Секвенирование всего транскриптома – Illumina
Преимущества сервиса
● Оценка всех типов РНК с точки зрения количества, экспрессии и относительной экспрессии на основе хромосом.
● Идентификация дифференциально экспрессируемых РНК и соответствующей экспрессии.
● Анализ совместной экспрессии генов.
● сетевой анализ ceRNA
● Ключевые гены, участвующие в анализе путей
● Доставка результатов на основе BMKCloud: на платформе доступен индивидуальный анализ данных.
● Послепродажное обслуживание действительно в течение 3 месяцев после завершения проекта.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| Общая РНК | Иллюмина PE150 и SE50 | Циркуляр/днк/мРНК: 16G;микроРНК: 10 миллионов чтений | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Чистота | Честность | Загрязнение | Количество |
| OD260/280≥1,7–2,5； OD260/230≥0,5–2,5； | Для растений: RIN≥6,5;Для животных: РИН≥7;28S/18S≥1,0;ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии | Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Конц.≥100 нг/мкл;Объем ≥ 10 мкл;Всего ≥ 2 мкг |
Ткань: Вес (сухой): ≥1 г
*Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять быстрозамороженные (в жидком азоте) образцы тканей.
Клеточная суспензия: количество клеток = 3×107.
*Мы рекомендуем отправлять замороженный лизат клеток.Если количество клеток меньше 5×105, рекомендуется мгновенное замораживание в жидком азоте.
Образцы крови:
PA×генBloodRNATube;
6 млтризола и 2 мл крови (тризол:кровь=3:1)
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер:
Центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать оловянную фольгу)
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и отправлять при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
1. Оценка относительной экспрессии всех типов РНК.
Циркос о значимости различий в экспрессии РНК
2. Интегрированная сеть путей KEGG.
Интегрированная сеть путей KEGG
3. сетевой анализ CERNA
Взаимодействия DE-циркулРНК-миРНК-мРНК на основе сети ceRNA
Дело БМК
Характер экспрессии CircRNA и сети ceRNA и miRNA-mRNA, участвующие в развитии пыльников у линии CMS Brassica Campestris
Опубликовано:Международный журнал молекулярных наук,2019 год
Клетки KP (shRNA-2) с нокдауном NONMMUT015812 и клетки отрицательного контроля (sh-Scr) были получены на 6-й день специфической вирусной инфекции.
Ключевые результаты
В результате этого исследования была установлена линия цитоплазмы мужской стерильности (CMS) Polima «Bcpol97-05A» и фертильная линия «Bcajh97-01B» у Brassica Campestris L. ssp.chinensis Makino, син.Б. рапа подвид.chinensis и провели сравнение профилей экспрессии РНК между цветочными почками стерильной линии и фертильной линии путем полнотранскриптомного секвенирования.
1. Всего было идентифицировано 31 дифференциально экспрессируемая (DE) циркулярная РНК, 47 DE микроРНК и 4779 DE мРНК.
2. Анализ онтологии генов (GO) показал, что большинство генов DE участвуют в развитии пыльцевой стенки.
3. Анализ обогащения пути KEGG мРНК DE (включая мРНК с повышенным и пониженным уровнем экспрессии в стерильной линии по сравнению с фертильной линией) показал, что «метаболизм крахмала и сахарозы», «биосинтез фенилпропаноидов» и «взаимные превращения пентозы и глюкуроната» «были наиболее обогащенными метаболическими путями.
 Анализ обогащения пути KEGG дифференциально экспрессируемых мРНК |  Классификация генной онтологии (GO) дифференциально экспрессируемых мРНК |  Вид тройной сети DEcircRNA – DEmiRNA – DEmRNA |
Ссылка
Лян Ю, Чжан Ю, Сюй Л и др.Характер экспрессии CircRNA и сети ceRNA и miRNA-mRNA, участвующие в развитии пыльников у линии CMS Brassica Campestris [J].Международный журнал молекулярных наук, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
