BMKCloud Log in
条形banner-03

Știri

GENOMUL

Nature_Communications_Logo

Asamblarea la scară cromozomală și analiza genomului culturii de biomasă Miscanthus lutarioriparius

Secvențierea nanoporilor |Illumina |Hi-C |secvențierea ARN |Filogenie

În acest studiu, Biomarker Technologies a oferit suport tehnic pentru secvențierea Nanopore, asamblarea de novo a genomului, asamblarea asistată Hi-C etc.

Abstract

Miscanthus, o plantă perenă rizomatoasă, are un mare potențial pentru producerea de bioenergie pentru biomasa mare și toleranța la stres.Raportăm un ansamblu la scară cromozomală deMiscanthus lutarioripariusgenomului prin combinarea secvențierii Oxford Nanopore și a tehnologiilor Hi-C.Ansamblul de 2,07 Gb acoperă 96,64% din genom, cu contig N50 de 1,71 Mb.Secvențele de centromer și telomere sunt asamblate pentru toți cei 19 cromozomi și, respectiv, cromozomul 10.Originea alotetraploidă a M. lutarioriparius este confirmată folosind repetări de satelit centromerice.Structura genomului tetraploid și mai multe rearanjamente cromozomiale în raport cu sorgul sunt demonstrate în mod clar.Gene duplicate în tandem aleM. lutarioripariussunt îmbogățiți funcțional nu numai în ceea ce privește răspunsul la stres, ci și biosinteza peretelui celular.Familiile de gene legate de rezistența la boli, biosinteza peretelui celular și transportul ionilor metalici sunt foarte extinse și evoluate.Extinderea acestor familii poate fi o bază genomică importantă pentru îmbunătățirea trăsăturilor remarcabile aleM. lutarioriparius.

Statistici cheie ale ansamblării genomului

știri-1
știri-2

Figura.Prezentare generală a ansamblului genomului M. lutarioriparius

Știri și Repere își propune să împărtășească cele mai recente cazuri de succes cu Biomarker Technologies, surprinzând realizări științifice noi, precum și tehnici proeminente aplicate în timpul studiului.


Ora postării: 05-ian-2022

Trimite-ne mesajul tau: