-
Метагеномное секвенирование (NGS)
Метагеном относится к совокупности всего генетического материала смешанного сообщества организмов, такого как метагеном окружающей среды, метагеном человека и т. Д. Он содержит геномы как культивируемых, так и некультивируемых микроорганизмов.Метагеномное секвенирование - это молекулярный инструмент, используемый для анализа смешанных геномных материалов, извлеченных из образцов окружающей среды, который предоставляет подробную информацию о разнообразии и численности видов, структуре популяции, филогенетических отношениях, функциональных генах и корреляционной сети с факторами окружающей среды.
Платформа:Иллюмина НоваСек6000
-
Метагеномное секвенирование-нанопоры
Метагеномика — это молекулярный инструмент, используемый для анализа смешанных геномных материалов, извлеченных из образцов окружающей среды, который предоставляет подробную информацию о разнообразии и численности видов, структуре популяции, филогенетических отношениях, функциональных генах и корреляционной сети с факторами окружающей среды и т. д. Недавно были представлены платформы для секвенирования нанопор. к метагеномным исследованиям.Его выдающаяся производительность по длине считывания значительно улучшила последующий метагеномный анализ, особенно сборку метагенома.Используя преимущества длины считывания, метагеномное исследование на основе Nanopore способно обеспечить более непрерывную сборку по сравнению с метагеномикой дробовика.Было опубликовано, что метагеномика на основе нанопор успешно генерировала полные и закрытые бактериальные геномы из микробиомов (Moss, EL, et. al.,Природа биотехнологии, 2020)
Платформа:Нанопор Прометион P48
-
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-PacBio
Субъединица 16S и 18S рРНК, содержащая как высококонсервативные, так и гипервариабельные области, является идеальным молекулярным отпечатком пальца для идентификации прокариотических и эукариотических организмов.Используя преимущества секвенирования, эти ампликоны могут быть нацелены на основе консервативных частей, а гипервариабельные области могут быть полностью охарактеризованы для микробной идентификации, что способствует исследованиям, охватывающим анализ микробного разнообразия, таксономию, филогению и т. д. ) секвенирование платформы PacBio позволяет получать высокоточные длинные чтения, которые могут охватывать полноразмерные ампликоны (около 1,5 Кб).Расширенный взгляд на генетическое поле значительно улучшил разрешение при аннотации видов в сообществе бактерий или грибов.
Платформа:ПакБио Продолжение II
-
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-NGS
Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS направлено на выявление филогении, таксономии и численности видов в микробном сообществе путем исследования продуктов ПЦР генетических маркеров домашнего хозяйства, которые содержат как высококонверсионные, так и гипервариабельные части.Введение этих идеальных молекулярных отпечатков пальцев Woeses et al (1977) позволяет проводить профилирование микробиома без изоляции.Секвенирование 16S (бактерии), 18S (грибы) и внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS, грибы) позволяет идентифицировать как распространенные виды, так и редкие и неидентифицированные виды.Эта технология стала широко применяемым и основным инструментом для определения дифференциального микробного состава в различных средах, таких как рот человека, кишечник, фекалии и т. д.
Платформа:Иллюмина НоваСек6000
-
Бактериальное и грибковое ресеквенирование всего генома
Повторное секвенирование генома бактерий и грибов является важным инструментом для завершения геномов известных бактерий и грибов, а также для сравнения нескольких геномов или картирования геномов новых организмов.Очень важно секвенировать полные геномы бактерий и грибов, чтобы получить точные эталонные геномы, провести идентификацию микробов и другие сравнительные исследования генома.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Геном грибов
Биомаркерные технологии обеспечивают обзор генома, точный геном и пен-полный геном гриба в зависимости от конкретной цели исследования.Секвенирование генома, сборка и функциональная аннотация могут быть достигнуты путем сочетания секвенирования следующего поколения + секвенирования третьего поколения для достижения сборки генома высокого уровня.Технология Hi-C также может использоваться для облегчения сборки генома на уровне хромосом.
Платформа:ПакБио Продолжение II
Нанопор Прометион P48
Иллюмина НоваСек 6000
-
Полный геном бактерий
Biomarker Technologies предоставляет услуги секвенирования для построения полного генома бактерий с нулевым пробелом.Основной рабочий процесс создания полного генома бактерий включает в себя секвенирование третьего поколения, сборку, функциональную аннотацию и расширенный биоинформационный анализ для достижения конкретных исследовательских целей.Более полное профилирование генома бактерий позволяет выявить фундаментальные механизмы, лежащие в основе их биологических процессов, что также может послужить ценным ориентиром для геномных исследований высших эукариотических видов.
Платформа:Нанопор PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
ПакБио Продолжение II
