مڪمل ڊگھائي mRNA تسلسل -PacBio
سروس فائدا
● 3'- پڇاڙيءَ کان 5'- پڇاڙيءَ تائين پوري ڊگھي cDNA ماليڪيول جو سڌو سنئون پڙهڻ
● ترتيب جي جوڙجڪ ۾ Iso-فارم سطح جي قرارداد
● اعليٰ درستگي ۽ سالميت سان ٽرانسڪرپٽس
● vaours نسلن سان انتهائي مطابقت
● وڏي ترتيب ڏيڻ جي گنجائش 4 PacBio Sequel II ترتيب ڏيڻ واري پليٽ فارم سان ليس
● 700 کان وڌيڪ Pacbio-based RNA ترتيب ڏيڻ واري منصوبن سان تمام گھڻو تجربو
● BMKCloud تي ٻڌل نتيجا پهچائڻ: ڪسٽمائيز ڊيٽا مائننگ پليٽ فارم تي دستياب آهي.
● پراجيڪٽ جي مڪمل ٿيڻ تي 3 مهينن لاءِ وڪري کان پوءِ جون خدمتون
خدمت جي وضاحت
پليٽ فارم: PacBio Sequel II
تسلسل لائبريري: پولي A- enriched mRNA لائبريري
تجويز ڪيل ڊيٽا جي پيداوار: 20 Gb / نمونو (جنسن تي منحصر)
FLNC (٪): ≥75٪
*FLNC: مڪمل ڊگھائي غير چيميرڪ ٽرانسپٽس
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● خام ڊيٽا پروسيسنگ
● نقل جي سڃاڻپ
● ترتيب جي جوڙجڪ
● اظهار جي مقدار
● فنڪشن تشريح
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
نيوڪليوٽائيڊس:
| اتفاق (ng/μl) | رقم (μg) | پاڪائي | سالميت |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 جيل تي ڏيکاريل محدود يا ڪو پروٽين يا ڊي اين اي آلودگي. | ٻوٽن لاءِ: RIN≥7.5؛ جانورن لاءِ: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0؛ محدود يا بي بنياد بلندي |
ٽشو: وزن (خشڪ):≥1 جي
*5 mg کان ننڍي ٽشوز لاءِ، اسان تجويز ڪريون ٿا ته فليش منجمد (مائع نائٽروجن ۾) ٽشو نموني موڪلڻ لاءِ.
سيل معطلي:سيل ڳڻپ = 3 × 106- 1 × 107
* اسان منجهيل سيل ليسٽ کي موڪلڻ جي صلاح ڏيو ٿا.ان صورت ۾ ته سيل 5 × 10 کان ننڍو ٿئي ٿو5, فليش منجمد مائع نائٽروجن ۾ سفارش ڪئي وئي آهي، جيڪا مائڪرو ڪڍڻ لاء بهتر آهي.
رت جا نمونا:حجم ≥1 ايم ايل
مائڪروجنزم:ماس ≥ 1 گ
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
ڪنٽينر:
2 ml سينٽرفيوج ٽيوب (ٽين ورق سفارش نه ڪئي وئي آهي)
نموني ليبلنگ: گروپ + نقل ڪريو مثال طور A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
ترسيل:
1. خشڪ برف: نمونن کي بيگز ۾ ڀريل ۽ خشڪ برف ۾ دفن ڪرڻ جي ضرورت آهي.
2. RNAstable tubes: RNA جا نمونا RNA اسٽيبلائيزيشن ٽيوب (مثال طور RNAstable®) ۾ خشڪ ڪري سگھجن ٿا ۽ ڪمري جي گرمي پد تي موڪليا وڃن ٿا.
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
آر اين اي ڪڍڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
1.FLNC ڊگھائي ورڇ
مڪمل ڊگھائي نان چيميرڪ ريڊ (FLNC) جي ڊگھائي لئبرري جي تعمير ۾ cDNA جي ڊگھائي کي اشارو ڪري ٿي.FLNC ڊگھائي تقسيم لائبريري جي تعمير جي معيار کي جانچڻ ۾ هڪ اهم اشارو آهي.
