Изоляция ядер достигается с помощью 10× Genomics ChromiumTM, который представляет собой восьмиканальную микрофлюидную систему с двойными пересечениями.В этой системе шарики геля со штрих-кодами и праймером, ферментами и одним ядром инкапсулируются в каплю масла размером нанолитр, образуя гель-шарики в эмульсии (GEM).После формирования GEM в каждом GEM происходит лизис клеток и высвобождение штрих-кодов.мРНК подвергаются обратной транскрипции в молекулы кДНК со штрих-кодами 10× и UMI, которые в дальнейшем подлежат созданию стандартной библиотеки секвенирования.
Клетка/Ткань | Причина |
Несвежая замороженная ткань | Невозможно получить свежие или давно сохраненные организации |
Мышечная клетка, мегакариоцит, жировая… | Диаметр ячейки слишком велик для входа в инструмент. |
Печень… | Слишком хрупкий, чтобы сломаться, неспособен различить отдельные клетки. |
Нейронная клетка, Мозг… | Более чувствителен, легко подвержен стрессу, изменит результаты секвенирования. |
Поджелудочная железа, щитовидная железа… | Богат эндогенными ферментами, влияющими на выработку суспензии отдельных клеток. |
Одноядерный | Одноклеточный |
Неограниченный диаметр ячейки | Диаметр клеток: 10-40 мкм. |
Материалом может быть замороженная ткань. | Материал должен быть свежей тканью. |
Низкий стресс замороженных клеток | Лечение ферментами может вызвать реакцию клеточного стресса |
Никакие эритроциты не нужно удалять | Эритроциты необходимо удалить |
Ядерное выражение выражает биоинформацию | Вся клетка выражает биоинформацию |
Библиотека | Стратегия секвенирования | Объем данных | Образцы требований | Салфетка |
10 × одноядерная библиотека Genomics | 10x Геномика - Illumina PE150 | Примерно 100 000 чтений на ячейку.100-200 Гб | Номер ячейки: > 2 × 105 Концентрация клеток.при 700–1200 клеток/мкл | ≥ 200 мг |
Для получения более подробной информации о руководстве по подготовке проб и рабочем процессе обслуживания, пожалуйста, свяжитесь сэксперт БМКГЕНЕ
1. Точечная кластеризация
2. Тепловая карта кластеризации изобилия маркерных выражений
3. Распределение гена-мейкера в разных кластерах.
4. Анализ траектории клеток/псевдовремя