10 пространственных транскриптомов Genomics Visium
Функции
● Разрешение: 100 мкм.
● Диаметр пятна: 55 мкм.
● Количество мест: 4992.
● Область захвата: 6,5 x 6,5 мм.
● Каждое место со штрих-кодом заполнено праймерами, состоящими из 4 секций:
- поли(дТ) хвост для прайминга мРНК и синтеза кДНК
- Уникальный молекулярный идентификатор (UMI) для коррекции систематической ошибки амплификации.
- Пространственный штрих-код
- Последовательность связывания частичного чтения 1 праймера секвенирования
● Окрашивание срезов H&E
Преимущества
●Универсальное обслуживание: объединяет все этапы, основанные на опыте и навыках, включая криосекционирование, окрашивание, оптимизацию тканей, пространственное штрих-кодирование, подготовку библиотеки, секвенирование и биоинформатику.
● Высококвалифицированная техническая команда.: с опытом работы с более чем 250 типами тканей и более чем 100 видами, включая человека, мышь, млекопитающих, рыб и растений.
●Обновление в реальном времени по всему проекту: с полным контролем хода эксперимента.
●Комплексная стандартная биоинформатика:пакет включает 29 анализов и более 100 качественных показателей.
●Индивидуальный анализ и визуализация данных: доступен для различных исследовательских запросов.
●Дополнительный совместный анализ с секвенированием одноклеточной мРНК
Технические характеристики
| Образцы требований | Библиотека | Стратегия секвенирования | Рекомендуемые данные | Контроль качества |
| Криообразцы, встроенные в ОКТ, образцы FFPE (Оптимальный диаметр: ок. 6x6x6 мм3) 3 блока на образец | Библиотека кДНК 10X Visium | Иллюмина PE150 | 50 000 чтений PE на одно место ( 60Гб ) | РИН>7 |
Для получения более подробной информации о руководстве по подготовке проб и рабочем процессе обслуживания, пожалуйста, свяжитесь сэксперт БМКГЕНЕ
Рабочий процесс обслуживания
На этапе подготовки образца проводится первоначальная пробная экстракция РНК, чтобы гарантировать возможность получения РНК высокого качества.На этапе оптимизации ткани срезы окрашиваются и визуализируются, а также оптимизируются условия пермеабилизации для высвобождения мРНК из ткани.Оптимизированный протокол затем применяется во время создания библиотеки с последующим секвенированием и анализом данных.
Полный рабочий процесс обслуживания включает обновления в режиме реального времени и подтверждения клиентов для поддержания оперативного цикла обратной связи, гарантируя бесперебойное выполнение проекта.
Включает в себя следующий анализ:
Контроль качества данных:
o Вывод данных и распределение показателей качества.
o Обнаружение генов на точку
o Покрытие тканей
Внутренний анализ образца:
o Генное богатство
o Точечная кластеризация, включая анализ уменьшенных размеров.
o Анализ дифференциальной экспрессии между кластерами: идентификация маркерных генов
o Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов
Межгрупповой анализ
o Рекомбинация пятен из обоих образцов (например, больного и контрольного) и повторная кластеризация
o Идентификация маркерных генов для каждого кластера
o Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов
o Дифференциальное выражение одного и того же кластера между группами
Внутренний анализ пробы
Точечная кластеризация
Идентификация маркерных генов и пространственное распределение
Межгрупповой анализ
Объединение данных из обеих групп и повторной кластеризации
Маркерные гены новых кластеров
Ознакомьтесь с достижениями службы пространственной транскриптомики BMKGene от 10X Visium в этих избранных публикациях:
Чен, Д. и др.(2023) «mthl1, потенциальный гомолог адгезионных GPCR млекопитающих у дрозофилы, участвует в противоопухолевых реакциях на инъецированные онкогенные клетки у мух», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.е2303462120.дои: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Ю. и др.(2023) «STEEL позволяет разграничивать пространственно-временные транскриптомные данные с высоким разрешением», Briefings in Bioinformatics, 24 (2), стр. 1–10.дои: 10.1093/BIB/BBAD068.
Лю, С. и др.(2022) «Пространственно-временной атлас органогенеза в развитии цветов орхидеи», Nucleic Acids Research, 50 (17), стр. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Ван Дж. и др.(2023) «Интеграция пространственной транскриптомики и секвенирования одноядерной РНК раскрывает потенциальные терапевтические стратегии при лейомиоме матки», Международный журнал биологических наук, 19 (8), стр. 2515–2530.дои: 10.7150/IJBS.83510.
