-
Secvențierea metagenomică (NGS)
Metagenomul se referă la o colecție de material genetic total al unei comunități mixte de organisme, cum ar fi metagenomul de mediu, metagenomul uman, etc. Conține genomuri atât ale microorganismelor cultivabile, cât și ale microorganismelor necultivabile.Secvențierea metagenomică este un instrument molecular utilizat pentru analizarea materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu.
Platformă:Illumina NovaSeq6000
-
Secvențierea metagenomică-Nanopore
Metagenomica este un instrument molecular utilizat pentru analizarea materialelor genomice mixte extrase din probele de mediu, care oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețeaua de corelație cu factorii de mediu etc. Platformele de secvențiere Nanopore au introdus recent. la studii metagenomice.Performanța sa remarcabilă în lungimea de citire a îmbunătățit în mare măsură analiza metagenomică în aval, în special asamblarea metagenomului.Profitând de durata de citire, studiul metagenomic bazat pe Nanopore este capabil să realizeze o asamblare mai continuă în comparație cu metagenomica cu pușcă.S-a publicat că metagenomica bazată pe Nanopore a generat cu succes genomi bacterieni completi și închisi din microbiomi (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Platformă:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Subunitatea de pe ARNr 16S și 18S care conține atât regiuni extrem de conservate, cât și regiuni hipervariabile este o amprentă moleculară perfectă pentru identificarea organismelor procariote și eucariote.Profitând de secvențiere, acești ampliconi pot fi țintiți pe baza părților conservate, iar regiunile hipervariabile pot fi pe deplin caracterizate pentru identificarea microbiană, contribuind la studii care acoperă analiza diversității microbiene, taxonomie, filogenie etc. Moleculă unică în timp real (SMRT) ) secvențierea platformei PacBio permite obținerea de citiri lungi foarte precise, care ar putea acoperi ampliconi de lungime completă (aproximativ 1,5 Kb).Viziunea extinsă a câmpului genetic a îmbunătățit foarte mult rezoluția adnotării speciilor în comunitatea de bacterii sau ciuperci.
Platformă:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS urmărește să dezvăluie filogenia, taxonomia și abundența speciilor într-o comunitate microbiană prin investigarea produselor PCR ale markerilor genetici de întreținere care conțin atât părți extrem de conversate, cât și părți hipervariabile.Introducerea acestor amprente moleculare perfecte de către Woeses și colab. (1977) dă putere profilării microbiomului fără izolare.Secvențierea 16S (bacterii), 18S (ciuperci) și distanțierul transcris intern (ITS, ciuperci) permite identificarea atât a speciilor abundente, cât și a speciilor rare și neidentificate.Această tehnologie a devenit un instrument major aplicat pe scară largă în identificarea compoziției microbiene diferențiale în diferite medii, cum ar fi gura umană, intestinele, fecalele etc.
Platformă:Illumina NovaSeq6000
-
Re-secvențierea întregului genom bacterian și fungic
Re-secvențierea întregului genom bacterian și fungic este un instrument esențial pentru a completa genomurile bacteriilor și ciupercilor cunoscute, precum și pentru a compara mai multe genomuri sau pentru a mapa genomurile de noi organisme.Este de mare importanță secvențarea genomilor întregi de bacterii și ciuperci pentru a genera genomuri de referință precise, pentru a face identificarea microbiană și alte studii comparative ale genomului.
Platformă: Illumina NovaSeq 6000
-
Genomul fungic
Tehnologiile Biomarker oferă studiul genomului, genomul fin și genomul complet al ciupercilor, în funcție de obiectivul specific al cercetării.Secvențierea, asamblarea și adnotarea funcțională a genomului pot fi realizate prin combinarea secvențierii de generația următoare + secvențierea a treia generație pentru a obține asamblarea genomului la nivel înalt.Tehnologia Hi-C poate fi, de asemenea, utilizată pentru a facilita asamblarea genomului la nivel de cromozom.
Platformă:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Genomul complet al bacteriilor
Biomarker Technologies oferă servicii de secvențiere pentru construirea genomului complet al bacteriilor cu zero decalaj.Fluxul de lucru principal al construcției complete a genomului bacteriilor include secvențierea de a treia generație, asamblarea, adnotarea funcțională și analiza bioinformatică avansată care îndeplinește obiectivele specifice de cercetare.O profilare mai cuprinzătoare a genomului bacteriilor permite dezvăluirea mecanismelor fundamentale care stau la baza proceselor lor biologice, care ar putea oferi, de asemenea, o referință valoroasă pentru cercetările genomice la speciile eucariote superioare.
Platformă:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
