-
PacBio-Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS de lungime completă
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) este dezvoltată cu ani de experiență în analiza proiectelor de diversitate microbiană, care conține analiză de bază standardizată și analiză personalizată: analiza de bază acoperă conținutul de analiză principal al cercetării microbiene curente, conținutul analizei este bogat și cuprinzător, iar rezultatele analizelor sunt prezentate sub formă de rapoarte de proiect;Conținutul analizei personalizate este divers.Eșantioanele pot fi selectate și parametrii pot fi setați în mod flexibil în funcție de raportul de analiză de bază și scopul cercetării, pentru a realiza cerințe personalizate.Sistem de operare Windows, simplu si rapid.
-
PacBio-Transcriptom de lungime întreagă (non-referință)
Luând ca intrare datele de secvențiere a izoformei Pacific Biosciences (PacBio), această aplicație este capabilă să identifice secvențe de transcriere de lungime completă (fără asamblare).Prin maparea secvențelor de lungime completă împotriva genomului de referință, transcrierile pot fi optimizate prin gene cunoscute, transcrieri, regiuni de codificare etc. În acest caz, se poate obține o identificare mai precisă a structurilor ARNm, cum ar fi splicing alternativ, etc.Analiza comună cu datele de secvențiere a transcriptomului NGS permite adnotări mai cuprinzătoare și cuantificare mai precisă a expresiei la nivel de transcriere, ceea ce beneficiază în mare măsură expresia diferențială în aval și analiza funcțională.
-
Truse de instrumente
BMKCloud este o platformă bioinformatică lider care oferă o soluție unică pentru programele genomice, în care cercetătorii din diverse domenii au încredere, inclusiv medicale, agricole, de mediu etc. BMKCloud se angajează să furnizeze servicii integrate, fiabile și eficiente, inclusiv platforme și instrumente de analiză bioinformatică. , resurse de calcul, bază de date publică, cursuri online bioinformtice etc. BMKCloud are diverse instrumente bioinformatice utilizate frecvent, inclusiv adnotarea genelor, instrumente genetice evolutive, ncRNA, controlul calității datelor, asamblare, aliniere, extragere a datelor, mutații, statistici, generator de figuri, secvență analiza, etc.
-
ARN mic
ARN-urile mici sunt tipuri de ARN scurt necodificant, cu o lungime medie de 18-30 nt, incluzând miARN, siARN și piARN.S-a raportat că acești ARN mici sunt implicați în diferite procese biologice, cum ar fi degradarea ARNm, inhibarea translației, formarea heterocromatinei etc. Analiza de secvențiere a ARN-ului mic a fost aplicată pe scară largă în studiile privind dezvoltarea animalelor/plantelor, boli, virus etc. ARN-ul mic. Platforma de analiză de secvențiere constă în analiză standard și extragere avansată de date.Pe baza datelor ARN-seq, analiza standard poate realiza identificarea și predicția miARN, predicția genei țintă miARN, analiza de adnotare și expresie.Analiza avansată permite căutarea și extracția personalizată a miRNA, generarea diagramei Venn, construirea rețelei miARN și a genelor țintă.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS este o platformă de analiză de resecvențiere a întregului genom, care este dezvoltată pe baza experienței bogate în tehnologiile biomarker.Această platformă ușor de utilizat permite trimiterea rapidă a unui flux de lucru de analiză integrat prin simpla setare a câțiva parametri de bază, care se potrivesc pentru datele de secvențiere ADN generate atât de platforma Illumina, cât și de platforma de secvențiere BGI.Această platformă este implementată pe un server de calcul de înaltă performanță, care permite o analiză foarte eficientă a datelor într-un timp foarte limitat.Exploatarea datelor personalizate este disponibilă pe baza analizei standard, inclusiv interogarea genelor mutante, proiectarea primerului PCR etc.
-
ARNm (referință)
Transcriptomul este legătura dintre informațiile genetice genomice și proteomul funcției biologice.Reglarea nivelului transcripțional este cel mai important și cel mai larg studiat mod de reglare al organismelor.Secvențierea transcriptomului poate secvenționa transcriptomul în orice moment sau în orice condiție, cu o rezoluție precisă la o singură nucleotidă. Poate reflecta dinamic nivelul transcripției genelor, poate identifica și cuantifica simultan transcriptele rare și normale și poate oferi informații structurale ale probă de transcrieri specifice.
În prezent, tehnologia de secvențiere a transcriptomului a fost utilizată pe scară largă în agronomie, medicină și alte domenii de cercetare, inclusiv reglementarea dezvoltării animalelor și plantelor, adaptarea mediului, interacțiunea imună, localizarea genelor, evoluția genetică a speciilor și detectarea bolilor genetice și a tumorilor.
