ANSAMBLU GENOM T2T, GENOM GAP FREE
1stDouă genomi de orez1
Titlu: Asamblarea și validarea a două genomi de referință fără goluri pentru orezul Xian/indica dezvăluie perspective asupra arhitecturii centromerelor vegetale
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Data postării: 01 ianuarie 2021.
Institutul: Universitatea Agricolă Huazhong, China
Materiale
O. sativa xian/indicasoiuri de orez „Zhenshan 97 (ZS97)” și „Minghui 63 (MH63)
Strategia de secvențiere
NGS citește + HiFi citește + CLR citește + BioNano + Hi-C
Date:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) Citiri HiFi + 48,39 Gb (~131x) Citiri CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 celule BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) citiri HiFi + 48,97 Gb (~132x) citiri CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 celule BioNano Irys
Figura 1 Două genomi fără goluri de orez (MH63 și ZS97)
2ndGenomul bananei2
Titlu: cromozomi fără întrerupere de la telomer-la-telomer ai bananei folosind secvențierea nanoporilor
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Data postării: 17 aprilie 2021.
Institutul: Université Paris-Saclay, Franța
Materiale
Haploid dubluMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategia de secvențiere și date:
Mod HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Hartă optică (DLE-1+BspQ1)
Tabelul 1 Comparația ansamblurilor genomului Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Comparația arhitecturii genomilor Musa
3rdGenomul Phaeodactylum tricornutum3
Titlu: Asamblarea genomului telomer-la-telomer alP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Data postării: 04 mai 2021
Institutul: Universitatea de Vest, Canada
Materiale
Phaeodactylum tricornutum(Colecția de cultură a algelor și protozoarelor CCAP 1055/1)
Strategia de secvențiere și date:
1 celulă de flux Oxford Nanopore minION + o rulare NextSeq 550 de 2×75 cu ieșire medie cu împerechere
Figura 3 Flux de lucru pentru ansamblul genomului telomer-la-telomer
4thGenomul uman CHM134
Titlu: Secvența completă a unui genom uman
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Data postării: 27 mai 2021
Institutul: National Institutes of Health (NIH), SUA
Materiale: linia celulară CHM13
Strategia de secvențiere și date:
30 × secvențiere consens circulară PacBio (HiFi), 120 × secvențiere de citire ultra-lungă Oxford Nanopore, 100 × secvențiere Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), hărți optice BioNano, și Strand-seq
Tabelul 2 Comparația ansamblurilor de genom uman GRCh38 și T2T-CHM13
Referinţă
1.Sergey Nurk și colab.Secvența completă a unui genom uman.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser și colab.Cromozomi fără întrerupere de la telomer la telomer ai bananei folosind secvențierea nanoporilor.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Ansamblul genomului telomer-la-telomer al Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song și colab.Asamblarea și validarea a două genomi de referință fără goluri pentru orezul Xian/indica dezvăluie perspective asupra arhitecturii centromerelor vegetale.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ora postării: 06-ian-2022