Новости

Амплификация мобильных элементов (TE) была признана движущей силой, опосредующей увеличение размера и эволюцию генома, но последствия для формирования трехмерной геномной архитектуры у растений остаются в значительной степени неизвестными.Здесь мы сообщаем о сборках генома эталонного качества для трех видов хлопчатника, размер генома которых в три раза превышает размер генома, а именно:Госсипиум круглолистный(К2),Г. древесный(А2) иГ. Раймонди(D5) с использованием Oxford Nanopore Technologies.Сравнительный анализ генома документирует детали специфичной для каждой линии амплификации TE, способствующей большим различиям в размерах генома (K2, 2,44 ГБ; A2, 1,62 ГБ; D5, 750,19 МБ), и указывает на относительно консервативное содержание генов и отношения синтении между геномами.Мы обнаружили, что примерно 17% синтенных генов демонстрируют изменение статуса хроматина между активным («А») и неактивным («В») компартментами, а TE-амплификация была связана с увеличением доли компартмента А в участках гена (~ 7000 генов). ) в К2 и А2 относительно D5.Только 42% границ топологически ассоциированных доменов (TAD) сохранились среди трех геномов.Наши данные указывают на недавнюю амплификацию TE после формирования специфичных для линии границ TAD.Это исследование проливает свет на роль транспозонов-опосредованного расширения генома в эволюции структуры хроматина высшего порядка у растений.