BMKCloud Log in
条形banner-03

Продукты

Секвенирование специфичных локусных амплифицированных фрагментов (SLAF-Seq)

Высокопроизводительное генотипирование, особенно в крупных популяциях, является фундаментальным шагом в исследованиях генетических ассоциаций, который обеспечивает генетическую основу для открытия функциональных генов, эволюционного анализа и т. д. Вместо глубокого повторного секвенирования всего генома применяется секвенирование генома с уменьшенным представлением (RRGS). ) вводится для минимизации затрат на секвенирование на образец, сохраняя при этом разумную эффективность обнаружения генетических маркеров.Обычно это достигается путем извлечения фрагмента ограничения в заданном диапазоне размеров, который называется библиотекой сокращенного представления (RRL).Секвенирование амплифицированных фрагментов специфического локуса (SLAF-Seq) представляет собой самостоятельно разработанную стратегию генотипирования SNP с эталонным геномом или без него.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq


Детали услуги

Демонстрационные результаты

Рекомендуемые публикации

Детали услуги

Техническая схема

111

Рабочий процесс

流程图

Преимущества сервиса

Высокая эффективность обнаружения маркеров- Технология высокопроизводительного секвенирования помогает SLAF-Seq обнаруживать сотни тысяч тегов во всем геноме.

Низкая зависимость от генома- Его можно применять к видам как с эталонным геномом, так и без него.

Гибкая схема проектирования- Одноферментное, двухферментное, мультиферментное пищеварение и различные типы ферментов — все они могут быть выбраны для удовлетворения различных целей исследования или видов.Предварительная оценка in silico используется для обеспечения оптимальной конструкции фермента.

Эффективное ферментативное пищеварение- Предэксперимент проводился с целью оптимизации условий, что делает формальный эксперимент стабильным и надежным.Эффективность сбора фрагментов может достигать более 95%.

Равномерно распределенные теги SLAF- Теги SLAF в наибольшей степени распределены по всем хромосомам равномерно, достигая в среднем 1 SLAF на 4 т.п.н.

Эффективное избежание повторов- Повторяющаяся последовательность в данных SLAF-Seq снижается до уровня менее 5%, особенно у видов с высоким уровнем повторов, таких как пшеница, кукуруза и т. д.

Богатый опыт-Более 2000 закрытых проектов SLAF-Seq по сотням видов растений, млекопитающих, птиц, насекомых, водных организмов и т. д.

Самостоятельно разработанный биоинформационный рабочий процесс- Интегрированный биоинформатический рабочий процесс для SLAF-Seq был разработан BMKGENE для обеспечения надежности и точности конечного результата.

 

Технические характеристики услуги

 

Платформа

Конц.(нг/гл)

Общий (ug)

ОД260/280

Иллюмина НоваСек

>35

>1,6(Объем>15μl)

1,6-2,5

Примечание. Перед экспериментом будут взяты три образца, каждый с тремя ферментными схемами.

Рекомендуемая стратегия секвенирования

Глубина секвенирования: 10X/тег

Размер генома

Рекомендуемые теги SLAF

< 500 МБ

100 тыс. или WGS

500 Мб- 1 Гб

100 К

1 Гб -2 Гб

200 К

Гигантские или сложные геномы

300 - 400К

 

Приложения

 

рекомендуемые

Масштаб населения

 

Стратегия и глубина секвенирования

 

Глубина

 

Номер тега

 

ГВАС

 

Количество образцов ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

В соответствии с

размер генома

 

Генетическая эволюция

 

Особи каждого

подгруппа ≥ 10;

общее количество образцов ≥ 30

 

10X

 

Рекомендуемая доставка образцов

Контейнер: центрифужная пробирка 2 мл.

Большинство образцов мы не рекомендуем хранить в этаноле.

Маркировка образцов: Образцы должны быть четко маркированы и идентичны представленной форме с информацией об образце.

Отгрузка: Сухой лед: Пробы необходимо сначала упаковать в мешки и закопать в сухой лед.

Рабочий процесс обслуживания

Образец контроля качества
Пилотный эксперимент
эксперимент ВСВС
Подготовка библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание

Образец контроля качества

Пилотный эксперимент

SLAF-эксперимент

Подготовка библиотеки

Последовательность действий

Анализ данных

Послепродажное обслуживание


  • Предыдущий:
  • Следующий:

  • 1. Статистика результата карты

    изображение1

    А1

    2. Разработка маркера SLAF

    А2

    3. Аннотация вариаций

    А3

    Год

    Журнал

    IF

    Заголовок

    Приложения

    2022 год

    Природные коммуникации

    17,694

    Геномная основа гигахромосом и гигагенома пиона древовидного.

    Пеония остии

    ВСЛА-ГВАС

    2015 год

    Новый Фитолог

    7.433

    Следы одомашнивания закрепляют геномные регионы, имеющие агрономическое значение в

    соевые бобы

    ВСЛА-ГВАС

    2022 год

    Журнал перспективных исследований

    12,822

    Полногеномная искусственная интрогрессия Gossypium barbadense в G. hirsutum

    выявить превосходящие локусы для одновременного улучшения качества и выхода хлопкового волокна

    черты

    СЛАФ-Эволюционная генетика

    2019 год

    Молекулярный завод

    10.81

    Популяционный геномный анализ и сборка De Novo раскрывают происхождение Види

    Рис как эволюционная игра

    СЛАФ-Эволюционная генетика

    2019 год

    Природная генетика

    31,616

    Последовательность генома и генетическое разнообразие обыкновенного карпа Cyprinus carpio.

    Карта связей ВСВС

    2014 год

    Природная генетика

    25.455

    Геном культурного арахиса дает представление о кариотипах бобовых, полиплоидности

    Эволюция и одомашнивание сельскохозяйственных культур.

    Карта связей ВСВС

    2022 год

    Журнал биотехнологии растений

    9.803

    Идентификация ST1 выявляет селекцию, включающую автостоп по морфологии семян.

    и содержание масла при доместикации сои

    Разработка SLAF-маркера

    2022 год

    Международный журнал молекулярных наук

    6.208

    Идентификация и разработка ДНК-маркера пшеницы-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Дисомная хромосомная замена

    Разработка SLAF-маркера

    получить предложение

    Напишите здесь свое сообщение и отправьте его нам

    Отправьте нам сообщение: