Секвенирование ДНК/РНК — секвенатор PacBio
Функции
Два режима секвенирования на секвенаторе PacBio: непрерывное длинное чтение (CLR) и циклическое консенсусное чтение (CCS).
| Режим последовательности | Размер библиотеки | Теоретические данныеВыход (на ячейку) | ОднобазовыйТочность | Приложения |
| среда CLR | 20Кб, 30Кб и т.д. | от 80 ГБ до 130 ГБ | Прибл.85% | заново, вызов СВ и т. д. |
| CCS | 15-20 Кб | От 14 до 40 Гбит/сота (Продолжение II) От 70 до 110 Гб/ячейка (Revio) Зависит от образцов | Прибл.99% | заново, вызов SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Сравнение производительности и возможностей Revio и Sequel II
| Условия | Система сиквела II | Система Ревио | Увеличивать |
| Более высокая плотность | 8 миллионов ZMW | 25 миллионов ZMW | 3x |
| Независимые этапы | 1 | 4 | 4x |
| Более короткое время работы | 30 часов | 24 часа | 1,25x |
| 30-кратное увеличение геномов человека HiFi в год | 88 | 1300 | 15 раз в целом |
Преимущества сервиса
● Более 8 лет опыта работы на платформе секвенирования PacBio с тысячами закрытых проектов с различными видами.
● Полностью оснащен новейшими платформами секвенирования PacBio Revio, гарантирующими достаточную производительность секвенирования.
● Более быстрое время обработки, более высокая производительность и более точные данные.
● Участвовал в написании сотен влиятельных публикаций на основе PacBio.
Образцы требований
| Тип образца | Количество | Концентрация (Кубит®) | Объем | Чистота | Другие |
| Геномная ДНК | Зависит от требований к данным | ≥50 нг/мкл | ≥15 мкл | ОД260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Четкий пик при 260 нм，никаких загрязнений | Концентрацию необходимо измерять по Кубиту и Кубит/Нанопора = 0,8-2,5. |
| Общая РНК | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15 мкл | ОД260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;никаких загрязнений | Значение РИН ≥7,5 5≥28С/18С≥1 |
Рабочий процесс обслуживания
Базовые приготовления
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Доставка проекта
1. Внутренний объем данных
Данные получены из 63 клеток CCS (из 26 видов).
| ДАННЫЕ-PacBio-CCS-15 Кб | Средний | Макс | Мин | медиана |
| Доход – подчтения (Гб) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Йилед - CCS(Гб) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераза N50 | 145 651 | 175 430 | 118 118 | 144 689 |
| Подчитания N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9,876 | 14 747 |
| Средняя длина-полимераза | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Средняя длина-подчитания | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Средняя длина-CCS | 14 489 | 19 074 | 8,575 | 14 655 |
Данные получены из 16 клеток CLR (из 76 видов).
| DATA-PacBio-CLR-30Кб | Средний | Макс | Мин | медиана |
| Доход – подчтения (Гб) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Полимераза N50 | 39 456 | 121 191 | 15 389 | 35 231 |
| Подчитания N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Средняя длина-полимераза | 22 063 | 48 886 | 8,747 | 21 555 |
| Средняя длина-подчитания | 17,720 | 27 225 | 8,293 | 17 779 |
2. Контроль качества данных – ДемоСтатистика по доходности данных
| Образец | ccs читает номер | Всего баз ccs (б.п.) | ccs Считывает N50 (б.п.) | ccs Средняя длина (bp) | ccs Самое длинное чтение (bp) | подчтения Базы (bp) | ставка CCS (%) |
| PB_BMKxxx | 3 444 159 | 54 164 122 586 | 15 728 | 15 726 | 36 110 | 863 326 330 465 | 6.27 |
