Produse

Secvențierea ARN procariotic

Secvențierea ARN procariotic folosește secvențierea de generație următoare (NGS) pentru a dezvălui prezența și cantitatea de ARN la un moment dat, prin analizarea transcriptomului celular în schimbare.Secvențierea ARN procariotic a companiei noastre vizează în mod special procariotele cu genomi de referință, oferindu-vă profilarea transcriptomului, analiza structurii genelor etc. A fost aplicată pe scară largă cercetării științifice de bază, cercetării și dezvoltării medicamentelor și multe altele.

Platformă: Platforma Illumina NovaSeq

Contactaţi-ne

Detalii serviciu

Specificații de service

Platformă: Platforma Illumina NovaSeq, PE150

Tip de bibliotecă: bibliotecă de ADNc de inserare de 350 bp (depinde de distribuția de vârf)

Strategia de secvențiere: Paired-End 150 bp

Cantitatea de date recomandată: 2 Gb date brute/eșantion

Bioinformatica

(1) Controlul calității datelor de secvențiere: distribuția nucleotidelor, distribuția calității bazei, evaluarea raportului ARNr;

(2) Analiza alinierii secvențelor: Statistica rezultatului alinierii, Saturația secvențierii, Acoperirea secvenței;

(3) Adnotarea genomului de referință (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza expresiei: Distribuția expresiei (Cu două sau mai multe probe), Analiza expresiei între probe (analiza Venn, Analiza corelației, analiza PCA);

(5) Analiza expresiei diferențiale (cu două sau mai multe probe);

(6) Analiza setului de gene: Analiza Venn, Analiza clusterului, Analiza adnotării funcției (COG, GO, KEGG), Analiza îmbogățirii funcției (GO, KEGG), Graficul cordal de îmbogățire a funcției, Analiza Ipath;

(7) analiză sRNA: predicție sRNA, adnotare sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predicție sRNA structura secundară, predicție sRNA genă țintă;

(8) Analiza structurii transcripției: analiza Operon, predicția site-urilor de început și de sfârșit a transcripției, adnotarea și analiza UTR, predicția secvenței promotorului, analiza SNP/InDel (adnotare SNP/InDel, distribuția regională SNP/InDel, statistici SNP).