FLNC پڙهڻ جي ڊيگهه جي تقسيم
2. مڪمل ORF علائقي جي ڊگھائي ورڇ
اسان TransDecoder استعمال ڪريون ٿا اڳڪٿي ڪرڻ لاءِ پروٽين ڪوڊنگ وارن علائقن ۽ ملندڙ امينو اسيد جي ترتيبن کي يونيجن سيٽ ٺاهڻ لاءِ، جنهن ۾ سڀني نمونن ۾ مڪمل غير فالتو ٽرانسڪرپٽ معلومات شامل آهي.
مڪمل ORF علائقي جي ڊگھائي ورڇ
3.KEGG رستي جي واڌاري جو تجزيو
PacBio ترتيب ڏيڻ واري ڊيٽا پاران ٺاهيل مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽ سيٽن تي NGS-based RNA ترتيب واري ڊيٽا کي ترتيب ڏيڻ سان مختلف طور تي ظاهر ڪيل ٽرانسڪرپٽس (DETs) جي سڃاڻپ ڪري سگهجي ٿي.اهي DETs مختلف فنڪشنل تجزين لاءِ اڳتي وڌي سگهن ٿا، مثال طور KEGG رستي جي افزائش جو تجزيو.
DET KEGG رستي جي واڌاري - ڊاٽ پلاٽ
BMK ڪيس
پاپولس اسٽيم ٽرانسڪروم جي ترقي واري متحرڪ
شايع ٿيل: پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي جرنل، 2019
حڪمت عملي جي ترتيب:
نموني گڏ ڪرڻ:اسٽيم علائقا: اپڪس، پهريون انٽرنوڊ (IN1)، ٻيو انٽرنوڊ (IN2)، ٽيون انٽرنوڊ (IN3)، انٽرنوڊ (IN4) ۽ انٽرنوڊ (IN5) Nanlin895 کان
NGS تسلسل:15 ماڻهن جي آر اين اي کي هڪ حياتياتي نموني طور گڏ ڪيو ويو.اين جي ايس جي ترتيب لاءِ هر پوائنٽ جي ٽن حياتياتي نقلن تي عمل ڪيو ويو
TGS تسلسل:اسٽيم علائقن کي ٽن علائقن ۾ ورهايو ويو، يعني apex، IN1-IN3 ۽ IN4-IN5.هر علائقي کي چار قسم جي لائبريرين سان PacBio ترتيب ڏيڻ لاءِ پروسيس ڪيو ويو: 0-1 kb، 1-2 kb، 2-3 kb ۽ 3-10 kb.
اهم نتيجا
1. مجموعي طور تي 87150 مڪمل ڊگھائي ٽرانسڪرپٽس جي سڃاڻپ ڪئي وئي، جن ۾، 2081 ناول آئسفارمز ۽ 62058 ناول متبادل ورهايل آئسفارمز جي سڃاڻپ ڪئي وئي.
2.1187 lncRNA ۽ 356 فيوزن جين جي سڃاڻپ ڪئي وئي.
3. پرائمري ترقي کان ثانوي ترقي تائين، 15838 مختلف طور تي ظاهر ڪيل ٽرانسڪرپٽس مان 995 مختلف طور تي ظاهر ڪيل جين جي سڃاڻپ ڪئي وئي.سڀني DEGs ۾، 1216 ٽرانسپشن فيڪٽر هئا، جن مان گھڻا اڃا تائين رپورٽ نه ڪيا ويا آهن.
4.GO افزودگي تجزيي ظاهر ڪيو سيل ڊويزن جي اهميت ۽ ابتدائي ۽ ثانوي ترقي ۾ آڪسائيڊشن-گهٽتي عمل.
متبادل splicing واقعن ۽ مختلف isoforms
ٽرانسپشن عوامل تي WGCNA تجزيو
حوالو
چاو ق، گاو ZF، ژانگ ڊي، وغيره.پاپولس اسٽيم ٽرانسڪروم جي ترقي واري متحرڪ.پلانٽ بايو ٽيڪنالاجي J. 2019؛ 17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
