Неэталонное секвенирование мРНК – Illumina
Функции
● Независимость от какого-либо эталонного генома,
● Данные можно использовать для анализа структуры и экспрессии транскриптов.
● Определите различные места отсечения.
Преимущества сервиса
● Доставка результатов на основе BMKCloud: результаты доставляются в виде файла данных и интерактивного отчета через платформу BMKCloud, которая позволяет удобно считывать результаты сложного анализа и настраивать интеллектуальный анализ данных на основе стандартного биоинформатического анализа.
● Послепродажное обслуживание: послепродажное обслуживание действительно в течение 3 месяцев после завершения проекта, включая отслеживание проекта, устранение неполадок, вопросы и ответы по результатам и т. д.
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Нуклеотиды:
| Конц.(нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥6,5; Для животных: РИН≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
Ткань: Вес (сухой): ≥1 г
*Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять быстрозамороженные (в жидком азоте) образцы тканей.
Клеточная суспензия: количество клеток = 3×10.7
*Мы рекомендуем отправлять замороженный лизат клеток.Если количество ячеек меньше 5 × 105рекомендуется мгновенное замораживание в жидком азоте.
Образцы крови:
PA×генBloodRNATube;
6 млтризола и 2 мл крови (тризол:кровь=3:1)
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер:
Центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать оловянную фольгу)
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и отправлять при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
1. Принцип сборки мРНК(denovo)
В Trinity чтения фрагментируются на более мелкие части, известные как K-mer.Эти K-меры затем используются в качестве затравок для расширения в контиги, а затем в компоненты на основе перекрытия контигов.Наконец, здесь был применен метод Де Брейна для распознавания транскриптов в компонентах.
мРНК (De novo) Обзор Trinity
2. Распределение мРНК (De novo) по уровню экспрессии генов.
RNA-Seq позволяет добиться высокочувствительной оценки экспрессии генов.В норме обнаруживаемый диапазон экспрессии транскриптов FPKM составляет от 10^-2 до 10^6.
мРНК (De novo) Распределение плотности ФПКМ в каждом образце
3. Анализ обогащения мРНК (De novo) GO ДЭГ.
База данных GO (Gene Ontology) представляет собой структурированную систему биологических аннотаций, содержащую стандартный словарь функций генов и генных продуктов.Он содержит несколько уровней, причем чем ниже уровень, тем более конкретными являются функции.
мРНК (De novo) GO классификация ДЭГ на втором уровне
Дело БМК
Транскриптомный анализ метаболизма сахарозы во время набухания и развития луковицы лука (Allium cepa L.)
Опубликовано: границы в науке о растениях，2016
Стратегия секвенирования
Иллюмина HiSeq2500
Сбор образцов
В этом исследовании использовался сорт Utah Yellow Sweet Spain «Y1351».Количество собранных образцов составило
15-й день после набухания (DAS) луковицы (диаметр 2 см, масса 3–4 г), 30-й DAS (диаметр 5 см, масса 100–110 г) и ~3 на 40-й DAS (диаметр 7 см и масса 100–110 г). 260–300 грамм).
Ключевые результаты
1. на диаграмме Венна всего обнаружено 146 ДЭГ по всем трем парам стадий развития.
2. «Транспорт и метаболизм углеводов» был представлен всего 585 унигенами (т.е. 7% аннотированного COG).
3. Унигены, успешно добавленные в базу данных GO, были классифицированы на три основные категории для трех различных стадий развития луковиц.В основной категории «биологический процесс» наиболее представлен «метаболический процесс», за которым следует «клеточный процесс».В основной категории «молекулярная функция» наиболее представлены две категории: «связывание» и «каталитическая активность».
 Гистограмма классификации кластеров ортологичных групп (COG) |  Гистограмма классификации онтологии генов (GO) унигенов, полученных из луковиц на трех стадиях развития |
 Диаграмма Венна, показывающая гены, дифференциально экспрессирующиеся на любых двух стадиях развития лука. |
Ссылка
Чжан С., Чжан Х., Чжан З. и др.Транскриптомный анализ метаболизма сахарозы во время набухания и развития луковицы лука (Allium cepa L.) [J].Границы в науке о растениях, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
