Секвенирование малых РНК-Illumina
Функции
● Выбор размера РНК перед подготовкой библиотеки.
● Биоинформатический анализ, сосредоточенный на прогнозировании микроРНК и их целей.
Преимущества сервиса
●Комплексный биоинформатический анализ:позволяющая идентифицировать как известные, так и новые микроРНК, идентифицировать цели микроРНК и соответствующую функциональную аннотацию и обогащение с помощью нескольких баз данных (KEGG, GO)
●Строгий контроль качества: мы реализуем основные контрольные точки на всех этапах: от подготовки образцов и библиотек до секвенирования и биоинформатики.Такой тщательный мониторинг обеспечивает неизменно высокое качество результатов.
●Послепродажная поддержка: Наши обязательства выходят за рамки завершения проекта и предусматривают трехмесячный период послепродажного обслуживания.В течение этого времени мы предлагаем дальнейшее сопровождение проекта, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых вопросов, связанных с результатами.
●Обширная экспертиза: имея опыт успешного завершения нескольких проектов мРНК, охватывающих более 100 видов в различных областях исследований, наша команда привносит богатый опыт в каждый проект.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| Размер выбран | Иллюмина SE50 | 10-20 миллионов чтений | Q30≥85% |
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц. (нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | РИН≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
● Растения:
Корень, стебель или лепесток: 450 мг
Лист или семя: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Животное:
Сердце или кишечник: 450 мг
Внутренности или мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Кости, волосы или кожа: 1,5 г.
● Членистоногие:
Насекомые: 9 г
Ракообразные: 450 мг
● Цельная кровь: 2 тюбика
● Ячейки: 106 клетки
● Сыворотка и плазма:6 мл
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер:
Центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать оловянную фольгу)
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и отправлять при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
Идентификация микроРНК: структура и глубина
Дифференциальная экспрессия микроРНК – иерархическая кластеризация
Функциональная аннотация мишени дифференциально экспрессируемых микроРНК
Ознакомьтесь с достижениями в области исследований, которым способствуют услуги по секвенированию мРНК BMKGene, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Чен, Х. и др.(2023) «Вирусные инфекции подавляют биосинтез и фотосинтез сапонинов у Panax notoginseng», Физиология и биохимия растений, 203, стр.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Ли, Х. и др.(2023) «Растительный белок FREE1, содержащий домен FYVE, связывается с компонентами микропроцессора, подавляя биогенез микроРНК», сообщает EMBO, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Ю, Дж. и др.(2023) «МикроРНК Ame-Bantam-3p контролирует развитие куколки личинок путем воздействия на ген множественных доменов 8, подобных эпидермальному фактору роста (megf8) у медоносной пчелы Apis mellifera», Международный журнал молекулярных наук, 24 (6), стр. .5726. дои: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Чжан М. и др.(2018) «Комплексный анализ микроРНК и генов, связанных с качеством мяса, показывает, что Gga-MiR-140-5p влияет на внутримышечное отложение жира у кур», Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), стр. 2421–2433.дои: 10.1159/000489649.
