري ڊگھائي - پوليميرس | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| سراسري ڊگھائي- ذيلي ذخيرو | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. ڊيٽا QC - ڊيموڊيٽا جي پيداوار تي انگ اکر
| نمونو | ccs پڙهڻ جو تعداد | ڪل سي سي بيز (بي پي) | ccs Reads N50 (bp) | ccs مطلب ڊگھائي (bp) | ccs ڊگھو پڙھيو (bp) | ذيلي پڙهڻ جا بنياد (bp) | سي سي جي شرح (٪) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
