Сборка генома на основе Hi-C
Преимущества сервиса
Обзор Hi-C
(Либерман-Эйден Е. и др.,Наука, 2009)
● Отсутствие необходимости создания генетической популяции для закрепления контигов;
● Более высокая плотность маркеров приводит к более высокому коэффициенту закрепления контигов, превышающему 90%;
● Позволяет оценивать и корректировать существующие сборки генома;
● Сокращение времени выполнения работ и более высокая точность сборки генома;
● Богатый опыт работы с более чем 1000 библиотеками Hi-C, созданными для более чем 500 видов;
● Более 100 успешных дел с совокупным опубликованным импакт-фактором более 760;
● Сборка полиплоидного генома на основе Hi-C, в предыдущем проекте была достигнута 100% степень закрепления;
● Собственные патенты и авторские права на программное обеспечение для экспериментов Hi-C и анализа данных;
● Самостоятельно разработанное программное обеспечение для настройки визуализируемых данных позволяет вручную перемещать, реверсировать, отменять и повторять действия блоков.
Технические характеристики услуги
|
Тип библиотеки
|
Платформа | Длина чтения | Рекомендовать стратегию |
| Ик | Иллюмина НоваСек | ПЭ150 | ≥ 100X |
Биоинформатический анализ
● Контроль качества исходных данных.
● Контроль качества библиотеки Hi-C.
● Сборка генома на основе Hi-C.
● Оценка после сборки
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
| Животное | Грибок | Растения
|
| Замороженная ткань: 1–2 г на библиотеку. Ячейки: 1x 10^7 ячеек на библиотеку | Замороженная ткань: 1 г на библиотеку. | Замороженная ткань: 1–2 г на библиотеку.
|
| *Мы настоятельно рекомендуем отправить как минимум 2 аликвоты (по 1 г каждая) для эксперимента Hi-C. | ||
Рекомендуемая доставка образцов
Контейнер: центрифужная пробирка объемом 2 мл (не рекомендуется использовать фольгу).
Большинство образцов мы не рекомендуем хранить в этаноле.
Маркировка образцов: Образцы должны быть четко маркированы и идентичны представленной форме с информацией об образце.
Отгрузка: Сухой лед: Пробы необходимо сначала упаковать в мешки и закопать в сухой лед.
Рабочий процесс обслуживания
Дизайн эксперимента
Доставка образца
экстракция ДНК
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
*Показанные здесь демонстрационные результаты взяты из геномов, опубликованных с помощью Biomarker Technologies.
1. Тепловая карта взаимодействия Hi-CКамптотека остроконечнаягеном.Как показано на карте, интенсивность взаимодействий отрицательно коррелирует с линейным расстоянием, что указывает на высокоточную сборку на уровне хромосом.(Коэффициент закрепления: 96,03%)
Канг М и др.,Природные коммуникации, 2021 г.
2.Hi-C облегчил проверку инверсий междуГоссипиум гирсутумЛ. ТМ-1 А06 иГ. древесныйChr06
Ян Цз и др.,Природные коммуникации, 2019
3.Сборка и биаллельная дифференциация генома маниоки SC205.Тепловая карта Hi-C показывает четкое разделение гомологичных хромосом.
Ху В и др.,Молекулярный завод, 2021 г.
4. Тепловая карта Hi-C на сборке генома двух видов фикусов:Ф.микрокарпа(коэффициент закрепления: 99,3%) иF.hispida (коэффициент закрепления: 99,7%)
Чжан X и др.,Клетка, 2020
Дело БМК
Геномы баньянового дерева и осы-опылителя дают представление о коэволюции фиговой осы
Опубликовано: Клетка, 2020
Стратегия секвенирования:
Ф. микрокарпа геном: ок.84 X PacBio RSII (36,87 ГБ) + Hi-C (44 ГБ)
Ф. гиспидагеном: ок.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Эупристина мутовчатаягеном: ок.170 X PacBio RSII (65 ГБ)
Ключевые результаты
1. Два генома баньянового дерева и один геном осы-опылителя были созданы с использованием секвенирования PacBio, Hi-C и карты сцепления.
(1)Ф. микрокарпагеном: была создана сборка размером 426 МБ (97,7% от предполагаемого размера генома) с контигом N50 908 КБ, оценкой BUSCO 95,6%.Всего с помощью Hi-C к 13 хромосомам было прикреплено 423 Мб последовательностей.Аннотация генома выявила 29 416 генов, кодирующих белок.
(2)Ф. Хиспидагеном: сборка размером 360 МБ (97,3% от расчетного размера генома) имела выход с контигом N50 492 КБ и оценкой BUSCO 97,4%.Всего последовательности размером 359 Мб были закреплены на 14 хромосомах с помощью Hi-C и полностью идентичны карте сцепления высокой плотности.
(3)Эупристина мутовчатаягеном: была создана сборка размером 387 МБ (оценочный размер генома: 382 МБ) с контигом N50 3,1 МБ и оценкой BUSCO 97,7%.
2. Сравнительный геномный анализ выявил большое количество структурных вариаций между двумяФикусгеномы, которые предоставили бесценный генетический ресурс для исследований адаптивной эволюции.Это исследование впервые дало представление о коэволюции инжира и осы на геномном уровне.
 Диаграмма Цирка о геномных особенностях двухФикусгеномы, включая хромосомы, сегментные дупликации (SD), транспозоны (LTR, TE, ДНК TE), экспрессия генов и синтения |  Идентификация Y-хромосомы и гена-кандидата для определения пола |
Чжан X. и др.«Геномы баньянового дерева и осы-опылителя дают представление о коэволюции инжира и осы».Ячейка 183.4(2020).
