Secvențierea ARNm pe bază de non-referință-Illumina
Caracteristici
● Independent de orice genom de referință,
● Datele ar putea fi folosite pentru a analiza structura și expresia transcrierilor
● Identificați site-uri de tăiere variabile
Avantajele serviciului
● Livrarea rezultatelor bazată pe BMKCloud: Rezultatele sunt livrate ca fișier de date și raport interactiv prin platforma BMKCloud, care permite citirea ușor de utilizat a rezultatelor analizei complexe și extragerea de date personalizată pe baza analizei bioinformatice standard.
● Servicii post-vânzare: Servicii post-vânzare valabile 3 luni după finalizarea proiectului, inclusiv urmărirea proiectelor, depanarea, întrebările și răspunsurile rezultate, etc.
Cerințe pentru mostre și livrare
Cerințe pentru eșantion:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥6,5; Pentru animale: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
Țesut: Greutate (uscat): ≥1 g
*Pentru țesutul mai mic de 5 mg, vă recomandăm să trimiteți probă de țesut congelată rapid (în azot lichid).
Suspensie celulară: Număr de celule = 3×107
*Recomandăm să expediați lizat de celule congelate.În cazul în care acea celulă numără mai puțin de 5×105, se recomandă congelarea rapidă în azot lichid.
Mostre de sânge:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol și 2mL sânge (TRIzol:Sânge=3:1)
Livrare recomandată de mostre
Container:
Tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replicat de exemplu A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Expediere:
1.Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatica
1.mARN(denovo) Principiul asamblarii
Prin Trinity, citirile sunt fragmentate în bucăți mai mici, cunoscute sub numele de K-mer.Acești K-meri sunt apoi utilizați ca semințe pentru a fi extinse în contig și apoi componente pe baza suprapunerilor contig.În cele din urmă, De Bruijn a fost aplicat aici pentru a recunoaște transcrierile din componente.
ARNm (De novo) Privire de ansamblu asupra Trinity
2. ARNm (De novo) Distribuția nivelului de expresie genică
ARN-Seq este capabil să realizeze o estimare extrem de sensibilă a expresiei genelor.În mod normal, intervalul detectabil al expresiei transcriptelor FPKM variază de la 10^-2 la 10^6
mARN (De novo) Distribuția densității FPKM în fiecare probă
3.mARN (De novo) Analiza de îmbogățire GO a DEG
Baza de date GO (Gene Ontology) este un sistem de adnotare biologică structurat care conține un vocabular standard al funcțiilor genelor și produselor genetice.Conține mai multe niveluri, unde cu cât nivelul este mai scăzut, cu atât funcțiile sunt mai specifice.
mARN (De novo) Clasificare GO a DEG-urilor la al doilea nivel
Carcasa BMK
Analiza transcriptomului a metabolismului zaharozei în timpul umflării și dezvoltării bulbilor la ceapă (Allium cepa L.)
Publicat: frontiere în știința plantelor，2016
Strategia de secvențiere
Illumina HiSeq2500
Colectie de mostre
În acest studiu a fost folosit soiul Utah Yellow Sweet Spain „Y1351”.Numărul de probe recoltate a fost
A 15-a zi după umflarea (DAS) a bulbului (2 cm diametru și 3-4 g greutate), a 30-a DAS (5-cm diametru și 100-110 g greutate) și ~3 la 40-a DAS (7-cm diametru și 260–300 grame).
Rezultate cheie
1. în diagrama Venn, au fost detectate un total de 146 DEG în toate cele trei perechi de stadii de dezvoltare
2. „Transportul și metabolismul carbohidraților” a fost reprezentat de doar 585 unigene (adică, 7% din COG adnotat).
3. Unigenele adnotate cu succes în baza de date GO au fost clasificate în trei categorii principale pentru cele trei etape diferite ale dezvoltării becurilor.Cele mai reprezentate în categoria principală „proces biologic” au fost „procesul metabolic”, urmat de „procesul celular”.În categoria principală a „funcției moleculare”, cele două categorii cele mai reprezentate au fost „legare” și „activitate catalitică”.
 Clasificarea histograma clusterelor de grupuri ortologe (COG). |  Histograma clasificării ontologiei genelor (GO) pentru unigene derivate din bulbi în trei etape de dezvoltare |
 Diagrama Venn care arată genele exprimate diferențial în oricare două etape ale dezvoltării bulbului de ceapă |
Referinţă
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, şi colab.Analiza transcriptomului metabolismului zaharozei în timpul umflării și dezvoltării bulbilor la ceapă (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
