Secvențiere lungă fără codificare-Illumina
Avantajele serviciului
● Avantajele serviciului
● Specific celular și tisular
● Etapa specifică exprimă și prezintă schimbarea dinamică a expresiei
● Modele precise de exprimare în timp și spațiu
● Analiza comună cu datele ARNm.
● Livrarea rezultatelor pe bază de BMKCloud: extragerea de date personalizată disponibilă pe platformă.
● Servicii post-vânzare valabile 3 luni la finalizarea proiectului
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Platformă | Date recomandate | QC date |
| epuizarea ARNr | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥6,5; Pentru animale: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
Nucleotide:
Țesut: Greutate (uscat): ≥1 g
*Pentru țesutul mai mic de 5 mg, vă recomandăm să trimiteți probă de țesut congelată rapid (în azot lichid).
Suspensie celulară: Număr de celule = 3×107
*Recomandăm să expediați lizat de celule congelate.În cazul în care acea celulă numără mai puțin de 5×105, se recomandă congelarea rapidă în azot lichid.
Mostre de sânge:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol și 2mL sânge (TRIzol:Sânge=3:1)
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replicat de exemplu A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Expediere:
1.Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatica
1.Clasificarea LncRNA
LncRNA prezis de cele patru programe de mai sus au fost clasificate în 4 categorii: lincRNA, anti-sens-LncRNA, intrronic-LncRNA;sens-LncRNA.Clasificarea LncRNA a fost prezentată în histograma de mai jos.
Clasificarea LncRNA
2.Genele Cis-țintite ale analizei de îmbogățire a DE-lncRNA
ClusterProfiler a fost folosit în analiza de îmbogățire GO pe genele cis-țintite ale lncRNA exprimat diferențial (DE-lncRNA), în ceea ce privește procesele biologice, funcțiile moleculare și componentele celulare.Analiza de îmbogățire GO este un proces de identificare a termenilor GO semnificativ îmbogățiți direcționați de DEG în comparație cu întregul genom.Termenii îmbogățiți au fost prezentați în histogramă, diagramă cu bule etc., așa cum se arată mai jos.
Genele Cis-țintite ale analizei de îmbogățire a DE-lncRNA - Diagrama cu bule
3. Comparând lungimea, numărul de exon, ORF și cantitatea de expresie a ARNm și lncARN, putem înțelege diferențele de structură, secvență și așa mai departe dintre ele și, de asemenea, putem verifica dacă noul lncARN prezis de noi este conform cu caracteristicile generale.
Carcasa BMK
Profil de expresie lncRNA dereglat în adenocarcinoamele pulmonare de șoarece cu mutație KRAS-G12D și knockout P53
Publicat:Jurnalul de Medicină Celulară și Moleculară,2019
Strategia de secvențiere
Illumina
Colectie de mostre
Celulele NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) și celulele de control negativ (sh-Scr) au fost obținute în ziua 6 a unei infecții virale specifice.
Rezultate cheie
Acest studiu investighează lncRNA-urile exprimate aberant în adenocarcinomul pulmonar la șoarece cu knockout P53 și mutația KrasG12D.
1,6424 lncARN au fost exprimate diferențial (schimbarea de ≥ 2 ori, P <0,05).
2. Dintre toate cele 210 de lncARN (FC≥8), expresia a 11 lncARN a fost reglată de P53, 33 de lncARN de KRAS și, respectiv, 13 lncARN de hipoxie în celulele KP primare.
3.NONMMUT015812, care a fost reglat remarcabil în adenocarcinomul pulmonar la șoarece și reglat negativ de re-expresia P53, a fost detectat pentru a analiza funcția sa celulară.
4. Reducerea NONMMUT015812 de către shRNA a scăzut abilitățile de proliferare și migrare ale celulelor KP.NONMMUT015812 a fost o potențială oncogenă.
 Analiza căii KEGG a genelor exprimate diferențial în celulele KP NONMMUT015812-knockdown |  Analiza ontologiei genelor a genelor exprimate diferențial în celulele KP NONMMUT015812-knockdown |
Referinţă
Profil de expresie lncRNA dereglat în adenocarcinoamele pulmonare de șoarece cu mutație KRAS-G12D și knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584
