Secvențierea genomului de plantă/animal De Novo
Avantajele serviciului
Dezvoltarea de platforme de secvențiere și bioinformatică înde novoasamblarea genomului
(Amarasinghe SL și colab.,Biologia genomului, 2020)
● Construirea de noi genomi și îmbunătățirea genomurilor de referință existente pentru speciile de interes.
● Precizie mai mare, continuitate și completitudine în asamblare
● Construirea de resurse fundamentale pentru cercetarea în polimorfismul secvenței, QTL-uri, editarea genelor, reproducerea etc.
● Echipat cu un spectru complet de platforme de secvențiere de a treia generație: soluție unică de asamblare a genomului
● Strategii flexibile de secvențiere și asamblare care îndeplinesc diverse genomi cu caracteristici diferite
● Echipa de bioinformaticieni de înaltă calificare, cu mare experiență în ansambluri complexe de genom, inclusiv poliploizi, genomi giganți etc.
● Peste 100 de cazuri de succes cu un factor de impact cumulativ publicat de peste 900
● Timp de întoarcere de până la 3 luni pentru asamblarea genomului la nivel de cromozom.
● Suport tehnic solid cu o serie de brevete și drepturi de autor pentru software atât în domeniul experimental, cât și în bioinformatică.
Specificații de service
|
Conţinut
|
Platformă
|
Lungimea citirii
|
Acoperire
|
| Studiul genomului
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Secvențierea genomului
| PacBio Revio
| Citiri HiFi de 15 kb
| ≥ 30X
|
| Salut-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Fluxul de lucru
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
| Specie | Țesut | Pentru PacBio | Pentru Nanopore |
| Animale | Organe viscerale (ficat, splină etc.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muşchi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Sânge de mamifere | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Sânge de pește sau de păsări | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plante | Frunze proaspete | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Petală sau tulpină | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Rădăcini sau semințe | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Celulele | Cultură de celule | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Pentru majoritatea probelor, vă recomandăm să nu se păstreze în etanol.
Etichetarea mostrelor: probele trebuie să fie etichetate clar și identice cu formularul de informații despre eșantion transmis.
Expediere: Gheață carbonică: Probele trebuie mai întâi ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extragerea ADN-ului
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
*Rezultatele demonstrative afișate aici sunt toate din genomuri publicate cu Biomarker Technologies
1.Circos pe ansamblul genomului la nivel de cromozom alG. rotundifoliumprin platforma de secvențiere Nanopore
Wang M și colab.,Biologie moleculară și evoluție, 2021
2. Statistica ansamblării și adnotării genomului de secară Weining
Li G și colab.,Genetica naturii, 2021
3.Predicția genelorSechium edulegenomul, derivat din trei metode de predicție:De novopredicție, predicție bazată pe omologie și predicție bazată pe date ARN-Seq
Fu A și colab.,Cercetare horticolă, 2021
4.Identificarea repetărilor terminale lungi intacte în trei genomi de bumbac
Wang M și colab.,Biologie moleculară și evoluție, 2021
5.Hi-C harta termică aC. acuminatagenom care prezintă interacțiuni generale la nivelul întregului genom.Intensitatea interacțiunilor Hi-C este proporțională cu distanța liniară dintre contigs.O linie dreaptă curată pe această hartă termică indică o ancorare foarte precisă a contigs pe cromozomi.(Raport de ancorare contig: 96,03%)
kang M și colab.,comunicații naturii,2021
Carcasa BMK
Un ansamblu genom de înaltă calitate evidențiază caracteristicile genomice ale secară și genele importante din punct de vedere agronomic
Publicat: Genetica naturii, 2021
Strategia de secvențiere:
Ansamblu genom: mod PacBio CLR cu bibliotecă de 20 kb (497 Gb, aprox. 63×)
Corecția secvenței: NGS cu bibliotecă de ADN de 270 bp (430 Gb, aprox. 54×) pe platforma Illumina
Ancorare contigs: bibliotecă Hi-C (560 Gb, aprox. 71×) pe platforma Illumina
Hartă optică: (779,55 Gb, aprox. 99×) pe Bionano Irys
Rezultate cheie
1. A fost publicat un ansamblu de genom de secară Weining cu dimensiunea totală a genomului de 7,74 Gb (98,74% din dimensiunea estimată a genomului prin citometrie în flux).Scaffoldul N50 al acestui ansamblu a atins 1,04 Gb.93,67% dintre contigs au fost ancorați cu succes pe 7 pseudo-cromozomi.Acest ansamblu a fost evaluat prin hartă de legătură, LAI și BUSCO, ceea ce a dus la scoruri mari la toate evaluările.
2. Pe baza acestui genom s-au efectuat studii ulterioare privind genomica comparativă, harta legăturii genetice, studiile de transcriptomică.Au fost dezvăluite o serie de trăsături legate de trăsături genomice, inclusiv duplicarea genelor la nivel de genom și impactul lor asupra genelor de biosinteză a amidonului;organizarea fizică a loci prolamine complexe, caracteristicile de expresie a genelor care stau la baza trăsăturii inițiale timpurii și regiunile cromozomiale și loci asociate cu domesticirea presupusă la secară.
 Diagrama Circos despre caracteristicile genomice ale genomului de secară Weining |  Analize evolutive și cromozomiale ale genomului de secară |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Un ansamblu de genom de înaltă calitate evidențiază caracteristicile genomice ale secară și genele importante din punct de vedere agronomic.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
