Harta termografica
Fișierul de date matrice este utilizat pentru desenarea hărții termice, care poate filtra, normaliza și grupa datele matricei.Este folosit mai ales pentru analiza grupării a nivelului de expresie a genelor între diferite probe.
Adnotare genetică
Adnotarea funcției genelor este realizată prin maparea secvențelor din fișierul FASTA cu diferite baze de date.
Adnotare genetică
Instrument de căutare de bază pentru alinierea locală
CDS_UTR_Predicție
Acest instrument este conceput pentru a prezice regiunile de codificare (CDS) și regiunile necodante (UTR) în secvențe de transcriere date, bazate pe explozie împotriva bazei de date de proteine cunoscute și predicția ORF.
Plot Manhattan
Graficul Manhattan permite afișarea datelor cu un număr mare de puncte de date.Este utilizat în mod obișnuit în studiile de asociere la nivelul genomului (GWAS).
Circos
Diagrama CIRCOS permite prezentarea directă a distribuțiilor SNP, InDeL, SV, CNV pe genom.
GO_Îmbogățire
TopGO este un instrument conceput pentru îmbogățirea funcțională.Pachetul TopGO-Bioconductor constă în analiza expresiei diferențiale, analiza de îmbogățire GO și vizualizarea rezultatelor.Va genera un folder cu ieșire numit „Graph”, care conține rezultate pentru topGO_BP, topGO_CC și topGO_MF.
WGCNA
WGCNA este o metodă de extragere a datelor utilizată pe scară largă pentru descoperirea modulelor de co-expresie genetică.Este aplicabil la diferite seturi de date de expresie, inclusiv date de microarray și date de expresie genetică provenite din secvențierea de generație următoare.
InterProScan
Analiza și clasificarea secvenței proteinelor InterPro
GO_KEGG_Îmbogățire
Acest instrument este proiectat pentru a genera histograma de îmbogățire GO, histograma de îmbogățire KEGG și calea de îmbogățire KEGG pe baza setului de gene furnizat și adnotarea corespunzătoare.