-
Metagenomica (NGS)
Această platformă de analiză este concepută pentru analiza datelor metagenomice ale puștilor pe baza anilor de experiență.Acesta constă în flux de lucru integrat care conține diverse analize metagenomice necesare în mod obișnuit, inclusiv procesarea datelor, studii la nivel de specie, studii la nivel de funcție a genelor, separarea metagenomului etc. , setarea parametrilor, generarea figurilor personalizate etc.
-
LncRNA
ARN-urile lungi necodificatoare (lncRNA) sunt un tip de transcrieri cu lungime mai mare de 200 nt, care nu pot codifica proteine.Dovezile acumulate sugerează că majoritatea lncRNA-urilor sunt foarte probabil să fie funcționale.Tehnologiile de secvențiere de înaltă performanță și instrumentele de analiză bioinformatică ne permit să dezvăluim secvențele lncRNA și informațiile de poziționare mai eficient și ne conduc să descoperim lncRNA-uri cu funcții de reglementare cruciale.BMKCloud este mândru să ofere clienților noștri platforma de analiză a secvențierii lncRNA pentru a realiza o analiză lncRNA rapidă, fiabilă și flexibilă.
-
GWAS
Studiul de asociere la nivelul genomului (GWAS) are ca scop identificarea variantelor genetice (genotip) care se asociază cu trăsături specifice (fenotip).Studiile GWA investighează markerii genetici care traversează întregul genom al unui număr mare de indivizi și prezic asocierile genotip-fenotip prin analize statistice la nivel de populație.Resecvențierea întregului genom poate descoperi toate variantele genetice.Cuplat cu datele fenotipice, GWAS poate fi procesat pentru a identifica SNP-uri, QTL-uri și gene candidate legate de fenotip, ceea ce susține puternic creșterea animalelor/plantelor moderne.SLAF este o strategie de secvențiere simplificată a genomului dezvoltată de sine, care descoperă markeri distribuiți la nivelul genomului, SNP.Aceste SNP, ca markeri genetici moleculari, pot fi procesate pentru studii de asociere cu trăsături vizate.Este o strategie rentabilă în identificarea trăsăturilor complexe asociate variațiilor genetice.
-
Nanopore transcriptomică de lungime completă
Izoformele alternative complexe și variabile în organisme sunt mecanisme genetice importante pentru reglarea expresiei genelor și a diversității proteinelor.Identificarea precisă a structurilor de transcriere este baza pentru studiul aprofundat al modelelor de reglare a expresiei genelor.Platforma de secvențiere Nanopore a adus cu succes studiul transcriptomic la nivel de izoforme.Această platformă de analiză este concepută pentru a analiza datele ARN-Seq generate pe platforma Nanopore pe baza genomului de referință, care realizează analize calitative și cantitative atât la nivel de genă, cât și la nivel de transcriere.
-
circ-ARN
ARN circular (ARNcirc) este un tip de ARN necodificator, despre care s-a descoperit recent că joacă un rol vital în rețelele de reglare implicate în dezvoltarea, rezistența mediului etc. Diferit de moleculele de ARN liniar, de exemplu ARNm, lncRNA, 3′ și 5′ Capetele circARN sunt unite între ele pentru a forma o structură circulară, care le salvează de digestia exonucleazei și sunt mai stabile decât majoritatea ARN-ului liniar.S-a descoperit că CircRNA are diverse funcții în reglarea expresiei genelor.CircRNA poate funcționa ca ceRNA, care leagă miARN în mod competitiv, cunoscut sub numele de burete miARN.Platforma de analiză de secvențiere CircRNA permite analiza structurii și expresiei circRNA, predicția țintei și analiza comună cu alte tipuri de molecule de ARN
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis constă dintr-o analiză standard într-un singur pas și analiză avansată cu setare personalizată a parametrilor.BSA este o tehnică folosită pentru a identifica rapid markerii genetici asociați cu fenotipul.Fluxul de lucru principal al BSA conține: 1. selectarea a două grupuri de indivizi cu fenotipuri extrem de opuse;2. reunirea ADN-ului, ARN-ului sau SLAF-seq (dezvoltat de Biomarker) tuturor indivizilor pentru a forma două cantități mari de ADN;3. identificarea secvențelor diferențiale față de genomul de referință sau între ele, 4. predicția regiunilor candidate legate prin algoritmul ED și SNP-index;5. Analiza funcțională și îmbogățirea genelor din regiunile candidate, etc. Sunt disponibile, de asemenea, extrageri mai avansate de date, inclusiv screeningul markerului genetic și designul primerului.
