-
Secvențierea imunoprecipitării cromatinei (ChIP-seq)
ChIP-Seq oferă profiluri la nivelul genomului țintelor ADN pentru modificarea histonelor, factori de transcripție și alte proteine asociate ADN-ului.Acesta combină selectivitatea imuno-precipitării cromatinei (ChIP) pentru a recupera complexe specifice proteină-ADN, cu puterea secvențierii de generație următoare (NGS) pentru secvențierea cu randament ridicat a ADN-ului recuperat.În plus, deoarece complexele proteină-ADN sunt recuperate din celulele vii, situsurile de legare pot fi comparate în diferite tipuri de celule și țesuturi, sau în diferite condiții.Aplicațiile variază de la reglarea transcripțională la căile de dezvoltare până la mecanismele bolii și nu numai.
Platformă: Platforma Illumina NovaSeq
-
Secvențierea metagenomică -NGS
Metagenomul se referă la o colecție de material genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomul de mediu, metagenomul uman etc. Conține genomuri atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale celor necultivabile.Secvențierea metagenomică este un instrument molecular utilizat pentru analizarea materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu.
Platformă:Platforma Illumina NovaSeq
-
Secvențierea metagenomică-Nanopore
Metagenomica este un instrument molecular utilizat pentru analizarea materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu etc. Platformele de secvențiere Nanopore au introdus recent. la studii metagenomice.Performanța sa remarcabilă în lungimea de citire a îmbunătățit în mare măsură analiza metagenomică în aval, în special asamblarea metagenomului.Profitând de lungimea de citire, studiul metagenomic bazat pe Nanopore este capabil să realizeze o asamblare mai continuă în comparație cu metagenomica cu pușcă.S-a publicat că metagenomica bazată pe Nanopore a generat cu succes genomi bacterieni completi și închisi din microbiomi (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Platformă:Nanopore PromethION P48
-
Secvențierea bisulfitului întregului genom
Metilarea ADN-ului în poziţia a cincea în citozină (5-mC) are o influenţă fundamentală asupra expresiei genelor şi activităţii celulare.Modelele anormale de metilare au fost asociate cu mai multe afecțiuni și boli, cum ar fi cancerul.WGBS a devenit standardul de aur pentru studiul metilării la nivelul întregului genom la rezoluție de bază unică.
Platformă: Platforma Illumina NovaSeq
-
Test pentru cromatina accesibilă transpozazei cu secvențiere cu randament ridicat (ATAC-seq)
ATAC-seq este o metodă de secvențiere cu randament ridicat pentru analiza accesibilității cromatinei la nivelul genomului, care este importantă pentru controlul epigenetic global al expresiei genelor.Adaptorii de secvențiere sunt inserați în regiunile cromatinei deschise prin transpozaza hiperactivă Tn5.După amplificarea PCR, se construiește o bibliotecă de secvențiere.Toate regiunile deschise de cromatină pot fi obținute într-o anumită condiție spațiu-timp, nu numai limitată la situsurile de legare ale unui factor de transcripție sau o anumită regiune modificată cu histonă.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Subunitatea de pe ARNr 16S și 18S care conține atât regiuni extrem de conservate, cât și regiuni hipervariabile este o amprentă moleculară perfectă pentru identificarea organismelor procariote și eucariote.Profitând de secvențiere, acești ampliconi pot fi țintiți pe baza părților conservate, iar regiunile hipervariabile pot fi pe deplin caracterizate pentru identificarea microbiană, contribuind la studii care acoperă analiza diversității microbiene, taxonomie, filogenie etc. Moleculă unică în timp real (SMRT ) secvențierea platformei PacBio permite obținerea de citiri lungi foarte precise, care ar putea acoperi ampliconi de lungime completă (aproximativ 1,5 Kb).Viziunea extinsă a câmpului genetic a îmbunătățit foarte mult rezoluția adnotării speciilor în comunitatea de bacterii sau ciuperci.
