Сборка генома T2T, геном без пробелов
1stДва генома риса1
Название: Сборка и проверка двух эталонных геномов без пробелов для риса Сиань/Индика раскрывает понимание архитектуры центромер растений
Дои:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Время публикации: 1 января 2021 г.
Институт: Сельскохозяйственный университет Хуачжун, Китай
Материалы
О. sativa xian/indicaсорта риса «Чжэньшань 97 (ZS97)» и «Минхуэй 63 (MH63)»
Стратегия секвенирования
Чтение NGS + чтение HiFi + чтение CLR + BioNano + Hi-C
Данные:
ZS97: 8,34 ГБ (~23x) чтения HiFi + 48,39 ГБ (~131x) чтения CLR + 25 ГБ (~69x) NGS + 2 ячейки BioNano Irys
MH63: 37,88 ГБ (~103x) чтения HiFi + 48,97 ГБ (~132x) чтения CLR + 28 ГБ (~76x) NGS + 2 ячейки BioNano Irys
Рисунок 1. Два генома риса без пробелов (MH63 и ZS97).
2ndБанановый геном2
Название: Хромосомы банана без зазоров между теломерами и теломерами с использованием секвенирования нанопор
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Время публикации: 17 апреля 2021 г.
Институт: Университет Париж-Сакле, Франция.
Материалы
Двойной гаплоидМуса остроконечнаявидымалакцензис(DH-Паханг)
Стратегия секвенирования и данные:
Режим HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93 ГБ, ~200X) + Оптическая карта (DLE-1+BspQ1)
Таблица 1. Сравнение сборок генома Musa acuminata (DH-Pahang)
Рисунок 2. Сравнение архитектуры геномов Musa.
3rdГеном Phaeodactylum tricornutum3
Название: Сборка генома теломер-теломерыP
геодактилиум трехрогий
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Время публикации: 4 мая 2021 г.
Институт: Западный университет, Канада
Материалы
Phaeodactylum tricornutum(Коллекция культур водорослей и простейших ССАР 1055/1)
Стратегия секвенирования и данные:
1 проточная кювета Oxford Nanopore minION + цикл NextSeq 550 со средним выходом и парными концами 2×75
Рисунок 3. Рабочий процесс сборки генома теломер-теломеры
4thГеном человека CHM134
Название: Полная последовательность генома человека
Дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Время публикации: 27 мая 2021 г.
Институт: Национальные институты здравоохранения (NIH), США.
Материалы: линия клеток CHM13.
Стратегия секвенирования и данные:
30× циклическое консенсусное секвенирование PacBio (HiFi), 120× секвенирование сверхдлинного считывания Oxford Nanopore, 100× секвенирование без ПЦР Illumina (ILMN), 70× Illumina/Arima Genomics Hi-C (Hi-C), оптические карты BioNano, и Strand-seq
Таблица 2. Сравнение сборок генома человека GRCh38 и T2T-CHM13
Ссылка
1.Сергей Нурк и др.Полная последовательность генома человека.bioRxiv 2021.05.26.445798;дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Кэролайн Белсер и др.Хромосомы банана без зазоров между теломерами и теломерами с использованием секвенирования нанопор.bioRxiv 2021.04.16.440017;дои:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Дэниел Дж. Жигер и др.Сборка генома теломер-теломеры Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;дои:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Цзя-Мин Сун и др.Сборка и проверка двух эталонных геномов без пробелов для риса Сиань / Индика раскрывают понимание архитектуры центромер растений.bioRxiv 2020.12.24.424073;дои:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Время публикации: 06 января 2022 г.