BMKCloud Log in
条形banner-03

Știri

ANSAMBLU GENOM T2T, GENOM GAP FREE

1stDouă genomi de orez1

Titlu: Asamblarea și validarea a două genomi de referință fără goluri pentru orezul Xian/indica dezvăluie perspective asupra arhitecturii centromerelor vegetale

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Data postării: 01 ianuarie 2021.

Institutul: Universitatea Agricolă Huazhong, China

Materiale

O. sativa xian/indicasoiuri de orez „Zhenshan 97 (ZS97)” și „Minghui 63 (MH63)

Strategia de secvențiere

NGS citește + HiFi citește + CLR citește + BioNano + Hi-C

Date:

ZS97: 8,34 Gb (~23x) Citiri HiFi + 48,39 Gb (~131x) Citiri CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 celule BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~103x) citiri HiFi + 48,97 Gb (~132x) citiri CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 celule BioNano Irys

Figura 1

Figura 1 Două genomi fără goluri de orez (MH63 și ZS97)

2ndGenomul bananei2

Titlu: cromozomi fără întrerupere de la telomer-la-telomer ai bananei folosind secvențierea nanoporilor

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Data postării: 17 aprilie 2021.

Institutul: Université Paris-Saclay, Franța

Materiale

Haploid dubluMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Strategia de secvențiere și date:

Mod HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Hartă optică (DLE-1+BspQ1)

Tabelul 1 Comparația ansamblurilor genomului Musa acuminata (DH-Pahang).

Tabelul 1-Comparația-ansamblurilor-GRCh38-și-T2T-CHM13-genom-uman
Figura-Musa-genom-arhitectură-comparație

Figura 2 Comparația arhitecturii genomilor Musa

3rdGenomul Phaeodactylum tricornutum3

Titlu: Asamblarea genomului telomer-la-telomer alP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Data postării: 04 mai 2021

Institutul: Universitatea de Vest, Canada

Materiale

Phaeodactylum tricornutum(Colecția de cultură a algelor și protozoarelor CCAP 1055/1)

Strategia de secvențiere și date:

1 celulă de flux Oxford Nanopore minION + o rulare NextSeq 550 de 2×75 cu ieșire medie cu împerechere

Figure-Workflow-for-telomer-to-telomer-genom-assembly-1-1024x740

Figura 3 Flux de lucru pentru ansamblul genomului telomer-la-telomer

4thGenomul uman CHM134

Titlu: Secvența completă a unui genom uman

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Data postării: 27 mai 2021

Institutul: National Institutes of Health (NIH), SUA

Materiale: linia celulară CHM13

Strategia de secvențiere și date:

30 × secvențiere consens circulară PacBio (HiFi), 120 × secvențiere de citire ultra-lungă Oxford Nanopore, 100 × secvențiere Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), hărți optice BioNano, și Strand-seq

Tabelul 2 Comparația ansamblurilor de genom uman GRCh38 și T2T-CHM13

Tabel-Comparație-de-Musa-acuminata-DH-Pahang-ansambluri-genom

Referinţă

1.Sergey Nurk și colab.Secvența completă a unui genom uman.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser și colab.Cromozomi fără întrerupere de la telomer la telomer ai bananei folosind secvențierea nanoporilor.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Ansamblul genomului telomer-la-telomer al Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song și colab.Asamblarea și validarea a două genomi de referință fără goluri pentru orezul Xian/indica dezvăluie perspective asupra arhitecturii centromerelor vegetale.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Ora postării: 06-ian-2022

Trimite-ne mesajul tau: