Secvențierea întregului genom plante/animal
1. Avantajele serviciului
Experiență vastă în secvențierea genomului pentru peste 1000 de specii.
Peste 800 de cazuri publicate cu un factor de impact cumulativ de peste 4000.
Analiză bioinformatică cuprinzătoare privind apelarea variației și analiza funcției.
2. Specificații de service
| Platformă | Bibliotecă | Adâncimea secv. recomandată | |
| Illumina | PE 150 | Pentru SNP, apel InDel ≥ 10x Pentru apeluri SV, CNY ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Pentru apeluri SV, CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Pentru apeluri SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Cerințe pentru mostre
| Platformă | Conc.(ng/μL)
| Sumă (ng)
| Puritate
| Gel de agaroză
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Șterge banda principală fără sau limitatădegradare observată pe gel. 2. Fără sau limitată contaminare cu ARN sau proteine
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Depinde de randamentul datelor 10μg/celulă | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Analiza bioinformației
5. Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
extragerea ADN-ului
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Livrarea datelor
1) Statistica cartografierii genomului
Tabelul 1 Statistica rezultatului cartografierii
Figura 1 Distribuția dimensiunii insertului și a acoperirii citirilor.
2) Detecție variată
Figura 2 Statistica și adnotarea SNP/INDEL/SV printre probe
Figura 3 Distribuția la nivelul genomului a vatațiilor
3) Adnotarea funcțională a variațiilor
| 2019 | Comunicarea naturii | Resecvențierea întregului genom dezvăluie originea Brassica napus și loci genetici implicați în îmbunătățirea acestuia |
| 2020 | PNAS | Originea evolutivă și istoria domesticirii peștilor de aur (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista de biotehnologie a plantelor | Genoamele de referință ale celor două specii de iută cultivate |
| 2021 | Revista de biotehnologie a plantelor | Semnături genomice ale Brassicajuncea alopoliploide de legume și semințe oleaginoase și loci genetici care controlează acumularea de glucozinolați |
| 2019 | Planta Moleculară | Resecvențierea întregului genom a unei colecții la nivel mondial de accesări de rapiță dezvăluie baza genetică a divergenței lor de ecotip |
| 2022 | Cercetare horticolă | Analiza de asociere la nivelul genomului oferă perspective moleculare asupra variației naturale a mărimii semințelor de pepene verde |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studiul de asociere la nivelul genomului identifică variante de GhSAD1 care conferă toleranță la frig în bumbac |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studiul de asociere la nivelul întregului genom și compararea transcriptomului dezvăluie noi QTL și gene candidate care controlează dimensiunea petalelor la rapiță |
