Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-NGS
Преимущества сервиса
● Безвыделительная и быстрая идентификация микробного состава в пробах из окружающей среды.
● Высокое разрешение для компонентов с низким содержанием в пробах окружающей среды.
● Новейший поток анализа QIIME2 с разнообразным анализом с точки зрения базы данных, аннотаций, OTU/ASV.
● Высокая пропускная способность, более высокая точность
● Применимо к разнообразным исследованиям микробного сообщества.
● BMK обладает обширным опытом работы с более чем 100 000 проб в год, включая почву, воду, газ, ил, фекалии, кишечник, кожу, ферментационный бульон, насекомых, растения и т. д.
● BMKCloud упрощает интерпретацию данных, содержащая 45 персонализированных инструментов анализа.
Технические характеристики услуги
| Последовательность действийПлатформа | Библиотека | Рекомендуемый объем данных | Ориентировочное время выполнения |
| Платформа Illumina NovaSeq | ПЭ250 | 50 000/100 000/300 000 тегов | 30 дней |
Биоинформатический анализ
● Контроль качества исходных данных.
● Кластеризация OTU/подавление шума (ASV).
● аннотация OTU.
● Альфа-разнообразие
● Бета-разнообразие
● Межгрупповой анализ
● Анализ ассоциаций с экспериментальными факторами.
● Предсказание функции гена
Требования к образцам и доставка
Образец требований:
Дляэкстракты ДНК:
| Тип образца | Количество | Концентрация | Чистота |
| экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
Для образцов окружающей среды:
| Тип образца | Рекомендуемая процедура отбора проб |
| Земля | Объем выборки: ок.5 г;Оставшееся засохшее вещество необходимо удалить с поверхности;Крупные куски измельчить и пропустить через фильтр 2 мм;Аликвотные образцы помещают в стерильные EP-пробирки или пробирки для резервирования. |
| Фекалии | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образцы в стерильные EP-пробирки или криопробирки для резервирования. |
| Содержимое кишечника | Образцы необходимо обрабатывать в асептических условиях.Промойте собранную ткань PBS;Центрифугируйте PBS и соберите осадитель в EP-пробирки. |
| шлам | Объем выборки: ок.5 г;Соберите и аликвотируйте образец осадка в стерильную EP-пробирку или криопробирку для резервирования. |
| Водоем | Для проб с ограниченным количеством микробов, таких как водопроводная вода, колодезная вода и т. д., соберите не менее 1 л воды и пропустите через фильтр с размером пор 0,22 мкм для обогащения микробов на мембране.Храните мембрану в стерильной пробирке. |
| Кожа | Осторожно очистите поверхность кожи стерильным ватным тампоном или хирургическим лезвием и поместите ее в стерильную пробирку. |
Рекомендуемая доставка образцов
Заморозьте образцы в жидком азоте на 3-4 часа и храните в жидком азоте или при -80 градусах для длительного хранения.Требуется доставка образцов с сухим льдом.
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
Строительство библиотеки
Последовательность действий
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
1. Распространение видов.
2.Тепловая карта: кластеризация видового богатства.
3. Кривая редкой фракции
4. Анализ НМДС
5. Анализ Лефсе
Дело БМК
Люди с ожирением, с диабетом 2 типа и без него демонстрируют различную функциональную способность и состав кишечной микробной среды.
Опубликовано:Сотовый хост и микроб, 2019 г.
Стратегия секвенирования:
худощавые, не страдающие диабетом (n=633);Тучный человек без диабета (n=494);Сахарный диабет 2-го типа с ожирением (n=153);
Целевая область: 16S рДНК V1-V2.
Платформа: Illumina Miseq (секвенирование ампликонов на основе NGS).
Подмножество экстрактов ДНК было подвергнуто метагеномному секвенированию на Illumina Hiseq.
Ключевые результаты
Микробные профили этих метаболических заболеваний были успешно дифференцированы.
При сравнении микробных особенностей, полученных с помощью секвенирования 16S, было обнаружено, что ожирение связано с изменениями микробного состава, индивидуальными особенностями, особенно значительным уменьшением количества Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes и т. д. Кроме того, было обнаружено, что СД2 связан с увеличением количества Escherichia/shigella. .
Ссылка
Тингхольм, Л.Б. и др.«Люди, страдающие ожирением, с диабетом 2 типа и без него, демонстрируют различную функциональную способность и состав кишечных микробов».Клетка-хозяин и микроб26.2(2019).
