16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
سروس فائدا
● ماحولياتي نموني ۾ مائڪروبيل ساخت جي الڳ الڳ ۽ تيز رفتار جي سڃاڻپ
● ماحولياتي نموني ۾ گهٽ-گهڻا اجزاء ۾ اعلي قرارداد
● تازه ترين QIIME2 تجزيي وارو وهڪرو متنوع تجزين سان گڏ ڊيٽابيس، تشريح، OTU/ASV جي لحاظ کان.
● هاء-throughput، اعلي درستگي
● متنوع مائڪروبيل ڪميونٽي مطالعي لاء قابل اطلاق
● BMK 100,000 کان وڌيڪ نمونن/سال سان گڏ وسيع تجربو رکي ٿي، مٽي، پاڻي، گيس، سلج، ٿلهي، آنڊن، چمڙي، خمير جو شور، حشرات، ٻوٽا وغيره.
● BMKCloud آسان ڪيل ڊيٽا جي تشريح تي مشتمل آهي 45 ذاتي تجزيي جا اوزار
خدمت جي وضاحت
| تسلسلپليٽ فارم | لائبريري | تجويز ڪيل ڊيٽا جي پيداوار | اندازي مطابق گھمڻ جو وقت |
| Illumina NovaSeq پليٽ فارم | پي 250 | 50K/100K/300K ٽيگ | 30 ڏينهن |
بايو انفارميٽڪس تجزيا
● خام ڊيٽا معيار ڪنٽرول
● OTU ڪلسترنگ/ڊي-شور (ASV)
● OTU تشريح
● الفا تنوع
● بيٽا تنوع
● بين الاقوامي گروپ تجزيو
● تجرباتي عوامل جي خلاف انجمن جو تجزيو
● فنڪشن جين جي اڳڪٿي
نموني جي گهرج ۽ پهچائڻ
نموني جي گهرج:
لاءِڊي اين اي ڪڍڻ:
| نموني جو قسم | رقم | توجهه | پاڪائي |
| ڊي اين اي ڪڍڻ | > 30 اين | > 1 اين جي / μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
ماحولياتي نموني لاء:
| نموني جو قسم | تجويز ڪيل نموني جي طريقيڪار |
| مٽي | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛باقي سڪل مادي کي سطح تان هٽائڻ جي ضرورت آهي؛وڏن ٽڪرن کي پيس ۽ 2 ملي ايم فلٽر ذريعي گذريو؛محفوظ ڪرڻ لاءِ sterile EP-tube يا cyrotube ۾ عليڪوٽ جا نمونا. |
| وات | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot جا نمونا sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاءِ. |
| آنت جو مواد | نمونن تي عمل ڪرڻ جي ضرورت آهي aseptic حالت ۾.گڏ ٿيل ٽشو کي PBS سان ڌوئڻ؛PBS کي سينٽريفيوج ڪريو ۽ EP-ٽيوب ۾ اڳڪٿي ڪندڙ گڏ ڪريو. |
| ڪچرو | نموني جي رقم: تقريبن.5 گ؛گڏ ڪريو ۽ aliquot سلج جو نمونو sterile EP-tube يا cryotube ۾ محفوظ ڪرڻ لاء |
| پاڻي وارو | مائڪروبيل جي محدود مقدار سان نموني لاءِ، جهڙوڪ نل جو پاڻي، کوهه جو پاڻي، وغيره، گهٽ ۾ گهٽ 1 L پاڻي گڏ ڪريو ۽ 0.22 μm فلٽر ذريعي لنگهيو ته جيئن جھلي تي مائڪروبيل کي بهتر بڻائي سگهجي.جھلي کي sterile ٽيوب ۾ ذخيرو ڪريو. |
| چمڙي | احتياط سان چمڙي جي مٿاڇري کي جراثيم کان پاڪ ڪپهه جي سواب يا جراحي بليڊ سان ڇڪيو ۽ ان کي جراثيم کان پاڪ ٽيوب ۾ رکو. |
تجويز ڪيل نموني پهچائڻ
نموني کي 3-4 ڪلاڪن لاء مائع نائٽروجن ۾ منجمد ڪريو ۽ مائع نائيٽروجن يا -80 درجا ڊگھي مدت تائين محفوظ ڪريو.خشڪ برف سان نموني جي ترسيل گهربل آهي.
سروس ڪم فلو
نموني پهچائڻ
لائبريري جي تعمير
تسلسل
ڊيٽا جو تجزيو
وڪري کان پوء خدمتون
1.Species ورڇ
2. گرمي جو نقشو: اسپيسيز richness ڪلسٽرنگ
3. نادر گروهه وکر
4.NMDS تجزيو
5.Lefse تجزيو
BMK ڪيس
ٽائپ 2 ذیابيطس سان گڏ ۽ ان کان سواءِ ٿلها ماڻهو مختلف گٽ مائڪروبيل فنڪشنل ظرفيت ۽ ساخت ڏيکاريندا آهن
شايع ٿيل:سيل ميزبان ۽ مائڪروب، 2019
حڪمت عملي جي ترتيب:
لين غير ذیابيطس (n = 633)؛ٿلهو غير ذیابيطس (n = 494)؛ٿلهو-قسم 2 ذیابيطس (n = 153)؛
ھدف وارو علائقو: 16S rDNA V1-V2
پليٽ فارم: Illumina Miseq (NGS-based amplicon sequencing)
ڊي اين اي ڪڍڻ جو ذيلي سيٽ Illumina Hiseq تي metagenomic تسلسل جي تابع ڪيو ويو
اهم نتيجا
انهن ميٽابولڪ بيمارين جي مائڪروبيل پروفائلنگ کي ڪاميابيء سان مختلف ڪيو ويو.
16S جي ترتيب سان پيدا ٿيندڙ مائڪروبيل خاصيتن جي مقابلي ڪرڻ سان، ٿلهي کي مائڪروبيل ساخت ۾ تبديلين سان لاڳاپيل مليو، انفرادي خاصيتون، خاص طور تي اڪرمنشيا، فيڪليبيڪيٽريم، آسيلي بيڪٽر، اليسٽائپس، وغيره ۾ اهم گهٽتائي. ان کان علاوه، T2D کي Escherichia/shigella ۾ اضافو سان لاڳاپيل مليو. .
حوالو
Thingholm, LB, et al.ٽائپ 2 ذیابيطس سان گڏ ۽ ان کان سواءِ ٿلها ماڻهو مختلف گٽ مائڪروبيل فنڪشنل ظرفيت ۽ ساخت ڏيکاريندا آهن.سيل ميزبان ۽ مائڪروب26.2 (2019).