Platformă:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS urmărește să dezvăluie filogenia, taxonomia și abundența speciilor într-o comunitate microbiană prin investigarea produselor PCR ale markerilor genetici de întreținere care conțin atât părți extrem de conversate, cât și părți hipervariabile.Introducerea acestor amprente moleculare perfecte de către Woeses și colab. (1977) dă putere profilării microbiomului fără izolare.Secvențierea 16S (bacterii), 18S (ciuperci) și distanțierul transcris intern (ITS, ciuperci) permite identificarea atât a speciilor abundente, cât și a speciilor rare și neidentificate.Această tehnologie a devenit un instrument major aplicat pe scară largă în identificarea compoziției microbiene diferențiale în diferite medii, cum ar fi gura umană, intestine, fecale etc.
Platformă:Platforma Illumina NovaSeq
-
Re-secvențierea întregului genom bacterian și fungic
Re-secvențierea întregului genom bacterian și fungic este un instrument esențial pentru a completa genomurile bacteriilor și ciupercilor cunoscute, precum și pentru a compara mai multe genomuri sau pentru a mapa genomurile de noi organisme.Este de mare importanță secvențarea genomilor întregi de bacterii și ciuperci pentru a genera genomuri de referință precise, pentru a face identificarea microbiană și alte studii comparative ale genomului.
Platformă: Platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS de lungime completă
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) este dezvoltată cu ani de experiență în analiza proiectelor de diversitate microbiană, care conține analiză de bază standardizată și analiză personalizată: analiza de bază acoperă conținutul de analiză principal al cercetării microbiene curente, conținutul analizei este bogat și cuprinzător, iar rezultatele analizelor sunt prezentate sub formă de rapoarte de proiect;Conținutul analizei personalizate este divers.Eșantioanele pot fi selectate și parametrii pot fi setați în mod flexibil în funcție de raportul de analiză de bază și scopul cercetării, pentru a realiza cerințe personalizate.Sistem de operare Windows, simplu si rapid.
-
PacBio-Transcriptom de lungime întreagă (non-referință)
Luând ca intrare datele de secvențiere a izoformei Pacific Biosciences (PacBio), această aplicație este capabilă să identifice secvențe de transcriere de lungime completă (fără asamblare).Prin maparea secvențelor de lungime completă împotriva genomului de referință, transcrierile pot fi optimizate prin gene cunoscute, transcrieri, regiuni de codificare etc. În acest caz, se poate obține o identificare mai precisă a structurilor ARNm, cum ar fi splicing alternativ, etc.Analiza comună cu datele de secvențiere a transcriptomului NGS permite adnotări mai cuprinzătoare și cuantificare mai precisă a expresiei la nivel de transcriere, ceea ce beneficiază în mare măsură expresia diferențială în aval și analiza funcțională.
-
Secvențierea bisulfiților cu reprezentare redusă (RRBS)
Cercetarea metilării ADN-ului a fost întotdeauna un subiect fierbinte în cercetarea bolilor și este strâns legată de expresia genelor și trăsăturile fenotipice.RRBS este o metodă precisă, eficientă și economică pentru cercetarea metilării ADN-ului.Îmbogățirea promotorului și a regiunilor insulare CpG prin clivaj enzimatic (Msp I), combinată cu secvențierea bisulfiților, asigură detectarea metilării ADN-ului de înaltă rezoluție.
Platformă: Platforma Illumina NovaSeq
-
Secvențierea ARNm procariotic
Secvențierea ARNm împuternicește profilarea cuprinzătoare a tuturor transcriptelor ARNm din celule în condiții specifice.Această tehnologie de ultimă oră servește ca un instrument puternic, dezvăluind profiluri complexe de expresie a genelor, structuri genice și mecanisme moleculare asociate cu diverse procese biologice.Adopta pe scară largă în cercetarea fundamentală, diagnosticarea clinică și dezvoltarea medicamentelor, secvențierea ARNm oferă perspective asupra complexității dinamicii celulare și reglării genetice.Prelucrarea probei noastre de ARNm procariot este adaptată pentru transcriptoamele procariote, implicând epuizarea ARNr-ului și pregătirea bibliotecii direcționale.
Platformă: Illumina NovaSeq X
