Aprofundați în potențialul studierii varietății sălbatice de specii de cercetare, exemplificat de un caz esențial de la clienții BMKGENE.Publicat recent în ediția din acest an a Jurnalului de biotehnologie a plantelor, articolul intitulat „Genomul Hevea brasiliensis sălbatică la nivel de cromozom: abilitarea reproducerii asistate genomic și descoperirea locilor vitali pentru un randament ridicat de cauciuc” reprezintă o referință valoroasă.
Arborele de cauciuc brazilian (Hevea brasiliensis) este o sursă esențială de cauciuc natural.De-a lungul secolului trecut, metodologiile tradiționale de reproducere au declanșat o creștere remarcabilă de șase ori a producției de cauciuc.Cu toate acestea, piatra de bază genetică responsabilă pentru potențiala îmbunătățire a randamentului cauciucului rămâne enigmatică.
Acest studiu s-a angajat în construirea unui genom la nivel de cromozom pentru arborele de cauciuc sălbatic, folosind o sinergie de secvențiere de citire lungă Nanopore, secvențierea Illumina NGS și tehnologia Hi-C.
În paralel, a fost asamblat un depozit de 147 de resurse de germoplasmă, care cuprind variații cu randament ridicat, tulpini sălbatice și specii înrudite, pentru resecvențierea completă a genomului (WGS) folosind platforma Illumina.Datele de secvențiere care au urmat au fost supuse unei analize riguroase a geneticii populației, permițând disecția structurii populației, diversității și dezechilibrului de legătură.Această analiză a aruncat lumină asupra variațiilor de domesticire între populații.
Investigațiile ulterioare au cuprins analize care cuprind Fst, π, D Tajima și LD, cu scopul de a dezvălui semnale de selecție care decurg din randamentul îmbunătățit de latex, concentrându-se în special pe clonele Wickham.
Culminând cu o analiză de asociere la nivelul genomului (GWAS), au fost identificați markeri legați de trăsăturile de producție și, ulterior, genele legate de randament.Validarea inițială a dezvăluit activități transcripționale distincte la diferiți mutanți pentru două gene ERF, oferind o privire preliminară asupra semnificației lor funcționale.Coroborări suplimentare sunt programate în cadrul cercetărilor viitoare.
BMKGENE se mândrește cu contribuția la resecvențierea extinsă a întregului genom al acestei populații considerabile, împreună cu un rol substanțial în analiza bioinformatică.Experiența noastră vastă cuprinde secvențierea NGS/TGS și analiza bioinformatică multiomică într-o serie de peste 1000 de specii.Așteptăm cu nerăbdare perspectiva de a colabora cu tine în proiectele tale viitoare.
Click aici pentruaflați mai multe despre acest studiu
Ora postării: 29-aug-2023