Высокая эффективность обнаружения маркеров- Технология высокопроизводительного секвенирования помогает SLAF-Seq обнаруживать сотни тысяч тегов во всем геноме.
Низкая зависимость от генома- Его можно применять к видам как с эталонным геномом, так и без него.
Гибкая схема проектирования- Одноферментное, двухферментное, мультиферментное пищеварение и различные типы ферментов — все они могут быть выбраны для удовлетворения различных целей исследования или видов.Предварительная оценка in silico используется для обеспечения оптимальной конструкции фермента.
Эффективное ферментативное пищеварение- Предэксперимент проводился с целью оптимизации условий, что делает формальный эксперимент стабильным и надежным.Эффективность сбора фрагментов может достигать более 95%.
Равномерно распределенные теги SLAF- Теги SLAF в наибольшей степени распределены по всем хромосомам равномерно, достигая в среднем 1 SLAF на 4 т.п.н.
Эффективное избежание повторов- Повторяющаяся последовательность в данных SLAF-Seq снижается до уровня менее 5%, особенно у видов с высоким уровнем повторов, таких как пшеница, кукуруза и т. д.
Богатый опыт-Более 2000 закрытых проектов SLAF-Seq по сотням видов растений, млекопитающих, птиц, насекомых, водных организмов и т. д.
Самостоятельно разработанный биоинформационный рабочий процесс- Интегрированный биоинформатический рабочий процесс для SLAF-Seq был разработан BMKGENE для обеспечения надежности и точности конечного результата.
Платформа | Конц.(нг/гл) | Общий (ug) | ОД260/280 |
Иллюмина НоваСек | >35 | >1,6(Объем>15μl) | 1,6-2,5 |
Глубина секвенирования: 10X/тег
Размер генома | Рекомендуемые теги SLAF |
< 500 МБ | 100 тыс. или WGS |
500 Мб- 1 Гб | 100 К |
1 Гб -2 Гб | 200 К |
Гигантские или сложные геномы | 300 - 400К |
Приложения
| рекомендуемые Масштаб населения
| Стратегия и глубина секвенирования
| |
Глубина
| Номер тега
| ||
ГВАС
| Количество образцов ≥ 200
| 10X
|
В соответствии с размер генома
|
Генетическая эволюция
| Особи каждого подгруппа ≥ 10; общее количество образцов ≥ 30
| 10X
|
Контейнер: центрифужная пробирка 2 мл.
Большинство образцов мы не рекомендуем хранить в этаноле.
Маркировка образцов: Образцы должны быть четко маркированы и идентичны представленной форме с информацией об образце.
Отгрузка: Сухой лед: Пробы необходимо сначала упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
1. Статистика результата карты
2. Разработка маркера SLAF
3. Аннотация вариаций
Год | Журнал | IF | Заголовок | Приложения |
2022 год | Природные коммуникации | 17,694 | Геномная основа гигахромосом и гигагенома пиона древовидного. Пеония остии | ВСЛА-ГВАС |
2015 год | Новый Фитолог | 7.433 | Следы одомашнивания закрепляют геномные регионы, имеющие агрономическое значение в соевые бобы | ВСЛА-ГВАС |
2022 год | Журнал перспективных исследований | 12,822 | Полногеномная искусственная интрогрессия Gossypium barbadense в G. hirsutum выявить превосходящие локусы для одновременного улучшения качества и выхода хлопкового волокна черты | СЛАФ-Эволюционная генетика |
2019 год | Молекулярный завод | 10.81 | Популяционный геномный анализ и сборка De Novo раскрывают происхождение Види Рис как эволюционная игра | СЛАФ-Эволюционная генетика |
2019 год | Природная генетика | 31,616 | Последовательность генома и генетическое разнообразие обыкновенного карпа Cyprinus carpio. | Карта связей ВСВС |
2014 год | Природная генетика | 25.455 | Геном культурного арахиса дает представление о кариотипах бобовых, полиплоидности Эволюция и одомашнивание сельскохозяйственных культур. | Карта связей ВСВС |
2022 год | Журнал биотехнологии растений | 9.803 | Идентификация ST1 выявляет селекцию, включающую автостоп по морфологии семян. и содержание масла при доместикации сои | Разработка SLAF-маркера |
2022 год | Международный журнал молекулярных наук | 6.208 | Идентификация и разработка ДНК-маркера пшеницы-Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомная хромосомная замена | Разработка SLAF-маркера |