ЭВОЛЮЦИЯ ГЕНОМА
Геном заново
Сборка|Определение пола. Все работы по секвенированию и частичные биоинформационные услуги были предоставлены компанией Biomarker Techonologies.
Абстрактный
«К культовому фенотипу морских драконов относятся листовидные придатки, беззубый трубчатый рот и беременность самца, включающая инкубацию оплодотворенных яиц на открытом «выводочном участке».Мы de novo секвенировали геномы самцов и самок обыкновенного морского дракона (Phyllopteryx taeniolatus) и близкородственного ему вида — иглы-аллигатора (Syngnathoides biaculeatus).Профили транскрипции эволюционной новинки — листообразных придатков — показывают, что был заимствован набор генов, обычно участвующих в развитии плавников, а также обогащение транскриптов для потенциального восстановления тканей и генов иммунной защиты.Было обнаружено, что у рыбок данио, мутантов по scpp5, который потерян у всех сингнатид, отсутствуют или деформированы глоточные зубы, что подтверждает гипотезу о том, что потеря scpp5 способствовала потере зубов у сингнатид.Был идентифицирован предполагаемый локус, определяющий пол, кодирующий специфичный для самцов ген amhr2y, общий для обыкновенного морского дракона и рыбы-аллигатора. »
Материалы и методы:
Материалы
Fнаш общий морской дракон(П. taeniolatus) и две рыбы-иглы-аллигатора (С. biaculeatus) экземпляры.Две особи обыкновенного морского дракона (один самец и одна самка) и две особи аллигатора-иглы (один самец и одна самка) были использованы для полногеномного секвенирования, а два других самца обыкновенного морского дракона использовались для повторного секвенирования генома.
Стратегия секвенирования генома
2Библиотека 70/350 п.н. (Hiseq 2500) + Pacbio 20 КБ (Sequel) или Nanopore 30 КБ (MinION) + секвенирование Hi-C (NovaSeq 6000), а для повторного секвенирования генома использовались два других самца обыкновенного морского дракона.
Секвенирование транскриптома
Fили обыкновенного морского дракона, мозг, глаз, жабры, печень, сердце, почки, брыжейку, кишечник, мышцы, плавник, кожу, листовидные придатки, семенники и яичники.
Стратегия сборки генома de novo
Canu (Коррекция) + WTDBG2 (Сборка) + Пилон (Польша) + Lachesis (Hi-C).
Основные результаты
Рис. 1. Основные особенности обыкновенного морского дракона (P. taeniolatus) и иглы-аллигатора (S. biaculeatus) и их филогенетическое положение.
Рис. 2. Морфология и генетический состав листовидных придатков морского дракона (P. taeniolatus).
Рис. 3. Предполагаемый ген детерминации пола у обыкновенного морского дракона (P. taeniolatus) и иглы-аллигатора (S. biaculeatus).
Рис. 4. Фенотипы глоточных зубов у гомозиготных мутантов scpp5 рыбок данио.
Время публикации: 08 января 2022 г.