Продукты

Секвенирование прокариотической РНК

Секвенирование прокариотической РНК использует секвенирование следующего поколения (NGS) для выявления присутствия и количества РНК в данный момент путем анализа изменяющегося клеточного транскриптома.Секвенирование РНК прокариот, проводимое нашей компанией, специально нацелено на прокариоты с эталонными геномами, предоставляя вам профилирование транскриптома, анализ структуры генов и т. д. Оно широко применяется в фундаментальных научных исследованиях, исследованиях и разработках лекарств и т. д.

Платформа: Платформа Illumina NovaSeq

Связаться с нами

Детали услуги

Технические характеристики услуги

Платформа: платформа Illumina NovaSeq, PE150.

Тип библиотеки: вставная библиотека кДНК размером 350 пар оснований (зависит от распределения пиков)

Стратегия секвенирования: парный конец 150 п.н.

Рекомендуемый объем данных: 2 ГБ необработанных данных/выборка.

Биоинформатика

(1) Контроль качества данных секвенирования: распределение нуклеотидов, распределение базового качества, оценка соотношения рРНК;

(2) Анализ выравнивания последовательностей: статистика результатов выравнивания, насыщенность секвенирования, охват секвенирования;

(3) аннотация эталонного генома (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Анализ экспрессии: распределение экспрессии (с двумя или более образцами), анализ экспрессии между образцами (анализ Венна, корреляционный анализ, анализ PCA);

(5) Анализ дифференциальной экспрессии (с двумя или более образцами);

(6) Анализ набора генов: анализ Венна, кластерный анализ, анализ аннотаций функций (COG, GO, KEGG), анализ обогащения функций (GO, KEGG), хордальный граф обогащения функций, анализ Ipath;

(7) анализ мРНК: предсказание мРНК, аннотация мРНК (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), предсказание вторичной структуры мРНК, предсказание гена-мишени мРНК;

(8) Анализ структуры транскрипта: анализ оперонов, прогнозирование начальных и конечных сайтов транскрипции, аннотация и анализ UTR, прогнозирование последовательности промотора, анализ SNP/InDel (аннотация SNP/InDel, региональное распределение SNP/InDel, статистика SNP).