Секвенирование генома растений/животных De Novo
Преимущества сервиса
Разработка платформ секвенирования и биоинформатики взановосборка генома
(Амарасингхе С.Л. и др.,Геномная биология, 2020)
● Создание новых геномов и улучшение существующих эталонных геномов для представляющих интерес видов.
● Более высокая точность, непрерывность и полнота сборки.
● Создание фундаментального ресурса для исследований в области полиморфизма последовательностей, QTL, редактирования генов, селекции и т. д.
● Оснащен полным спектром платформ секвенирования третьего поколения: универсальное решение для сборки генома.
● Гибкие стратегии секвенирования и сборки, позволяющие реализовать разнообразные геномы с различными характеристиками.
● Высококвалифицированная команда биоинформатиков с большим опытом работы со сложными сборками геномов, включая полиплоиды, гигантские геномы и т. д.
● Более 100 успешных случаев с совокупным опубликованным импакт-фактором более 900.
● Срок выполнения работ по сборке генома на уровне хромосом составляет всего 3 месяца.
● Надежная техническая поддержка с рядом патентов и авторских прав на программное обеспечение как в экспериментальной части, так и в области биоинформатики.
Технические характеристики услуги
|
Содержание
|
Платформа
|
Длина чтения
|
Покрытие
|
| Исследование генома
| Иллюмина НоваСек
| ПЭ150
| ≥ 50X
|
| Секвенирование генома
| ПакБио Ревио
| 15 КБ чтения Hi-Fi
| ≥ 30X
|
| Ик
| Иллюмина НоваСек
| ПЭ150
| ≥100X
|
Рабочий процесс
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
| Разновидность | Салфетка | Для ПакБио | Для Нанопора |
| Животные | Внутренние органы (печень, селезенка и др.) | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Мышцы | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Кровь млекопитающих | ≥ 1,5 мл | ≥ 5,0 мл | |
| Кровь рыб или птиц | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Растения | Свежие листья | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Лепесток или стебель | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Корни или семена | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Клетки | Культура клеток | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Большинство образцов мы не рекомендуем хранить в этаноле.
Маркировка образцов: Образцы должны быть четко маркированы и идентичны представленной форме с информацией об образце.
Отгрузка: Сухой лед: Пробы необходимо сначала упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция ДНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
*Все приведенные здесь демонстрационные результаты взяты из геномов, опубликованных с помощью Biomarker Technologies.
1.Циркос о сборке генома на уровне хромосомГ. круглолистныйс помощью платформы секвенирования Nanopore
Ван М и др.,Молекулярная биология и эволюция, 2021 г.
2. Статистика сборки и аннотации генома ржи Вейнинг.
Ли Джи и др.,Природная генетика, 2021 г.
3. Генное предсказаниеСехиум Эдулегеном, полученный с помощью трех методов прогнозирования:зановопрогнозирование, прогнозирование на основе гомологии и прогнозирование на основе данных RNA-Seq
Фу А и др.,Исследования в области садоводства, 2021 г.
4. Идентификация интактных длинных концевых повторов в трех геномах хлопка.
Ван М и др.,Молекулярная биология и эволюция, 2021 г.
5. Тепловая карта Hi-CС. остроконечнаягеном, демонстрирующий всеобщие взаимодействия в масштабе всего генома.Интенсивность взаимодействий Hi-C пропорциональна линейному расстоянию между контигами.Чистая прямая линия на этой тепловой карте указывает на очень точное закрепление контигов на хромосомах.(Коэффициент закрепления контигов: 96,03%)
Кан М и др.,Природные коммуникации,2021 год
Дело БМК
Высококачественная сборка генома подчеркивает геномные характеристики ржи и агрономически важные гены.
Опубликовано: Природная генетика, 2021 г.
Стратегия секвенирования:
Сборка генома: режим PacBio CLR с библиотекой 20 КБ (497 ГБ, ок. 63 ×)
Коррекция последовательности: NGS с библиотекой ДНК размером 270 п.н. (430 ГБ, примерно 54×) на платформе Illumina
Привязка контигов: библиотека Hi-C (560 Гб, ок. 71×) на платформе Illumina
Оптическая карта: (779,55 Гб, ок. 99×) на Bionano Irys
Ключевые результаты
1. Была опубликована сборка генома ржи Вейнинг с общим размером генома 7,74 Гб (98,74% от предполагаемого размера генома с помощью проточной цитометрии).Scaffold N50 этой сборки достиг 1,04 Гб.93,67% контигов успешно закрепились на 7 псевдохромосомах.Эта сборка была оценена с помощью карты связей, LAI и BUSCO, что привело к высоким оценкам во всех оценках.
2.На основе данного генома проведены дальнейшие исследования по сравнительной геномике, карте генетического сцепления, транскриптомике.Был выявлен ряд особенностей, связанных с геномными особенностями, включая полногеномные дупликации генов и их влияние на гены биосинтеза крахмала;физическая организация сложных локусов проламина, особенности экспрессии генов, лежащие в основе признака раннего колошения, а также предполагаемые хромосомные области и локусы, связанные с доместикацией у ржи.
 Диаграмма Цирка геномных особенностей генома ржи Вейнинг |  Эволюционный анализ и анализ хромосомной синтении генома ржи |
Ли Г., Ван Л., Ян Дж.и другие.Высококачественная сборка генома подчеркивает геномные характеристики ржи и агрономически важные гены.Нат Жене 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
