Длинное некодирующее секвенирование — Illumina
Преимущества сервиса
● Преимущества обслуживания
● Клеточная и тканеспецифичная
● Конкретная стадия выражает и представляет собой динамическое изменение выражения.
● Точные модели выражения времени и пространства.
● Совместный анализ с данными мРНК.
● Доставка результатов на основе BMKCloud: на платформе доступен индивидуальный анализ данных.
● Послепродажное обслуживание действительно в течение 3 месяцев после завершения проекта.
Требования к образцам и доставка
| Библиотека | Платформа | Рекомендуемые данные | Контроль качества данных |
| истощение рРНК | Иллюмина PE150 | 10 ГБ | Q30≥85% |
| Конц.(нг/мкл) | Количество (мкг) | Чистота | Честность |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограниченное или полное отсутствие загрязнения белками или ДНК на геле. | Для растений: RIN≥6,5; Для животных: РИН≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограниченное или отсутствующее повышение базовой линии |
Нуклеотиды:
Ткань: Вес (сухой): ≥1 г
*Для тканей весом менее 5 мг мы рекомендуем отправлять быстрозамороженные (в жидком азоте) образцы тканей.
Клеточная суспензия: количество клеток = 3×10.7
*Мы рекомендуем отправлять замороженный лизат клеток.Если количество ячеек меньше 5 × 105рекомендуется мгновенное замораживание в жидком азоте.
Образцы крови:
PA×генBloodRNATube;
6 млтризола и 2 мл крови (тризол:кровь=3:1)
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Маркировка образца: Группа + повтор, например, А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...
Отгрузка:
1. Сухой лед: Пробы необходимо упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
2. Пробирки для стабилизации РНК: образцы РНК можно сушить в пробирках для стабилизации РНК (например, RNAstable®) и отправлять при комнатной температуре.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция РНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Биоинформатика
1. Классификация LncRNA
LncRNA, предсказанные четырьмя вышеуказанными программами, были разделены на 4 категории: lincRNA, антисмысловая LncRNA, интронная LncRNA;смысловая-LncRNA.Классификация LncRNA показана на гистограмме ниже.
Классификация LncRNA
2.Цис-нацеленные гены анализа обогащения DE-днРНК.
ClusterProfiler использовался для анализа обогащения ГО цис-нацеленными генами дифференциально экспрессируемой днРНК (DE-днРНК) с точки зрения биологических процессов, молекулярных функций и клеточных компонентов.Анализ обогащения GO - это процесс идентификации значительно обогащенных терминов GO, направленных на DEG, по сравнению со всем геномом.Расширенные термины были представлены в виде гистограммы, пузырьковой диаграммы и т. д., как показано ниже.
Цис-нацеленные гены анализа обогащения DE-днРНК - пузырьковая диаграмма
3. Сравнивая длину, число экзонов, ORF и степень экспрессии мРНК и днРНК, мы можем понять различия в структуре, последовательности и т. д. между ними, а также проверить, соответствует ли предсказанная нами новая днРНК общим характеристикам.
Дело БМК
Дерегулированный профиль экспрессии днРНК в аденокарциномах легких мышей с мутацией KRAS-G12D и нокаутом P53
Опубликовано:Журнал клеточной и молекулярной медицины，2019 год
Стратегия секвенирования
Иллюмина
Сбор образцов
Клетки KP (shRNA-2) с нокдауном NONMMUT015812 и клетки отрицательного контроля (sh-Scr) были получены на 6-й день специфической вирусной инфекции.
Ключевые результаты
В этом исследовании изучаются аберрантно экспрессируемые днРНК в аденокарциноме легких мышей с нокаутом P53 и мутацией KrasG12D.
Дифференциально экспрессировались 1,6424 днРНК (изменение ≥ 2 раз, P <0,05).
2. Из всех 210 днРНК (FC≥8) экспрессия 11 днРНК регулировалась с помощью P53, 33 днРНК - с помощью KRAS и 13 днРНК - с помощью гипоксии в первичных клетках КП соответственно.
3.NONMMUT015812, уровень экспрессии которого значительно повышался в аденокарциноме легких мышей и отрицательно регулировался реэкспрессией P53, был обнаружен для анализа его клеточной функции.
4. Нокдаун NONMMUT015812 shRNAs снижает пролиферацию и миграционные способности клеток КП.NONMMUT015812 был потенциальным онкогеном.
 Анализ пути KEGG дифференциально экспрессируемых генов в КП-клетках с нокдауном NONMMUT015812 |  Анализ онтологии генов дифференциально экспрессируемых генов в КП-клетках с нокдауном NONMMUT015812 |
Ссылка
Дерегулированный профиль экспрессии днРНК в аденокарциномах легких мышей с мутацией KRAS-G12D и нокаутом P53[J].Журнал клеточной и молекулярной медицины, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
