Secvențierea fragmentelor amplificate în loc specific (SLAF-Seq)
Detalii serviciu
Schema Tehnica
Fluxul de lucru
Avantajele serviciului
Eficiență ridicată a descoperirii markerilor- Tehnologia de secvențiere de mare performanță ajută SLAF-Seq să descopere sute de mii de etichete în întregul genom.
Dependență scăzută de genom- Poate fi aplicat speciilor cu sau fără genom de referință.
Design flexibil al schemei- Digestia cu o singură enzimă, cu două enzime, cu mai multe enzime și diferite tipuri de enzime, toate pot fi selectate pentru a satisface diferite scopuri sau specii de cercetare.Pre-evaluarea in silico este utilizată pentru a asigura un design optim al enzimei.
Digestie enzimatică eficientă- Pre-experimentul a fost efectuat pentru a optimiza condițiile, ceea ce face ca experimentul formal să fie stabil și fiabil.Eficiența colectării fragmentelor poate atinge peste 95%.
Etichete SLAF distribuite uniform- Etichetele SLAF sunt distribuite uniform în toți cromozomii în cea mai mare măsură, realizând o medie de 1 SLAF la 4 kb.
Evitarea eficientă a repetărilor- Secvența repetitivă în datele SLAF-Seq este redusă la mai puțin de 5%, în special la speciile cu nivel ridicat de repetare, cum ar fi grâul, porumbul etc.
Experiență vastă-Peste 2000 de proiecte SLAF-Seq închise pe sute de specii care acoperă plante, mamifere, păsări, insecte, organisme acvatice etc.
Flux de lucru bioinformatic auto-dezvoltat- Un flux de lucru bioinformatic integrat pentru SLAF-Seq a fost dezvoltat de BMKGENE pentru a asigura fiabilitatea și acuratețea rezultatului final.
Specificații de service
| Platformă | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volum>15μl) | 1,6-2,5 |
Strategia de secvențiere recomandată
Adâncime de secvențiere: 10X/Tag
| Dimensiunea genomului | Etichete SLAF recomandate |
| < 500 Mb | 100K sau WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genoame gigantice sau complexe | 300 - 400K |
| Aplicații
| Recomandat Scara Populației
| Strategia de secvențiere și profunzime
| |
| Adâncime
| Numărul etichetei
| ||
| GWAS
| Numărul eșantionului ≥ 200
| 10X
|
Conform dimensiunea genomului
|
| Evoluția genetică
| Indivizi ai fiecăruia subgrup ≥ 10; total probe ≥ 30
| 10X
| |
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml
Pentru majoritatea probelor, vă recomandăm să nu se păstreze în etanol.
Etichetarea mostrelor: probele trebuie să fie etichetate clar și identice cu formularul de informații despre eșantion transmis.
Expediere: Gheață carbonică: Probele trebuie mai întâi ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
Fluxul de lucru al serviciului
Eșantion QC
Experiment pilot
SLAF-experiment
Pregătirea bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
1. Statistica rezultatului hărții
2. Dezvoltarea markerului SLAF
3. Adnotarea variației
| An | Jurnal | IF | Titlu | Aplicații |
| 2022 | Comunicarea naturii | 17.694 | Baza genomică a giga-cromozomilor și giga-genomul bujorului de copac Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitolog nou | 7.433 | Amprentele domestice ancorează regiunile genomice de importanță agronomică în boabe de soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgresiuni artificiale la nivelul genomului de Gossypium barbadense în G. hirsutum dezvăluie loci superiori pentru îmbunătățirea simultană a calității și a randamentului fibrei de bumbac trăsături | SLAF-Genetica evolutivă |
| 2019 | Planta Moleculară | 10.81 | Analiza genomică a populației și adunarea De Novo dezvăluie originea Weedy Orezul ca joc evolutiv | SLAF-Genetica evolutivă |
| 2019 | Genetica naturii | 31.616 | Secvența genomului și diversitatea genetică a crapului comun, Cyprinus carpio | Harta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetica naturii | 25.455 | Genomul alunelor cultivate oferă o perspectivă asupra cariotipurilor de leguminoase, poliploide evoluţia şi domesticirea culturilor. | Harta SLAF-Linkage |
| 2022 | Revista de biotehnologie a plantelor | 9.803 | Identificarea ST1 relevă o selecție care implică autostopul a morfologiei semințelor și conținutul de ulei în timpul domesticirii soiei | Dezvoltare SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnalul Internațional de Științe Moleculare | 6.208 | Identificarea și dezvoltarea markerului ADN pentru un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substituția cromozomală dizomică | Dezvoltare SLAF-Marker |
