Высокопроизводительное генотипирование, особенно в крупных популяциях, является фундаментальным шагом в исследованиях генетических ассоциаций, который обеспечивает генетическую основу для открытия функциональных генов, эволюционного анализа и т. д. Вместо глубокого повторного секвенирования всего генома используется секвенирование генома с уменьшенным представлением (RRGS). ) вводится для минимизации затрат на секвенирование на образец, сохраняя при этом разумную эффективность обнаружения генетических маркеров.Обычно это достигается путем извлечения фрагмента ограничения в заданном диапазоне размеров, который называется библиотекой сокращенного представления (RRL).Секвенирование специфичных локусных амплифицированных фрагментов (SLAF-Seq) — это разработанная самостоятельно стратегия обнаружения SNP de novo и генотипирования SNP в больших популяциях.
Технический рабочий процесс
SLAF против существующих методов RRL
Преимущества СЛАФ
Более высокая эффективность обнаружения генетических маркеров– В сочетании с технологией высокопроизводительного секвенирования SLAF-Seq может обеспечить обнаружение сотен тысяч тегов во всем геноме для выполнения запросов различных исследовательских проектов, как с эталонным геномом, так и без него.
Индивидуальный и гибкий экспериментальный дизайн– Для разных целей исследования или видов доступны различные стратегии ферментативного расщепления, включая одноферментное, двухферментное и многоферментное расщепление.Стратегия пищеварения будет предварительно оценена in silico, чтобы обеспечить оптимальную конструкцию фермента.
Высокая эффективность ферментативного пищеварения– Предварительно разработанное ферментативное расщепление обеспечивает более равномерное распределение SLAF на хромосоме.Эффективность сбора фрагментов может достигать более 95%.
Избегайте повторяющейся последовательности– Процент повторяющихся последовательностей в данных SLAF-Seq снижается до менее 5%, особенно у видов с высоким уровнем повторяющихся элементов, таких как пшеница, кукуруза и т. д.
Самостоятельно разработанный биоинформационный рабочий процесс– Компания BMK разработала интегрированный биоинформатический рабочий процесс, применимый к технологии SLAF-Seq, для обеспечения надежности и точности конечного результата.
Применение СВСЛ
Карта генетического сцепления
Построение генетической карты высокой плотности и идентификация локусов, контролирующих цветочные признаки хризантемы (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Журнал: Исследования в области садоводства Опубликовано: 2020.7.
ГВАС
Идентификация гена-кандидата, связанного с содержанием изофавонов в семенах сои, с использованием полногеномной ассоциации и картирования связей
Журнал: The Plant Journal Опубликовано: 2020.08.
Эволюционная генетика
Популяционный геномный анализ и сборка de novo раскрывают происхождение сорного риса как эволюционной игры.
Журнал: Молекулярный завод Дата публикации: 2019.5
Массовый сегрегантный анализ (BSA)
GmST1, кодирующий сульфотрансферазу, придает устойчивость к штаммам вируса мозаики сои G2 и G3.
Журнал: Plant, Cell&Environment Дата публикации: 2021.04.
Ссылка
Сунь X, Лю Д., Чжан X и др.SLAF-Seq: эффективный метод крупномасштабного обнаружения и генотипирования SNP de novo с использованием высокопроизводительного секвенирования [J].Плос один, 2013, 8(3):e58700
Сун X, Сюй Ю, Гао К и др.Построение генетической карты высокой плотности и идентификация локусов, контролирующих цветочные признаки хризантемы (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Хортик Рес.2020;7:108.
Ву Д., Ли Д., Чжао X и др.Идентификация гена-кандидата, связанного с содержанием изофлавонов в семенах сои, с использованием полногеномной ассоциации и картирования связей.Завод Дж. 2020;104(4): 950-963.
Сунь Дж., Ма Д., Тан Л. и др.Популяционный геномный анализ и сборка De Novo раскрывают происхождение сорного риса как эволюционной игры.Завод Мол.2019;12(5):632-647.Завод Мол.2018 год;11(11):1360-1376.
Чжао X, Цзин Ю, Луо Цз и др.GmST1, который кодирует сульфотрансферазу, придает устойчивость к штаммам вируса мозаики сои G2 и G3.Окружающая среда растительной клетки.2021;10.1111/шт.14066
Время публикации: 04 января 2022 г.