Știri

Amplificarea elementului transposabil (TE) a fost recunoscută ca o forță motrice care mediază extinderea și evoluția dimensiunii genomului, dar consecințele pentru modelarea arhitecturii genomice 3D rămân în mare parte necunoscute la plante.Aici, raportăm ansambluri de genom de calitate de referință pentru trei specii de bumbac cu dimensiunea de trei ori a genomului, și anumeGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) șiG. raimondii(D5), folosind Oxford Nanopore Technologies.Analizele comparative ale genomului documentează detaliile amplificării TE specifice liniei care contribuie la diferențele mari de dimensiune a genomului (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) și indică conținutul relativ conservat al genei și relațiile de sintonia dintre genomuri.Am constatat că aproximativ 17% dintre genele sintetice prezintă schimbarea statusului cromatinei între compartimentele active („A”) și inactive („B”), iar amplificarea TE a fost asociată cu creșterea proporției de compartiment A în regiunile genelor (~ 7.000 de gene). ) în K2 și A2 în raport cu D5.Doar 42% din limitele domeniului de asociere topologică (TAD) au fost conservate printre cei trei genomi.Datele noastre implică amplificarea recentă a TE-urilor după formarea granițelor TAD specifice liniei.Acest studiu aruncă lumină asupra rolului expansiunii genomului mediată de transpozon în evoluția structurii cromatinei de ordin superior la plante.