تقابلي جينومڪس
سروس فائدا
● جامع تجزيو پيڪيج، جنهن ۾ اٺ سڀ کان وڌيڪ گهربل تجزيا شامل آهن
● نتيجن تي تفصيلي ۽ آساني سان سمجھڻ واري تفسير سان تجزيو ۾ اعلي اعتبار
● سٺي نموني تيار ڪيل انگ اکر شايع ڪرڻ لاءِ
● اعليٰ مهارت رکندڙ بايو انفارميٽڪس ٽيم متنوع ذاتي تجزياتي مطالبن کي پورو ڪري ٿي
● مختصر گھمڻ وارو وقت تجزيو ۾ اعلي درستگي سان
● 90 کان وڌيڪ ڪامياب ڪيسن سان گڏ وسيع تجربو 900 کان مٿي جي مجموعي شايع ٿيل اثر واري عنصر سان
خدمت جي وضاحت
| اندازي مطابق گھمڻ جو وقت | نسلن جو تعداد | تجزيو |
| 30 ڪم ڏينهن | 6 - 12 | جين خانداني ڪلستر جيني خاندان جي توسيع ۽ تڪرار Phylogenetic وڻ جي تعمير فرق جي وقت جو اندازو (فوسيل حساب ڪتاب گھربل) LTR داخل ڪرڻ جو وقت (ٻوٽن لاءِ) مڪمل جينوم نقل (ٻوٽن لاءِ) منتخب دٻاء Synteny تجزيو |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● جيني خاندان
● Phylogenetics
● تفاوت جو وقت
● منتخب دٻاء
● Synteny تجزيو
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
جينوم جي ترتيب ۽ اسيمبليءَ لاءِ ٽشو يا ڊي اين اي
ٽشو لاءِ
| نسل | ٽشو | سروي | PacBio CCS |
| حيوان | ويسرل بافتو | 0.5 ~ 1 گ | ≥ 3.5 گرام |
| عضلتون | |||
| ≥ 5.0 گرام | |||
| ≥ 5.0 مليل | |||
| ممالين جو رت | |||
| ≥ 0.5 ايم ايل | |||
| مرغي/ مڇي جو رت | |||
| ٻوٽو | تازو پنو | 1 ~ 2 جي | ≥ 5.0 گرام |
| پنکڙي/ اسٽيم | 1 ~ 2 جي | ≥ 10.0 گرام | |
| جڙ/ ٻج | 1 ~ 2 جي | ≥ 20.0 گرام | |
| سيلون | ثقافتي سيل | - | ≥ 1 x 108 |
ڊيٽا
جينوم sequence فائلون (.fasta) ۽ تشريح فائلون (.gff3) ويجهي سان لاڳاپيل نسلن جي
سروس ڪم فلو
تجربو ڊيزائن
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
*هتي ڏيکاريل ڊيمو نتيجا سڀ آهن جينوم مان شايع ٿيل آهن Biomarker Technologies سان
1.LTR insert time estimation: انگن اکرن ۾ LTR-RTs داخل ڪرڻ جي وقت ۾ هڪ منفرد بيموڊل تقسيم ڏيکاريل آهي ويننگ رائي جينوم ۾، ٻين نسلن جي مقابلي ۾.سڀ کان تازو چوٽي لڳ ڀڳ 0.5 ملين سال اڳ ظاهر ٿيو.
لي گوانگ وغيره.فطرت جينياتي، 2021
2. Phylogeny and gene family analysis on chayote (Sechium edule): Chayote ۽ جين خاندان ۾ ٻين 13 لاڳاپيل نسلن جو تجزيو ڪرڻ سان، Chayote جو تعلق سانپ جي ٻج (Trichosanthes anguina) سان تمام ويجھو آهي.Chayote 27-45 Mya جي لڳ ڀڳ سانپ جي ٻج مان نڪتل آهي ۽ سڄو جينوم نقل (WGD) 25 ± 4 Mya ۾ chayote ۾ ڏٺو ويو، جيڪو ccuibitaceae ۾ ٽيون WGD واقعو آهي.
فو اي وغيره.باغباني جي تحقيق، 2021
3. Synteny جو تجزيو: ميوي جي ترقيءَ ۾ phytohormones سان لاڳاپيل ڪي جينز چايوٽي، سانپ جي لوڻ ۽ اسڪواش ۾ مليا.چايوٽي ۽ اسڪواش جي وچ ۾ لاڳاپو چايوٽو ۽ نانگ جي وچ ۾ تعلق کان ٿورو وڌيڪ آهي.
فو اي وغيره.باغباني جي تحقيق، 2021
4.Gene خانداني تجزيا: G.thurberi ۽ G.davidsonii جينوم ۾ جين خاندان جي توسيع ۽ تڪرار تي KEGG افزودگي ڏيکاري ٿي ته اسٽيرائڊ بايو سنٿيسس ۽ براسينوسٽرائڊ بايو سنٿيسس سان لاڳاپيل جين کي وڌايو ويو.
يانگ زي وغيره.بي ايم سي حياتيات، 2021
5. مڪمل جينوم نقل ڪرڻ جو تجزيو: 4DTV ۽ Ks تقسيم تجزيو ڏيکاريو ويو سڄو جينوم نقل ڪرڻ وارو واقعو.intraspecies جي چوٽي ڏيکاريل نقلي واقعا.انٽر اسپيسيز جون چوٽيون ڏيکاريل مخصوص واقعا.تجزيي ظاهر ڪيو ته ٻين ٽن ويجهن لاڳاپيل نسلن سان مقابلو ڪندي، O. europaea تازو ئي وڏي پيماني تي جين جي نقل مان گذريو آهي.
رائو جي وغيره.باغباني جي تحقيق، 2021
BMK ڪيس
گلاب کان سواءِ اچار: جينومڪ بصيرت نمي جي موافقت سان ڳنڍيل آهي
شايع ٿيل: نيشنل سائنس جو جائزو، 2021
حڪمت عملي جي ترتيب:
”باسي جيڪَنڊَ کان سواءِ' (آر.ويچورينانجينوم:
لڳ ڀڳ.93 X PacBio + تقريبن.90 X نانوپور + 267 X Illumina
اهم نتيجا
1. اعليٰ معيار جو R.wichuraiana جينوم ڊگھي پڙھڻ واري ترتيب واري ٽيڪنڪ استعمال ڪندي ٺاھيو ويو، جيڪو 530.07 Mb جي اسمبلي حاصل ڪري ٿو (تخميني جينوم جي ماپ لڳ ڀڳ 525.9 Mb فلو سائٽوميٽري ۽ 525.5 جينوم سروي جي حساب سان لڳ ڀڳ 3% ھئي).BUSCO اندازي مطابق نمبر 93.9٪ هو."اولڊ بلش" (haploOB) سان مقابلو ڪندي، هن جينوم جي معيار ۽ مڪمليت جي تصديق ڪئي وئي بيس سنگل بيس جي درستگي ۽ LTR اسيمبلي انڊيڪس (LAI = 20.03).R.wichuraiana جينوم ۾ 32,674 پروٽين ڪوڊنگ جينز شامل آهن.
2.Multi-omics جوائنٽ تجزيو، جنهن ۾ تقابلي جينومڪس، ٽرانسڪرپومڪس، جينياتي آبادي جي QTL تجزيي شامل آهن، R. wichuraiana ۽ Rosa chinensis جي وچ ۾ اهم خصوصيت کي ظاهر ڪيو.انهي سان گڏ، QTL ۾ لاڳاپيل جين جي اظهار جي تبديلي جو امڪان اسٽيم پريڪل نموني سان لاڳاپيل هوندو هو.
Basye؛s Thornless ۽ Rosa chinensis جي وچ ۾ تقابلي جينومڪس تجزيي بشمول synteny analysis، gene family cluster، expansion and Contraction Analysis، وڏي تعداد ۾ مختلف تبديليون ظاهر ڪيون، جيڪي گلابن ۾ اهم خاصيتن سان لاڳاپيل آهن.NAC ۽ FAR1 / FRS جين خاندان ۾ منفرد توسيع تمام گهڻو ممڪن هو ته ڪارو جڳهه جي مزاحمت سان لاڳاپيل هجي.
BT ۽ haploOB جينوم جي وچ ۾ تقابلي جينومڪس تجزيو.
زونگ، ايم، وغيره."گلاب بغير اچار: جينومڪ بصيرت نمي جي موافقت سان ڳنڍيل آهي"نيشنل سائنس جو جائزو2021؛ nwab092.
